Proteomic and biochemical studies of calcium- and phosphorylation-dependent calmodulin complexes in mammalian cells

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 9, 2007, Pages 3718-3728

  Jang, Deok Jin ^a   Guo, Mingquan ^a   Wang, Daojing ^a  

^a LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

Calcium dependent; Calmodulin; Dead box protein 3 (DDX3); DEAD box protein 5 (DDX5); Inositol 1,4,5 triphosphate receptor type 1 (IP3R1); Phosphatase PP1; Phosphorylation dependent; Protein complexes; Ubiquitin protein ligase EDD1

Indexed keywords

CALCIUM; CALMODULIN; INOSITOL 1,4,5 TRISPHOSPHATE RECEPTOR; PHOSPHATASE; PHOSPHATASE PP1; PHOSPHOTRANSFERASE; STAUROSPORINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CALCIUM TRANSPORT; CHEMICAL ANALYSIS; HUMAN; HUMAN CELL; MAMMAL CELL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS;

BINDING SITES; CALCIUM; CALMODULIN; DEAD-BOX RNA HELICASES; ENZYME INHIBITORS; HELA CELLS; HUMANS; INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE RECEPTORS; PHOSPHORYLATION; PROTEIN BINDING; PROTEINS; PROTEOMICS; PYRAZOLES; PYRIMIDINES; STAUROSPORINE; UBIQUITIN;

MAMMALIA;

EID: 34948893455     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0703268     Document Type: Article

References (60)

