Ab initio folding of albumin binding domain from all-atom molecular dynamics simulation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 19, 2007, Pages 5458-5463

  Lei, Hongxing ^a   Duan, Yong ^a  

^a Genome Center   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DIFFUSION; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; SOLVATION;

ALBUMIN; GLOBAL PACKING; ROOT-MEAN-SQUARE DEVIATION (RMSD);

PROTEINS;

EID: 34249807361     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0704867     Document Type: Article

References (24)

1. Kryshtafovych, A.; Venclovas, C.; Fidelis, K.; Moult, J. Proteins 2005, 61 Suppl 7, 225.
2. Wolynes, P. G. Philos. Trans. A: Math. Phys. Eng. Sci. 2005, 363, 453.
3. Kubelka, J.; Chiu, T. K.; Davies, D. R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mot. Biol. 2006, 359, 546.
4. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
5. Johansson, M. U.; Dechateau, M.; Bjorck, L.; Forsen, S.; Drakenberg, T.; Wikstrom, M. FEBS Lett. 1995, 374, 257.
6. Johansson, M. U.; deChateau, M.; Wikstrom, M.; Forsen, S.; Drakenberg, T.; Bjorck, L. J. Mol. Biol. 1997, 266, 859.
7. Kraulis, P. J.; Jonasson, P.; Nygren, P. A.; Uhlen, M.; Jendeberg, L.; Nilsson, B.; Kordel, J. FEBS Lett. 1996, 378, 190.
8. Johansson, M. U.; Nilsson, H.; Evenas, J.; Forsen, S.; Drakenberg, T.; Bjorck, L.; Wikstrom, M. J. Mol. Biol. 2002, 316, 1083.
9. Lejon, S.; Frick, I. M.; Bjorck, L.; Wikstrom, M.; Svensson, S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 42924.
10. Wang, T.; Zhu, Y. J.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3694.
11. Zhu, Y. J.; Fu, X. R.; Wang, T.; Tamura, A.; Takada, S.; Savan, J. G.; Gai, F. Chem. Phys. 2004, 307, 99.
12. Dimitriadis, G.; Drysdale, A.; Myers, J. K.; Arora, P.; Radford, S. E.; Oas, T. G.; Smith, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3809.
13. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14812.
14. Takada, S. Proteins-Structure Function and Genetics 2001, 42, 85.
15. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 55, 383.
16. Munoz, V.; Serrano, L. Biopolymers 1997, 41, 495.
17. Geney, R.; Layten, M.; Gomperts, R.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 115.
18. Zhou, R. H. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 53, 148.
19. Zhou, R. H.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12777.
20. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
21. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
22. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
23. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
24. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.