Effects of OH radical addition on proton transfer in the guanine - Cytosine base pair

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 23, 2007, Pages 6571-6576

  Zhang, Ru Bo ^a,b   Eriksson, Leif A ^b  

^a BEIJING INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (China)

^b ÖREBRO UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DISSOCIATION; FREE RADICAL REACTIONS; PROTON TRANSFER;

CYTOSINE; DISSOCIATION ENERGY; GUANINE; POTENTIAL FACTORS;

DNA;

EID: 34347341605     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp071772l     Document Type: Article

References (53)

1. (a) Lowdin, P. O. Adv. Quantum Chem. 1965, 2, 213.
2. (b) Piccirilli, J. A.; Krauch, T.; Moroney, S. E.: Benner, S. A. Nature 1990, 343, 33.
3. Benderskii, V. A.; Makarov, D. E.; Wight, C. A. Chemical Dynamics at Low Temperature. Advances in Chemical Physics 88; Wiley & Sons: New York, 1994.
4. (a) Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10119.
5. (b) Zhanpeisov, N. U.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A. 1998, 102, 6167.
6. (c) Sponer, J.; Sabat, M.; Burda, J. V.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B. 1999, 103, 2528.
7. (d) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
8. (e) van der Wijst, T.; Fonseca Guerra, C.; Swart, M.; Bickelhaupt, F. M. Chem. Phys. Lett 2006, 426, 415.
9. (f) Kurila, N.; Danilov, V. I.; Anisimov, V. M. Chem. Phys. Lett 2005, 404, 164.
10. (g) LaPointe, S. M.; Wheaton, C. A.; Wetmore, S. D. Chem. Phys. Lett 2004, 400, 487.
11. (h) Villani, G. Chem. Phys. 2006, 324,438.
12. (i) Kryachko, E. S. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 910.
13. Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 45.
14. Bertran, J.; Oliva, A.; Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8159.
15. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 10115.
16. Noguera, M.; Bertran, J.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. A. 2004, 108, 333.
17. Sun, L.; Bu, Y. J. Phys. Chem. B. 2005, 109, 593.
18. (a) Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A. 2002, 106, 1011.
19. (b) Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A. 2002, 100, 4709.
20. (c) Guallar, V.; Douhal, A.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Phys. Chem. A. 1999, 103, 6251.
21. Biancafort, L.; Bertran, J.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12770.
22. Stein, G.; Weiss, J. Nature 1948, 161, 650.
23. Commoner, B.; Townsend, J.; Pake, G. E. Nature 1954, 174, 689.
24. von Sonntag, C. The Chemical Basis of Radiation Biology; Taylor & Francis: London, 1987.
25. Steenken, S. J. Chem. Soc. Faraday Trans I1987, 83, 113.
26. O'Neill, P. Radiat. Res. 1983, 96, 198.
27. Douki, T.; Spinelli, S.; Ravanat, J.-L.; Cadet, J. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1999, 1875-1880.
28. (a) Hildenbrand, K.; Behrens, G.; Schulte-Frohlinde, D.; Herak, J. N. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1989, 283.
29. (b) Schulte-Frohlinde, D.; Hildenbrand, K. In Free Radicals in Synthesis and Biology; Minisci, F., Ed.; Kluwer Academic: Dordrecht, The Netherlands, 1989; p 335.
30. (c) Schulte-Frohlinde, D.; Opitz, J.; Gomer, H.; Bothe, E. Int. J. Radiat. Biol. 1985, 48, 397.
31. (d) Wagner, J. R.; van Lier, J. E.; Johnston, L. J. Photochem. Phorobiol. 1990, 52, 333.
32. (e) Krishna, C. M.; Decarroz, C.; Wagner, J. R.; Cadet, J.; Riesz, P. Photochem. Photobiol. 1987, 46, 175.
33. (f) Barvian, M. R.; Barkley, R. M.; Greenberg, M. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4894.
34. (g) Zhang, R. B.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B. 2006, 110, 23583.
35. Ban, F.; Lundqvist, M. J.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Am. Chem. Soc 2002, 124, 2753.
36. (a) Bera, P. P.; Schaefer, H. F., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6698.
37. (b) Zhang, J. D.; Schaefer, H. F., III. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 115.
38. (a) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
39. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
40. Boys, S. B.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
41. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
43. Yanson, I. K.; Teplitsky, A. B.; Sukhodub, L. F. Biopolymers 1979, 18, 1149.
44. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10163.
45. (a) Zhang, R. B.; Zeegers-Huyskens, Th.; Ceulemans, A.; Nguyen, M. T. Chem. Phys. 2005, 316, 35.
46. (b) Dabkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7423.
47. (c) Chandra, A. K.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Org. Chem. 2003, 68, 3618.
48. (d) Rauhut, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 791.
49. (e) Bian, L. J. Phys. Chem. A. 2003, 107, 11517.
50. (f) Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6010.
51. (g) Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8853.
52. (h) Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1288.
53. (i) Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1934.