Puckering transition of proline residue in water

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 35, 2007, Pages 10550-10556

  Kang, Young Kee ^a  

^a Chungbuk National University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; CONFORMATIONS; PEPTIDES; POTENTIAL ENERGY SURFACES; QUANTUM CHEMISTRY; WATER;

OR STERIC INTERACTIONS; PUCKERING TRANSITIONS; TRANSITION STATES;

AMINO ACIDS;

EID: 34548827608     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp073411b     Document Type: Article

References (41)

1. Momany, F. A.; McGuire, R. F.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1975, 79, 2361.
2. Balasubramanian, R.; Lakshminarayanan, A. V.; Sabesan, M. N.; Tegoni, G.; Venkatesan, K.; Ramachandran, G. N. Int. J. Protein Res. 1971, 3, 25.
3. DeTar, D. F.; Luthra, N. P. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 1232.
4. Madison, V. Biopolymers 1977, 16, 2671.
5. Milner-White, E. J.; Bell, L. H.; Maccallum, P. H. J. Mol. Biol. 1992, 228, 725.
6. Pal, D.; Chakrabarti, P. J. Mol. Biol. 1999, 294, 271.
7. Vitagliano, L.; Berisio, R.; Mastrangelo, A.; Mazzarella, L.; Zagari, A. Protein Sci. 2001, 10, 2627.
8. London, R. E. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 2678.
9. Sarkar, S. K.; Young, P. E.; Torchia, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6459.
10. Mádi, Z. L.; Griesinger, C.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2908.
11. Kapitán, J.; Baumruk, V.; Kopecký, V., Jr.; Pohl, R.; Bouř, P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13451.
12. Badoni, H. A.; Rodriguez, A. M.; Zamora, M. A.; Zamarbide, G. N.; Enriz, R. D.; Farkas, Ö.; Császár, P.; Torday, L. L.; Sosa, C. P.; Jàkli, I.; Perzel, A.; Papp, J. G.; Hollosi, M.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1999, 465, 79.
13. Ramek, M.; Kelterer, A.-M.; Teppen, B. J.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. 1995, 352/353, 59.
14. Kang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 5463.
15. Kang, Y. K.; Park, H. S. THEOCHEM 2005, 718, 17.
16. Song, I. K.; Kang. Y. K. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16982.
17. Donnini, S.; Groenhof, G.; Wierenga, R. K.; Juffer, A. H. Proteins 2006, 64, 700.
18. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799.
19. Kang, Y. K.; Choi, H. Y. Biophys. Chem. 2004, 111, 135.
20. Ho, B. K.; Coutsias, E. A.; Seok, C.; Dill, K. A. Protein Sci. 2005, 14, 1011.
21. Berman, H. M.; Wesrbrook, J.; Feng, Z.; Gilliand, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
22. Kursula, I.; Wierenga, R. K. / Biol. Chem. 2003, 278, 9544.
23. Jogi, G.; Rozovsky, S.; McDermott, A. E.; Tong. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 50.
24. Frisch, M. J.; Tracks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
25. Zimmerman, S. S.; Pottle, M. S.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1977, 10, 1. Conformations A, C, and F are defined by the backbone torsion angle ψ with the backbone torsion angle φ in the range of -110° < φ < -40°: conformation A, -90° < ψ < -10°; conformation C, 50° < ψ < 130°; conformation F, 130° < ψ < 180° or -180° < ψ < -140°.
26. Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995.
27. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 669.
28. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3210.
29. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2002, 117, 43.
30. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
31. Takano, Y.; Houk, K. N. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 70.
32. Kang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21338.
33. Kang, Y. K. THEOCHEM 2001, 546, 183.
34. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; John Wiley & Sons: New York, 1986; Chapter 6.
35. Frisch, A.; Frisch, M. J.; Trucks, G. W. Gaussian 03 User's Reference, version 7.0; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
36. http://swift.cmbi.kun.nl/whatif/select.
37. Hooft, R. W. W.; Sander, C.; Vriend, G. J. Appl. Crystallogr. 1996, 29, 714.
38. Swan, M. K.; Hansen, T.; Schönheit, P.; Davies, C. Biochemistry 2004, 43, 14088.
39. Héroux, A.; White, E. L.; Ross, L. J.; Kuzin, A. P.; Borhani, D. W. Structure 2000, 8, 1309.
40. Kühnel, K.; Blankenfeldt, W.; Tenter, J.; Schlichting, I. J. Biol. Chem. 2006, 281, 23990.
41. Murshudov, G. N.; Grebenko, A. I.; Branningan, J. A.; Antson, A. A.; Barynin, V. V.; Dodson, G. G.; Dauter, Z.; Wilson, K. S.; MelikAdamyan, W. R. Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 1972.