Ab initio ONIOM-Molecular Dynamics (MD) study on the deamination reaction by cytidine deaminase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 33, 2007, Pages 9965-9974

  Matsubara, Toshiaki ^a   Dupuis, Michel ^b   Aida, Misako ^a  

^a HIROSHIMA UNIVERSITY   (Japan)

^b PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATION THEORY; COMPUTER SIMULATION; DRUG PRODUCTS; ENZYMES;

CYTIDINE DEAMINASE; THERMAL MOTION;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 34548559131     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp072732k     Document Type: Article

References (29)

1. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170-1179.
2. Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 1101-1109.
3. Matsubara, T.; Maseras, F.; Koga, N.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2573-2580.
4. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357-19363.
5. Dapprich, S.; Komáromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 461-462, 1-21.
6. Vreven, T.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1419-1432.
7. Morokuma, K. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 797-801.
8. Nozaki, K.; Komaki, H.; Kawashima, Y.; Hiyama, T.; Matsubara, T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 534-544.
9. Sahnoun, R.; Matsubara, T.; Yamabe, T. Organometallics 2000, 19, 5661-5670.
10. Nozaki, K.; Sato, N.; Tonomura, Y.; Yasutomi, M.; Takaya, H.; Hiyama, T.; Matsubara, T.; Koga, N. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12779-12795.
11. Matsubara, T.; Dupuis, M.; Aida, M. Chem. Phys. Lett. 2007, 437, 138-142.
12. For cytosine deaminase, see: Matsubara, T.; Dupuis, M.; Aida, M. J. Comput. Chem. 2007, in press.
13. Snider, M. J.; Gaunitz, S.; Ridgway, C.; Short, S. A.; Wolfenden, R. Biochemistry 2000, 39, 9746-9753.
14. Snider, M. J.; Reinhardt, L.; Wolfenden, R.; Cleland, W. W. Biochemistry 2002, 41, 415-421.
15. Carlow, D. C.; Smith, A. A.; Yang, C. C.; Short, S. A.; Wolfenden, R. Biochemistry 1995, 34, 4220-4224.
16. Xiang, S.; Short, S. A.; Wolfenden, R.; Carter, C. W., Jr. Biochemistry 1997, 36, 4768-4774.
17. Matsubara, T.; Ishikura, M.; Aida, M. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46, 1276-1285.
18. Yao, L.; Li, Y.; Wu, Y.; Liu, A.; Yan, H. Biochemistry 2005, 44, 5940-5947.
19. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA 2003.
20. Glendening, E. D.; Reed, A. E.; Carpenter, J. E.; Weinhold, F. NBO, version 3.1.
21. Beeman, D. J. Comput. Phys. 1976, 20, 130-139.
22. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
23. Schäfer, A.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2571-2577.
24. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021-8024.
25. Ross, W. S.; Hardin, C. C. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6070-6080.
26. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
27. Moyna, G.; Williams, H. J.; Nachman, R. J.; Scott, A. I. Biopolymers 1999, 49, 403-413.
28. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074.
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.