Exploring SCC-DFTB paths for mapping QM/MM reaction mechanisms

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 26, 2007, Pages 5720-5728

  Woodcock, H Lee ^a   Hodošček, Milan ^b   Brooks, Bernard R ^a  

^a NATIONAL HEART LUNG AND BLOOD INSTITUTE   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovenia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUDGED ELASTIC BANDS (NEB); REACTION BARRIERS; REACTION COORDINATE DRIVING (RCD); TRANSITION STRUCTURES (TS);

BACTERIA; FUNGI; HYSTERESIS; MOLECULAR MECHANICS; OPTIMIZATION;

QUANTUM THEORY;

AMINO ACID; CHORISMATE MUTASE;

BINDING SITE; BIOLOGICAL MODEL; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFERENCE PAPER; ELECTRON; METABOLISM; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

AMINO ACIDS; BINDING SITES; CATALYSIS; CHORISMATE MUTASE; COMPUTER SIMULATION; ELECTRONS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 34547414525     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0714217     Document Type: Conference Paper

References (71)

1. Zhang, X.; Zhang, X.; Bruice, T. C. Biochemistry 2005, 44, 10443-10448.
2. Woodcock, H. L.; Hodošček, M.; Gilbert, T. B.; Gill, P. M. W.; Schaefer, H. F.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1485-1502.
3. Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13213-13225.
4. Jung, Y.; Sodt, A.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6692-6697.
5. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett 1994, 230, 8-16.
6. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 253, 268-278.
7. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Science 1996, 271, 51-53.
8. Lee, T. S.; Lewis, J. P.; Yang, W. T. Comput. Mater. Sci. 1998, 12, 259-277.
9. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
10. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718-730.
11. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700-733.
12. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
13. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357-19363.
14. Dewar, M. J. S.; Storch, D. M. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3898-3902.
15. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209-220.
16. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221-264.
17. Stewart, J. J. P. MOPAC 2002; CAChe Group: Portland, 2002.
18. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4899-4907.
19. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4907-4917.
20. Thiel, W.; Voityuk, A. A. Theor. Chim. Acta 1992, 81, 391-404.
21. Thiel, W.; Voityuk, A. A. Theor. Chim. Acta 1996, 93, 315.
22. Thiel, W.; Voityuk, A. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 616-626.
23. Khandogin, J.; Gregersen, B. A.; Thiel, W.; York, D. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9799-9809.
24. Li, G. H.; Zhang, X. D.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8643-8653.
25. Reddy, M. R.; Singh, U. C.; Erion, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6224-6225.
26. Guimaraes, C. R. W.; Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6892-6899.
27. Marti, S.; Moliner, V.; Tunon, I.; Williams, I. H. Org. Biomol. Chem. 2003, 1, 483-487.
28. Ermolaeva, M. D.; van der Vaart, A.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1868-1875.
29. Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643-6649.
30. Halgren, T. A.; Lipscomb, W. N. Chem. Phys. Lett. 1977, 49, 225-232.
31. Loferer, M. J.; Loeffler, H. H.; Liedl, K. R. J. Comput Chem. 2003, 24, 1240-1249.
32. Lyne, P. D.; Hodošček, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3462-3471.
33. Weber, W.; Thiel, W. Theor. Chem. Acc. 2000, 103, 495-506.
34. Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1601-1622.
35. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Eisner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268.
36. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569-585.
37. Fukui, K. J. Phys. Chem. 1970, 74, 4161-4165.
38. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2154-2161.
39. Woodcock, H. L.; Hodošček, M.; Sherwood, P.; Lee, Y. S.; Schaefer, H. F.; Brooks, B. R. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 140-148.
40. Chu, J. W.; Trout, B. L.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12708-12717.
41. Cisneros, G. A.; Liu, H. Y.; Lu, Z. Y.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 2005, 122, 114502-114508.
42. Liu, H. Y.; Lu, Z. Y.; Cisneros, G. A.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 2004, 121, 697-706.
43. Xie, L.; Liu, H. Y.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8039-8052.
44. Khavrutskii, I. V.; Arora, K.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2006, 125, 174108-174114.
45. Khavrutskii, I. V.; Byrd, R. H.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2006, 124, 194903-194916.
46. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
47. Fischer, S.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1992, 194, 252-261.
48. Chook, Y. M.; Gray, J. V.; Ke, H. M.; Lipscomb, W. N. J. Mol. Biol. 1994, 240, 476-500.
49. Czerminski, R.; Elber, R. Int. J. Quantum Chem. Symp. 1990, 167-186.
50. Czerminski, R.; Elber, R. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5580-5601.
51. Elber, R.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett 1987, 139, 375-380.
52. Guest, M. F.; Bush, I. J.; Van Dam, H. J. J.; Sherwood, P.; Thomas, J. M. H.; Van Lenthe, J. H.; Havenith, R. W. A.; Kendrick, J. Mol. Phys. 2005, 103, 719-747.
53. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
54. Shao, Y.; Fusti-Molnar, L.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Levchenko, S. V.; O'Neill, D. P.; Distasio, R. A.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herbert, J. M.; Lin, C. Y.; Van Voorhis, T.; Chien, S. H.; Sodt, A.; Steele, R. P.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Daschel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C.-P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynov, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta, E.; Sherrill, D. C.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L.; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W. J.; Schaefer, H. F.; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172-3191.
55. Mills, G.; Jonsson, H.; Schenter, G. Surf. Sci. 1995, 324, 305-337.
56. Henkelman, G.; Jonsson, H. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9978-9985.
57. Henkelman, G.; Uberuaga, B.; Jonsson, H. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9901-9904.
58. Lee, A. Y.; Stewart, J. D.; Clardy, J.; Ganem, B. Chem. Biol. 1995, 2, 195-203.
59. Kast, P.; Asif-Ullah, M.; Hilvert, D. Tetrahedron Lett. 1996, 37, 2691-2694.
60. Ganem, B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996, 35, 937-945.
61. Galopin, C. C.; Zhang, S.; Wilson, D. B.; Ganem, B. Tetrahedron Lett. 1996, 37, 8675-8678.
62. Warshel, A. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 425-443.
63. Mulholland, A. J. Drug Discovery Today 2005, 10, 1393-1402.
64. Marti, S.; Roca, M.; Andres, J.; Moliner, V.; Silla, E.; Tunon, I.; Bertran, J. Chem. Soc. Rev. 2004, 33, 98-107.
65. Haslam, E. Shikimic Acid: Metabolism and Metabolites; Wiley: New York, 1993.
66. Andrews, P. R.; Smith, G. D.; Young, I. G. Biochemistry 1973, 12, 3492-3498.
67. Knaggs, A. R. Nat. Prod. Rep. 2001, 18, 334-355.
68. Lee, Y. S.; Worthington, S. E.; Krauss, M.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12059-12065.
69. Ranaghan, K. E.; Ridder, L.; Szefczyk, B.; Sokalski, W. A.; Hermann, J. C.; Mulholland, A. J. Mol. Phys. 2003, 101, 2695-2714.
70. Chook, Y. M.; Ke, H.; Lipscomb, W. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 90, 8600-8603.
71. Bailey, C.; Sherwood, P. 2006, personal communication.