Molecular mechanics parameters for the FapydG DNA lesion

Journal of Computational Chemistry

Volumn 29, Issue 1, 2008, Pages 17-23

  Song, Kun ^a   Hornak, Viktor ^a   De Los Santos, Carlos ^a   Grollman, Arthur P ^a   Simmerling, Carlos ^a,b  

^a STONY BROOK UNIVERSITY   (United States)

^b BROOKHAVEN NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

2,6 diamino 4 hydroxy 5 formamidopyrimidine; DNA lesion; DNA repair; FapydG; Formamidopyrimidine; Fpg; Glycosylase; MutM

Indexed keywords

FORMAMIDOPYRIMIDINE; GLYCOSYLASES; IMIDAZOLE RINGS;

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; CRYSTAL STRUCTURE; ENZYMES; MOLECULAR MECHANICS; PARAMETER ESTIMATION;

DNA;

BACTERIAL PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; DNA DAMAGE; OXIDATIVE STRESS; PROTEIN CONFORMATION; X RAY DIFFRACTION;

BACTERIAL PROTEINS; DNA DAMAGE; OXIDATIVE STRESS; PROTEIN CONFORMATION; X-RAY DIFFRACTION;

EID: 37649005154     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20625     Document Type: Article

References (26)

1. Frieberg, E. C.; Walker, G. C.; Siede, W.; Wood, R. D.; Shultz, R.; Ellenberger, T. DNA Repair and Mutagenesis; ASM: Washington, D.C., 2006.
2. Halliwell, B.; Gutteridge, J. M. C. Free Radicals in Biology and Medicine; Oxford University Press: Oxford, 1999.
3. Kasai, H.; Nishimura, S. Nucleic Acids Res 1984, 12, 2137.
4. Bjelland, S.; Seeberg, E. Mutat Res 2003, 531(1/2), 37.
5. Grollman, A. P.; Moriya, M. Trends Genet 1993, 9(7), 246.
6. Pouget, J. P.; Douki, T.; Richard, M. J.; Cadet, J. Chem Res Toxicol 2000, 13(7), 541.
7. Lindahl, T. Br J Cancer 1987, 56(2), 91.
8. Delaney, M. O.; Greenberg, M. M. Chem Res Toxicol 2002, 15(11), 1460.
9. Haraguchi, K.; Delaney, M. O.; Wiederholt, C. J.; Sambandam, A.; Hantosi, Z.; Greenberg, M. M. J Am Chem Soc 2002, 124(13), 3263.
10. Wiederholt, C. J.; Delaney, M. O.; Pope, M. A.; David, S. S.; Greenberg, M. M. Biochemistry 2003, 42(32), 9755.
11. Patro, J. N.; Haraguchi, K.; Delaney, M. O.; Greenberg, M. M. Biochemistry 2004, 43(42), 13397.
12. Coste, F.; Ober, M.; Carell, T.; Boiteux, S.; Zelwer, C.; Castaing, B. J Biol Chem 2004, 279(42), 44074.
13. Ober, M.; Linne, U.; Gierlich, J.; Carell, T. Angew Chem Int Ed Engl 2003, 42(40), 4947.
14. Ober, M.; Muller, H.; Pieck, C.; Gierlich, J.; Carell, T. J Am Chem Soc 2005, 127(51), 18143.
15. Fromme, J. C.; Verdine, G. L. J Biol Chemi 2003, 278(51), 51543.
16. Perlow-Poehnelt, R. A.; Zharkov, D. O.; Grollman, A. P.; Broyde, S. Biochemistry 2004, 43(51), 16092.
17. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J Comput Chem 2000, 21(12), 1049.
18. Song, K.; Hornak, V.; Santos, C. D.; Grollman, A. P.; Simmerling, C. Biochemistry 2006, 45(36), 10886.
19. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1995, 16(11), 1357.
20. Gaussian03, R. C., Frisch, M. J.; Tracks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; and Pople, J. A.; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2004.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1993, 115(21), 9620.
22. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J Comput Chem 2005, 26(16), 1668.
23. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79(2), 926.
24. Zaika, E. I.; Perlow, R. A.; Matz, E.; Broyde, S.; Gilboa, R.; Grollman, A. P.; Zharkov, D. O. J Biol Chem 2004, 279(6), 4849.
25. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23(3), 327.
26. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J Chem Phys 1984, 81(8), 3684.