1. Finney, L. A.; O'Halloran, T. V. Science 2003, 300, 931-936.
2. Berridge, M. J.; Bootman, M. D.; Roderick, H. L. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2003, 4, 517-529.
3. Shen, X.; Valencia, C. A.; Szostak, J. W.; Dong, B.; Liu, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5969-5974.
4. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127.
5. Cohen, P. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 596-601.
6. Hubbard, M. J.; Cohen, P. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 172-177.
7. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-378.
8. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
9. Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M.; Brinker, A.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Sauer, K.; Brock, A.; Horn, D. M.; Schultz, P. G.; Peters, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 443-448.
10. Irish, J. M.; Hovland, R.; Krutzik, P. O.; Perez, O. D.; Bruserud, O.; Gjertsen, B. T.; Nolan, G. P. Cell 2004, 118, 217-228.
11. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135.
12. Collins, M. O.; Yu, L.; Coba, M. P.; Husi, H.; Campuzano, I.; Blackstock, W. P.; Choudhary, J. S.; Grant, S. G. J. Biol. Chem. 2005, 280, 5972-5982.
13. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 310-327.
14. Rush, J.; Moritz, A.; Lee, K. A.; Guo, A.; Goss, V. L.; Spek, E. J.; Zhang, H.; Zha, X. M.; Polakiewicz, R. D.; Comb, M. J. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 94-101.
15. Ptacek, J.; Devgan, G.; Michaud, G.; Zhu, H.; Zhu, X.; Fasolo, J.; Guo, H.; Jona, G.; Breitkreutz, A.; Sopko, R.; McCartney, R. R.; Schmidt, M. C.; Rachidi, N.; Lee, S. J.; Mah, A. S.; Meng, L.; Stark, M. J.; Stern, D. F.; De Virgilio, C.; Tyers, M.; Andrews, B.; Gerstein, M.; Schweitzer, B.; Predki, P. F.; Snyder, M. Nature 2005, 438, 679-684.
16. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
17. Benaim, G.; Villalobo, A. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 3619-3631.
18. Rakhilin, S. V.; Olson, P. A.; Nishi, A.; Starkova, N. N.; Fienberg, A. A.; Nairn, A. C.; Surmeier, D. J.; Greengard, P. Science 2004, 306, 698-701.
19. Bauer, A.; Kuster, B. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 570-578.
20. Gingras, A. C.; Aebersold, R.; Raught, B. J. Physiol. 2005, 563, 11-21.
21. Yamada, M.; Miyawaki, A.; Saito, K.; Nakajima, T.; Yamamoto-Hino, M.; Ryo, Y.; Furuichi, T.; Mikoshiba, K. Biochem. J. 1995, 308(Pt 1), 83-88.
22. Wang, D.; Park, J. S.; Chu, J. S.; Krakowski, A.; Luo, K.; Chen, D. J.; Li, S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 43725-43734.
23. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886.
24. Shu, H.; Chen, S.; Bi, Q.; Mumby, M.; Brekken, D. L. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 279-286.
25. Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1265-1272.
26. Lin, C.; Widjaja, J.; Joseph, S. K. J. Biol. Chem. 2000, 275, 2305-2311.
27. Buelt, M. K.; Glidden, B. J.; Storm, D. R. J. Biol. Chem. 1994, 269, 29367-29370.
28. Yedavalli, V. S.; Neuveut, C.; Chi, Y. H.; Kleiman, L.; Jeang, K. T. Cell 2004, 119, 381-392.
29. Haug, L. S.; Jensen, V.; Hvalby, O.; Walaas, S. I.; Ostvold, A. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 7467-7473.
30. Soulsby, M. D.; Alzayady, K.; Xu, Q.; Wojcikiewicz, R. J. FEBS Lett. 2004, 557, 181-184.
31. Wagner, L. E., 2nd; Li, W. H.; Yule, D. I. J. Biol. Chem. 2003, 278, 45811-45817.
32. Wagner, L. E., 2nd; Li, W. H.; Joseph, S. K.; Yule, D. I. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46242-46252.
33. Tang, T. S.; Tu, H.; Wang, Z.; Bezprozvanny, I. J. Neurosci. 2003, 23, 403-415.
34. Honda, Y.; Tojo, M.; Matsuzaki, K.; Anan, T.; Matsumoto, M.; Ando, M.; Saya, H.; Nakao, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 3599-3605.
35. Patterson, R. L.; Boehning, D.; Snyder, S. H. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 437-465.
36. Ferris, C. D.; Cameron, A. M.; Bredt, D. S.; Huganir, R. L.; Snyder, S. H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 175, 192-198.
37. Komalavilas, P.; Lincoln, T. M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 8701-8707.
38. Ferris, C. D.; Huganir, R. L.; Bredt, D. S.; Cameron, A. M.; Snyder, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2232-2235.
39. Matter, N.; Ritz, M. F.; Freyermuth, S.; Rogue, P.; Malviya, A. N. J. Biol. Chem. 1993, 268, 732-736.
40. Khan, M. T.; Wagner, L., 2nd; Yule, D. I.; Bhanumathy, C.; Joseph, S. K. J. Biol. Chem. 2006, 281, 3731-3737.
41. Malathi, K.; Kohyama, S.; Ho, M.; Soghoian, D.; Li, X.; Silane, M.; Berenstein, A.; Jayaraman, T. J. Cell Biochem. 2003, 90, 1186-1196.
42. Li, X.; Malathi, K.; Krizanova, O.; Ondrias, K.; Sperber, K.; Ablamunits, V.; Jayaraman, T. J. Immunol. 2005, 175, 6205-6210.
43. Singleton, P. A.; Bourguignon, L. Y. Cell Motil Cytoskeleton 2002, 53, 293-316.
44. Lee, B.; Vermassen, E.; Yoon, S. Y.; Vanderheyden, V.; Ito, J.; Alfandari, D.; De Smedt, H.; Parys, J. B.; Fissore, R. A. Development 2006, 133, 4355-4365.
45. Yang, L. H.; Bai, G. R.; Huang, X. Y.; Sun, F. Z. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 349, 1339-1344.
46. Jayaraman, T.; Ondrias, K.; Ondriasova, E.; Marks, A. R. Science 1996, 272, 1492-1494.
47. Cui, J.; Matkovich, S. J.; deSouza, N.; Li, S.; Rosemblit, N.; Marks, A. R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 16311-16316.
48. Yokoyama, K.; Su Ih, I. H.; Tezuka, T.; Yasuda, T.; Mikoshiba, K.; Tarakhovsky, A.; Yamamoto, T. EMBO J. 2002, 21, 83-92.
49. DeSouza, N.; Reiken, S.; Ondrias, K.; Yang, Y. M.; Matkovich, S.; Marks, A. R. J. Biol. Chem. 2002, 277, 39397-39400.
50. Patel, S.; Joseph, S. K.; Thomas, A. P. Cell Calcium 1999, 25, 247-264.
51. Hirota, J.; Michikawa, T.; Natsume, T.; Furuichi, T.; Mikoshiba, K. FEBS Lett. 1999, 456, 322-326.
52. Sienaert, I.; Nadif Kasri, N.; Vanlingen, S.; Parys, J. B.; Callewaert, G.; Missiaen, L.; de Smedt, H. Biochem. J. 2002, 365, 269-277.
53. Danoff, S. K.; Ferris, C. D.; Donath, C.; Fischer, G. A.; Munemitsu, S.; Ullrich, A.; Snyder, S. H.; Ross, C. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2951-2955.
54. Quinton, T. M.; Brown, K. D.; Dean, W. L. Biochemistry 1996, 35, 6865-6871.
55. Nakade, S.; Rhee, S. K.; Hamanaka, H.; Mikoshiba, K. J. Biol. Chem. 1994, 269, 6735-6742.
56. Wojcikiewicz, R. J.; Luo, S. G. J. Biol. Chem. 1998, 273, 5670-5677.
57. Lin, T.; Tang, N.; Ostap, E. M. J. Biol. Chem. 2005, 280, 41562-41567.
58. Nakatani, Y.; Konishi, H.; Vassilev, A.; Kurooka, H.; Ishiguro, K.; Sawada, J.; Ikura, T.; Korsmeyer, S. J.; Qin, J.; Herlitz, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15093-15098.
59. Weissbach, L.; Settleman, J.; Kalady, M. F.; Snijders, A. J.; Murthy, A. E.; Yan, Y. X.; Bernards, A. J. Biol. Chem. 1994, 269, 20517-20521.
60. Kane, S.; Lienhard, G. E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 335, 175-180.