Free-solution oligonucleotide separation in nanoscale channels

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 21, 2007, Pages 8316-8322

  Pennathur, Sumita ^a   Baldessari, Fabio ^a   Santiago, Juan G ^a   Kattah, Michael G ^b   Steinman, Jonathan B ^b   Utz, Paul J ^b  

^a Stanford University   (United States)

^b STANFORD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; ELECTROLYTES; ELECTROPHORETIC MOBILITY; FLUORESCENCE; GELS; SODIUM COMPOUNDS;

BACKGROUND ELECTROLYTE (BGE); ELECTROKINETIC TRANSPORT; FLUORESCEIN; NANOSCALE CHANNELS; SODIUM BORATE;

OLIGONUCLEOTIDES;

BORATE SODIUM; BUFFER; DOUBLE STRANDED DNA; FLUORESCEIN; NANOCHANNEL; OLIGONUCLEOTIDE; URIDINE TRIPHOSPHATE;

ARTICLE; CHEMICAL ANALYSIS; DNA DETERMINATION; ELECTROPHORETIC MOBILITY; EXPERIMENTAL STUDY; FLUORESCENCE; NANOCHEMISTRY;

BORATES; DNA; MICROFLUIDICS; NANOTECHNOLOGY; OLIGONUCLEOTIDES; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SILICON DIOXIDE; TIME FACTORS; WATER;

EID: 35848948634     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0710580     Document Type: Article

References (47)

