Base-pair interactions in the gas-phase proton-bonded complexes of C + G and C+GC

Journal of Chemical Physics

Volumn 127, Issue 24, 2007, Pages

  Han, Sang Yun ^a   Lee, Sang Hak ^b   Chung, Jayong ^c   Oh, Han Bin ^d  

^a Korea Research Institute of Standards and Science   (South Korea)

^b Seoul National University   (South Korea)

^c Kyung Hee University   (South Korea)

^d Sogang University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DIMERS; DISSOCIATION; HYDROGEN BONDS; PROTON TRANSFER; VIBRATIONAL SPECTRA;

BASE-PAIR INTERACTIONS; DIMERIC INTERACTION; DISSOCIATION ENERGY; ENERGY STRUCTURE; GAS-PHASE PROTON-BONDED COMPLEXES;

MOLECULAR DYNAMICS;

CYTOSINE; GUANINE; PROTON;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENERGY TRANSFER; GAS; HYDROGEN BOND; THERMODYNAMICS;

BASE PAIRING; CYTOSINE; ENERGY TRANSFER; GASES; GUANINE; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; PROTONS; THERMODYNAMICS;

EID: 37549070271     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.2817604     Document Type: Article

References (47)

1. P. Hobza and J. Sponer, Chem. Rev. (Washington, D.C.) 99, 3247 (1999).
2. P. Hobza and J. Sponer, J. Am. Chem. Soc. 124, 11802 (2002).
3. D. Armentano, G. De Munno, L. Di Donna, G. Sindona, G. Giorgi, and L. Salvini, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 15, 268 (2004).
4. K. Gehring, J. L. Leroy, and M. Gueron, Nature (London) 363, 561 (1993).
5. C. H. Kang, I. Berger, C. Lockshin, R. Ratliff, R. Moyzis, and A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 11636 (1994).
6. C. H. Kang, I. Berger, C. Lockshin, R. Ratliff, R. Moyzis, and A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 3874 (1995).
7. L. Q. Chen, L. Cai, X. H. Zhang, and A. Rich, Biochemistry 33, 13540 (1994).
8. I. Berger, C. Kang, A. Fredian, R. Ratliff, R. Moyzis, and A. Rich, Nat. Struct. Biol. 2, 416 (1995).
9. J. M. Chubb and M. E. Hogan, Trends Biotechnol. 10, 132 (1992).
10. J. E. Gee and D. M. Miller, Am. J. Med. Sci. 304, 366 (1992).
11. J. Volker and H. H. Klump, Biochemistry 33, 13502 (1994).
12. R. W. Roberts and D. M. Crothers, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 4320 (1996).
13. P. V. Scaria and R. H. Shafer, Biochemistry 35, 10985 (1996).
14. M. D. Frankkamenetskii and S. M. Mirkin, Annu. Rev. Biochem. 64, 65 (1995).
15. V. N. Soyfer and V. N. Potaman, Triple-Helical Nucleic Acid (Springer-Verlag, New York, 1996).
16. J. L. Asensio, A. N. Lane, J. Dhesi, S. Bergqvist, and T. Brown, J. Mol. Biol. 275, 811 (1998).
17. S. W. Powell, L. H. Jiang, and I. M. Russu, Biochemistry 40, 11065 (2001).
18. D. Leitner, W. Schroder, and K. Weisz, J. Am. Chem. Soc. 120, 7123 (1998).
19. L. D. Williams and B. R. Shaw, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84, 1779 (1987).
20. A. M. Gacy, G. M. Goellner, C. Spiro, X. Chen, G. Gupta, E. M. Bradbury, R. B. Dyer, M. J. Mikesell, J. Z. Yao, A. J. Johnson, A. Richter, S. B. Melancon, and C. T. McMurray, Mol. Cell 1, 583 (1998).
21. K. M. Vasquez, L. Narayanan, and P. M. Glazer, Science 290, 530 (2000).
22. R. D. Wells, D. A. Collier, J. C. Hanvey, M. Shimizu, and F. Wohlrab, FASEB J. 2, 2939 (1988).
23. S. M. Mirkin, Nature (London) 447, 932 (2007).
24. J. R. Roscioli, L. R. McCunn, and M. A. Johnson, Science 316, 249 (2007).
25. H. B. Oh, C. Lin, H. Y. Hwang, H. L. Zhai, K. Breuker, V. Zabrouskov, B. K. Carpenter, and F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 127, 4076 (2005).
26. V. Zoete and M. Meuwly, J. Chem. Phys. 121, 4377 (2004).
27. J. Florian and J. Leszczynski, J. Am. Chem. Soc. 118, 3010 (1996).
28. L. Gorb, Y. Podolyan, P. Dziekonski, W. A. Sokalski, and J. Leszczynski, J. Am. Chem. Soc. 126, 10119 (2004).
29. A. Muller, F. Talbot, and S. Leutwyler, J. Am. Chem. Soc. 124, 14486 (2002).
30. M. Kabelac, E. C. Sherer, C. J. Cramer, and P. Hobza, Chem.-Eur. J. 13, 2067 (2007).
31. J. Sponer, J. Leszczynski, V. Vetterl, and P. Hobza, J. Biomol. Struct. Dyn. 13, 695 (1996).
32. J. Sponer, J. V. Burda, P. Mejzlik, J. Leszczynski, and P. Hobza, J. Biomol. Struct. Dyn. 14, 613 (1997).
33. S. Y. Han and H. Bin Oh, Chem. Phys. Lett. 432, 269 (2006).
34. N. V. Hud and T. H. Morton, J. Phys. Chem. A 111, 3369 (2007).
35. J. J. Dannenberg and M. Tomasz, J. Am. Chem. Soc. 122, 2062 (2000).
36. M. Noguera, M. Sodupe, and J. Bertran, Theor. Chem. Acc. 112, 318 (2004).
37. X. F. Li, Z. L. Cai, and M. D. Sevilla, J. Phys. Chem. B 105, 10115 (2001).
38. N. Špacková, I. Berger, M. Egli, and J. Šponer, J. Am. Chem. Soc. 120, 6147 (1998).
39. R. Soliva, C. A. Laughton, F. J. Luque, and M. Orozco, J. Am. Chem. Soc. 120, 11226 (1998).
40. S. F. Boys and F. Bernardi, Mol. Phys. 19, 553 (1970).
41. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.
42. G. Forde, L. Gorb, O. Shiskin, A. Flood, C. Hubbard, G. Hill, and J. Leszczynski, J. Biomol. Struct. Dyn. 20, 819 (2003).
43. J. D. Zhang, Y. Xie, and H. F. Schaefer, J. Phys. Chem. A 110, 12010 (2006).
44. J. Sponer, J. Leszczynski, and P. Hobza, J. Mol. Struct.: THEOCHEM 573, 43 (2001).
45. E. P. L. Hunter and S. G. Lias, J. Phys. Chem. Ref. Data 27, 413 (1998).
46. P. Kulhanek, E. W. Schlag, and J. Koca, J. Am. Chem. Soc. 125, 13678 (2003).
47. C. F. Rodriquez, A. Cunje, T. Shoeib, I. K. Chu, A. C. Hopkinson, and K. W. M. Siu, J. Am. Chem. Soc. 123, 3006 (2001).