Interaction of guanine, its anions, and radicals with lysine in different charge states

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 19, 2007, Pages 5418-5424

  Jena, N R ^a   Mishra, P C ^a  

^a BANARAS HINDU UNIVERSITY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE DENSITY; COMPLEXATION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; FREE RADICALS; HYDROGEN; NEGATIVE IONS; PROTON TRANSFER;

GUANINE; GUANINE RADICAL; LYSINE; ZWITTERIONIC STRUCTURE;

DNA;

EID: 34249777560     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0703004     Document Type: Article

References (49)

1. Vigneault, F.; Guerin, S. L. Expert Rev. Proteomics 2005, 2, 705.
2. Echols, H. Science 1986, 233, 1050.
3. Cheng, A. C.; Chen, W. W.; Fuhrmann, C. N.; Frankel, A. D. J. Mol. Biol. 2003, 327, 781.
4. Kim, J.; Bhinge, A. A.; Morgan, X. C.; Iyer, V. R. Nat. Methods 2005, 2, 47.
5. Von Sonntag, C. The Chemical Basis of Radiation Biology; Taylor & Francis: London, UK, 1987; p 221.
6. Becker, D.; Sevilla, M. D. Adv. Radiat. Biol. 1993, 17, 121.
7. Steenken, S. Chem. Rev. 1989, 503.
8. Bernhard, W. A.; Close, D. M. In Charged Particle and Photon Interactions with Matter Chemical, Physicochemical and Biological Consequences with Applications; Mozumdar, A., Hatano, Y., Eds.; Marcel Dekker, Inc.: New York, 2004; p 431.
9. Milligan, J. R.; Aguilera, J. A.; Ly, A.; Tran, N. Q.; Hoang, O.; Ward, J. F. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 6258.
10. Adhikary, A.; Kumar, A.; Sevilla, M. D. Radiat. Res. 2006, 165, 479.
11. Sevilla, M. D.; Becker, D.; Yan, M.; Summerfield, S. R. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3409.
12. Abdoul-Carime, H.; Gohlke, S.; Illenberger, E. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 168103.
13. Pan, X.; Sanche, L. Chem. Phys. Lett. 2006, 421, 404.
14. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchev, P. N.; Schaefer, H. F., III J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4023.
15. Chen, E. S. D.; Chen, E. C. M.; Sane, N. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998, 246, 228.
16. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1243.
17. Bera, P. P.; Schaefer, H. F., III Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 6698.
18. Lind, M. C.; Bera, P. P.; Richardson, N. A.; Wheeler, S. E.; Schaefer, H. F., III Proc. Natl. Acad. Sci. 2006, 103, 7554.
19. Reynisson, J.; Steenken, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 5346.
20. Messer, B. M.; Cappa, C. D.; Smith, J. D.; Drisdell, W. S.; Schwartz, C. P.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21640.
21. Schroeder, O. E.; Andriole, E. J.; Carver, K. L.; Colyer, K. E.; Poutsma, J. C. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 326.
22. Bliznyuk, A. A.; Schaefer, H. F., III; Amster, I. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5149.
23. Lemoff, A. S.; Bush, M. F.; O'Brien, J. T.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8433.
24. Bouchoux, G.; Buisson, D. A.; Colas, C.; Sablier, M. Eur. J. Mass Spectrom. 2004, 10, 977.
25. Shoeib, T.; Siu, K. W. M.; Hopkinson, A. C. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6121.
26. Rozman, M.; Srzic, D.; Klasinc, L. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 253, 201.
27. Maksić, Z.; Kovačevič, B. Chem. Phys. Lett. 1999, 307, 497.
28. Debrus, S.; Marchewka, M. K.; Baran, J.; Drozd, M.; Czopnik, R.; Pietraszko, A.; Ratajczak, H. J. Solid State Chem. 2005, 178, 2880.
29. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8159.
30. Kjeldsen, F.; Suivra, O. A.; Zubarev, R. A. Chem. Eur. J. 2006, 12, 7920.
31. Barlow, C. K.; Moran, D.; Radom, L.; McFadyen, W. D.; O'Hair, R. A. J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8304.
32. Wee, S.; O'Hair, R. A. J.; McFadyen, W. D. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 249, 171.
33. Gutowski, M.; Dabkowska, I.; Rak, J.; Xu, S.; Milles, J. M.; Radisic, D.; Bowen, K. H. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 431.
34. Sagstuen, E.; Close, D. M.; Vagane, R.; Hole, E. O.; Nelson, W. H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8653.
35. Cheng, A. C.; Frankel, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 434.
36. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. A 1965, 140, 1133.
37. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
38. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
39. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
40. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammy, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A. 1; Gaussian, Inc.; Pittsburgh, PA, 1998.
41. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsiji, H.; Hada, M.; Ehara, E.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene M.; Li, X.; Knoz, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision A.1; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
42. Frisch, A. E.; Dennington, R. D.; Keith, T. A.; Neilsen, A. B.; Holder, A. J. GaussView, Rev. 3.9; Gaussian, Inc.: Pittsburg, PA, 2003.
43. Kumar, A.; Knapp-Mohammady, M.; Mishra, P. C.; Suhai, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1047.
44. Luo, Q.; Li, Q. S.; Xie, Y. M.; Schaefer, H. F., III Collect. Czech. Chem. Commun. 2005, 70, 826.
45. Adhikari, A.; Kumar, A.; Becker, D.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24171.
46. Shek, P. Y. I.; Zhao, J.; Ke, Y.; Siu, K. W. M.; Hopkinson, A. C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8282.
47. Mons, M.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10921.
48. Choi, M. Y.; Miller, R. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7320.
49. Luscombe, N. M.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2860.