Atom-centered density matrix propagation calculations on the methyl transfer from CH3Cl to NH3: Gas-phase and continuum-solvated trajectories

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 2, 2007, Pages 336-343

  Jay, Ashley N ^a,b   Daniel, Kelly A ^a   Patterson, Eric V ^a  

^a TRUMAN STATE UNIVERSITY   (United States)

^b University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36148977922     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct6002803     Document Type: Article

References (60)

1. Born, M.; Oppenheimer, R. Ann. Phys. 1927, 84, 457-484.
2. Brooks, C. L., III; Case, D. A. Chem. Rev. 1993, 93, 2487-2502.
3. Cheatham, T. E., III; Brooks, B. R. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 279-288.
4. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182-196.
5. Adcock, S. A.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 2006, 106, 1589-1615.
6. Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry; John Wiley and Sons: Chichester, U. K., 1999; pp 6-51.
7. Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, 2nd ed.; John Wiley and Sons Ltd: West Sussex, England, 2004; pp 69-102, 385-455.
8. Marx, D.; Hutter, J. In Procedings of Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, Julich; Grotendorst, E., Ed.; John von Neumann Institute for Computing: Jülich, Germany, 2000.
9. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
10. Hartke, B.; Carter, E. A. J. Chem. Phys. 1992, 97, 6569-6578.
11. Lippert, G.; Hutter, J.; Parrinello, M. Theor. Chem. Acc. 1999, 103, 124-140.
12. For a discussion of several recent developments in this field, see: Modern Methods for Multidimensional Dynamics Computation in Chemistry; Thompson, D. L., Ed.; World Scientific: Singapore, 1998.
13. Schlegel, H. B.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Voth, G. A.; Daniels, A. D.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9758-9763.
14. Iyengar, S. S.; Schlegel, H. B.; Millam, J. M.; Voth, G. A.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 10291-10302.
15. Schlegel, H. B.; Iyengar, S. S.; Li, X.; Millam, J. M.; Voth, G. A.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 8694-8704.
16. Jungwirth, P.; Gerber, R. B. Chem. Rev. 1999, 99, 1583-1606.
17. Jasper, A. W.; Nangia, S.; Zhu, C.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 101-108.
18. Fernández-Ramos, A.; Miller, J. A.; Killenstein, S. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 2006, 106, 4518-4584.
19. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3093.
20. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2160-2200.
21. Vreven, T.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1419-1432.
22. Rega, N.; Iyengar, S. S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4210-4220.
23. Sailer, W.; Pelc, A.; Limao-Vieira, P.; Mason, N. J.; Limtrakul, J.; Scheier, P.; Probst, M.; Mark, T. D. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 216-222.
24. Tian, W. Q.; Wang, Y. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 353-362.
25. Iyengar, S. S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084310/9.
26. Liu, L. V.; Tian, W. Q.; Wang, Y. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13037-13044.
27. Joubert, L.; Adamo, C. J. Chem. Phys. 2005, 123, 211103/1-211103/4.
28. Iyengar, S. S.; Petersen, M. K.; Day, T. J. F.; Burnham, C. J.; Teige, V. E.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084309/1-084309/9.
29. Zhang, L.; Li, H.; Hu, X.; Shijuin, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 7690-7695.
30. Ciofini, I.; Adamo, C. J. Mol. Struct. 2006, 762, 133-137.
31. Joubert, L.; Pavone, M.; Barone, V.; Adamo, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1220-1227.
32. Rega, N.; Brancato, G.; Barone, V. Chem. Phys. Lett. 2006, 422, 367-371.
33. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032-3041.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03M, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
35. Menshutkin, N. Z. Phys. Chem. 1890, 5, 589.
36. Abboud, J.-L. M.; Notario, R.; Bertran, J.; Sola, M. Prog. Phys. Org. Chem. 1993, 19, 1-182.
37. Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7796-7797.
38. Gao, J.; Xia, X. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9667-9675.
39. Shaik, S.; Ioffe, A.; Reddy, A. C.; Pross, A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 262-273.
40. Maran, U.; Pakkanen, T. A.; Karelson, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1994, 2445-2452.
41. Dillet, V.; Rinaldi, D.; Bertrán, J.; Rivail, J.-L. J. Chem. Phys. 1996, 104, 9437-9444.
42. Fradera, X.; Amat, L.; Torrent, M.; Mestres, J.; Constans, P.; Besalú, E.; Matrí, J.; Simon, S.; Lobato, M.; Oliva, J. M.; Luis, J. M.; Andrés, J. L.; Solà, M.; Carbó, R.; Duran, M. J. Mol. Struct. 1996, 371, 171-183.
43. Maran, U.; Karelson, M.; Pakkanen, T. A. J. Mol. Struct. 1997, 397, 262-272.
44. Truong, T. N.; Truong, T.-T. T.; Stefanovich, E. V. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1881-1889.
45. González-Lafont, A.; Jordi, V.; Lluch, J. M.; Bertrán, J.; Steckler, R.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3420-3428.
46. Chuang, Y.-Y.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Int. J. Quantum Chem. 1998, 70, 887-896.
47. Amovilli, C.; Mennucci, B.; Floris, F. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3023-3028.
48. Castejon, H.; Wiberg, K. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2139-2146.
49. Pedley, J. B. Thermochemical Data and Structures of Organic Compounds; Thermodynamics Research Center: College Station, TX, 1994; Vol. 1.
50. Sola, M.; Lledos, A.; Duran, M.; Bertran, J.; Abboud, J.-L. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2873-2879.
51. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293-307.
52. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6908-6918.
53. Lynch, B. J.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 335-344.
54. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 364-382.
55. Gonzales, C.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2154.
56. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618-622.
57. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519.
58. Hoover, W. G. Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985, 31, 1695-1697.
59. Hammond, G. S. J. Am. Chem. Soc. 1955, 77, 334-338.
60. Dennington, R., II; Keith, T.; Millam, J. M.; Eppinnett, K.; Hovell, W. L.; Filliland, R. GaussView; Semichem, Inc.: Shawnee Mission, KS, 2003.