1. Chou, C. F.; Austin, R. H.; Bakajin, O.; Tegenfeldt, J. O.; Castelino, J. A.; Chan, S. S.; Cox, E. C.; Craighead, H.; Darnton, N.; Duke, T.; Han, J. Y.; Turner, S. Electrophoresis 2000, 21, 81-90.
2. Zamore, P. D.; Haley, B. Science 2005, 309, 1519-1524.
3. Cohen, A. S.; Vilenchik, M.; Dudley, J. L.; Gemborys, M. W.; Bourque, A. J. J. Chromatogr. 1993, 638, 293-301.
4. Srivatsa, G. S.; Klopchin, P.; Batt, M.; Feldman, M.; Carlson, R. H.; Cole, D. L. J. Pharm. Biomed. Anal. 1997, 16, 619-630.
5. Paulus, A.; Ohms, J. I. J. Chromatogr. 1990, 507, 113-123.
6. Agrawal, S.; Tang, J. Y.; Brown, D. M. J. Chromatogr. 1990, 509, 396-399.
7. Bergot, B. J.; Egan, W. J. Chromatogr. 1992, 599, 35-42.
8. Cohen, A. S.; Najarian, D. R.; Paulus, A.; Guttman, A.; Smith, J. A.; Karger, B. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 9660-9663.
9. Heiger, D. N.; Cohen, A. S.; Karger, B. L. J. Chromatogr. 1990, 516, 33-48.
10. Metelev, V.; Agrawal, S. Anal. Biochem. 1992, 200, 342-346.
11. Collins, F. S.; Green, E. D.; Guttmacher, A. E.; Guyer, M. S. Nature 2003, 422, 835-847.
12. Chan, E. Y. Mutat. Res. 2005, 573, 13-40.
13. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. Q. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J. H.; Miklos, G. L. G.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, C.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z. M.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W. M.; Gong, F. C.; Gu, Z. P.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z. X.; Ketchum, K. A.; Lai, Z. W.; Lei, Y. D.; Li, Z. Y.; Li, J. Y.; Liang, Y.; Lin, X. Y.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B. X.; Sun, J. T.; Wang, Z. Y.; Wang, A. H.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M. H.; Wides, R.; Xiao, C. L.; Yan, C. H. Science 2001, 291, 1304-1351.
14. Carey, L.; Mitnik, L. Electrophoresis 2002, 23, 1386-1397.
15. Peterson, N.; Aarie, J.; Ramsey, J. In Micro Total Analpis Sptems; Northrup, A., Ed.; Kluwer Academic: Squaw Valley, CA, 2003; Vol. 1.
16. Tegenfeldt, J. O.; Prinz, C.; Cao, H.; Huang, R. L.; Austin, R. H.; Chou, S. Y.; Cox, E. C.; Sturm, J. C. Anal. Bioanal. Chem. 2004, 378, 1678-1692.
17. Han, J.; Turner, S. W.; Craighead, H. G. Phys. Rev. Lett. 1999, 83, 1688-1691.
18. Han, J.; Craighead, H. G. Science 2000, 288, 1026-1029.
19. Han, J.; Craighead, H. G. J. Vac. Sci. Technol., A 1999, 17, 2142-2147.
20. Han, J. Y.; Craighead, H. G. Anal. Chem. 2002, 74, 394-401.
21. Howorka, S.; Cheley, S.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 636-639.
22. Deamer, D. W.; Akeson, M. Trends Biotechnol. 2000, 18, 147-151.
23. Meller, A.; Nivon, L.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3435-3438.
24. Henrickson, S. E.; Misakian, M.; Robertson, B.; Kasianowicz, J. J. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 3057-3060.
25. Lin, Y. W.; Huang, M. F.; Chang, H. T. Electrophoresis 2005, 26, 320-330.
26. Viovy, J. L. Rev. Mod. Phys. 2000, 72, 813-872.
27. Craighead, H. G.; Turner, S. W. P.; Han, J.; Cabodi, M. Abstr. Pap. - Am. Chem. Soc. 2001, 222, U191-U191.
28. Vreeland, W. N.; Meagher, R. J.; Barron, A. E. Anal. Chem. 2002, 74, 4328-4333.
29. Meagher, R. J.; Won, J. I.; McCormick, L. C.; Nedelcu, S.; Bertrand, M. M.; Bertram, J. L.; Drouin, G.; Barron, A. E.; Slater, G. W. Electrophoresis 2005, 26, 331-350.
30. Won, J. I.; Meagher, R. J.; Barron, A. E. Electrophoresis 2005, 26, 2138-2148.
31. Burgreen, D.; Nakache, F. R. J. Phys. Chem. 1964, 68, 1084-1091.
32. Levine, S.; Marriott, J. R.; Neale, G.; Epstein, N. J. Colloid Interface Sci. 1975, 52, 136-149.
33. Levine, S.; Marriott, J. R.; Robinson, K. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1975, 71, 1-11.
34. Pennathur, S.; Santiago, J. G. Anal. Chem. 2005, 77, 6772-6781.
35. Pennathur, S.; Santiago, J. G. Anal. Chem. 2005, 77, 6782-6789.
36. Garcia, A. L.; Ista, L. K.; Petsev, D. N.; O'Brien, M. J.; Bisong, P.; Mammoli, A. A.; Brueck, S. R. J.; Lopez, G. P. Lab Chip 2005, 5, 1271-1276.
37. Griffiths, S. K.; Nilson, R. H. Anal. Chem. 1999, 71, 5522-5529.
38. Griffiths, S. K.; Nilson, R. H. Anal. Chem. 2006, 78, 8134-8141.
39. Hagmar, P.; Bailey, M.; Tong, G.; Haralambidis, J.; Sawyer, W. H.; Davidson, B. E. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1244, 259-268.
40. Pennathur, S. Doctorate of Philosophy, Stanford University, 2006.
41. Brody, J. R.; Kern, S. E. BioTechniques 2004, 36, 214-216.
42. Blom, M. T.; Chmela, E.; Oosterbroek, R. E.; Tijssen, R.; van den Berg, A. Anal. Chem. 2003, 75, 6761-6768.
43. Chmela, E.; Tijssen, R.; Blom, M.; Gardeniers, H.; van den Berg, A. Anal. Chem. 2002, 74, 3470-3475.
44. Righetti, P. G.; Gelfi, C.; D'Acunto, M. R. Electrophoresis 2002, 23, 1361-1374.
45. Jacobson, S.; Hergenroder, R.; Koutny, L.; Ramsey, J. Anal. Chem. 1994, 66, 1114-1118.
46. Whang, C. W.; Yeung, E. S. Anal. Chem. 1992, 64, 502-506.
47. Bharadwaj, R.; Santiago, J. G.; Mohammadi, B. Electrophoresis 2002, 23, 2729-2744.