PSAP: Protein structure analysis package

Journal of Applied Crystallography

Volumn 40, Issue 4, 2007, Pages 773-777

  Balamurugan, B ^a   Roshan, M N A Md ^a   Shaahul Hameed, B ^a   Sumathi, K ^a   Senthilkumar, R ^a   Udayakumar, A ^a   Venkatesh Babu, K H ^a   Kalaivani, M ^a   Sowmiya, G ^a   Sivasankari, P ^a   Saravanan, S ^a   Vasuki Ranjani, C ^a   Gopalakrishnan, K ^a   Selvakumar, K N ^a   Jaikumar, M ^a   Brindha, T ^a   Michael, Daliah ^a   Sekar, K ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE   (India)

Author keywords

Computer programs; Structural biology; Three dimensional protein molecule analysis

Indexed keywords

EID: 34447532295     PISSN: 00218898     EISSN: 16005767     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0021889807021875     Document Type: Article

References (32)

1. Bairoch, A. & Apweiler, R. (1998). Nucleic Acids Res. 28, 38-42.
2. Balamurugan, B., Samaya Mohan, K., Ramesh, J., Roshan, M. N. A. Md., Sumathi, K. & Sekar, K. (2005). Acta Cryst. D61, 634-636.
3. Barker, W. C., Garavelli, J. S., Haft, D. H., Hunt, L. T., Marzec, C. R., Orcutt, B. C., Srinivasarao, G. Y., Yeh, L. S. L., Ledley, R. S., Mewes, H. W., Pfeiffer, F. & Tsugita, A. (1998). Nucleic Acids Res. 26, 27-32.
4. Bernstein, F. C., Koetzle, T. F., Williams, G. J. B., Meyer, E. F. Jr, Brice, M. D., Rodgers, J. R., Kennard, O., Shimanouchi, T. & Tasumi, M. J. (1977). J. Mol. Biol. 112, 535-542.
5. Chandonia, J.-M., Walker, N. S., Lo Conte, L., Koehl, P., Levitt, M. & Brenner, S. E. (2002). Nucleic Acids Res. 30, 260-263.
6. De Lano, W. L. (2002). PyMOL. De Lano Scientific, San Carlos, CA, USA. http://www.pymol.org/.
7. Emsley, P. & Cowtan, K. (2004). Acta Cryst. D60, 2126-2132.
8. Gasteiger, E., Gattiker, A., Hoogland, C., Ivanyi, I., Appel, R. D. & Bairoch, A. (2003). Nucleic Acids Res. 31, 3784-3788.
9. Hobohm, U. & Sander, C. (1994). Protein Sci. 3, 522-524.
10. Hooft, R. W. W., Vriend, G., Sander, C. & Abola, E. E. (1996). Nature (London), 381, 272.
11. Hussain, A. S. Z., Kiran, K. Ch., Rajesh, C. K., Sheik, S. S. & Sekar, K. (2003). Nucleic Acids Res. 31, 3356-3358.
12. Hutchinson, E. G. & Thornton, J. M. (1996). Protein Sci. 5, 212-220.
13. Laskowski, R. A., Hutchinson, E. G., Michie, A. D., Wallace, A. C., Jones, M. L. & Thornton, J. M. (1997). Trends Biochem. Sci. 22, 488-490.
14. Laskowski, R. A., MacArthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. (1993). J. Appl. Cryst. 26, 283-291.
15. Neshich, G., Mazoni, I., Oliveira, S. R., Yamagishi, M. E., Kuser-Falcao, P. R., Borro, L. C., Morita, D. U., Souza, K. R., Almeida, G. V., Rodrigues, D. N., Jardine, J. G., Togawa, R. C., Mancini, A. L., Higa, R. H., Cruz, S. A., Vieira, F. D., Santos, E. H., Melo, R. C. & Santoro, M. M. (2006). Genet. Mol. Res. 5, 717-722.
16. Orengo, C. A., Michie, A. D., Jones, S., Jones, D. T., Swindells, M. B. & Thornton, J. M. (1997). Structure, 5, 1093-1108.
17. Pettersen, E. F., Goddard, T. D., Huang, C. C., Couch, G. S., Greenblatt, D. M., Meng, E. C. & Ferrin, T. E. (2004). J. Comput. Chem. 25, 1605-1612.
18. Pratap, J. V., Jeyaprakash, A. A., Rani, P. G., Sekar, K., Surolia, A. & Vijayan, M. (2002). J. Mol. Biol. 317, 237-247.
19. Rajakannan, V., Yogavel, M., Poi, M. J., Jeyaprakash, A. A., Jeyakanthan, J., Velmurugan, D., Tsai, M. D. & Sekar, K. (2002). J. Mol. Biol. 324, 755-762.
20. Roy, S., Gupta, S., Das, S., Sekar, K., Chatterji, D. & Vijayan, M. (2004). J. Mol. Biol. 339, 1103-1113.
21. Sankaranarayanan, R., Sekar, K., Banerjee, R., Sharma, V., Surolia, A. & Vijayan, M. (1996). Nat. Struct. Biol. 3, 596-602.
22. Sayle, R. A. & Milner-White, E. J. (1995). Trends. Biochem. Sci. 20, 374-376.
23. Sekar, K., Eswaramoorthy, S., Jain, M. K. & Sundaralingam, M. (1997). Biochemistry, 36, 14186-14191.
24. Sekar, K., Sekharudu, C., Tsai, M. D. & Sundaralingam, M. (1998). Acta Cryst. D54, 342-346.
25. Sekar, K. & Sundaralingam, M. (1999). Acta Cryst. D55, 46-50.
26. Shanthi, V., Rajesh, C. K., Jayalakshmi, J., Vijay, V. & Sekar, K. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 167-168.
27. Shanthi, V., Selvarani, P., Kiran, K. Ch., Mohire, C. S. & Sekar, K. (2003). Nucleic Acids Res. 31, 3404-3405.
28. Sheik, S. S., Sundararajan, P., Hussain, A. S. Z. & Sekar, K. (2002). Bioinformatics, 18, 1548-1549.
29. Sheik, S. S., Sundararajan, P., Shanthi, V. & Sekar, K. (2003). Bioinformatics, 19, 1043-1044.
30. Sumathi, K., Ananthalakshmi, P., Roshan, M. N. A. Md. & Sekar, K. (2006). Nucleic Acids Res. 34, W128-W134.
31. Thompson, J. D., Higgins, D. G. & Gibson, T. J. (1994). Nucleic Acids Res. 22, 4673-4680.
32. Vriend, G. (1990). J. Mol. Graph. 8, 52-56.