Conformational diversity of the fibrillogenic fusion peptide B18 in different environments from molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 16, 2007, Pages 4161-4170

  Knecht, Volker ^a   Möhwald, Helmut ^a   Lipowsky, Reinhard ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE OF COLLOIDS AND INTERFACES   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CIRCULAR DICHROISM SPECTROSCOPY; ETHANOL; HYDROPHILICITY; MOLECULAR DYNAMICS; SURFACE CHEMISTRY;

AMYLOIDOSES; CONFORMATIONAL DIVERSITY; FIBRILLOGENIC PEPTIDES; HYDROPHOBIC RESIDUES;

PEPTIDES;

EID: 34248352704     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0659204     Document Type: Article

References (52)

1. Kelly, J. W. Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 930.
2. Crescenzi, O.; Tomaselli, S.; Guerrini, R.; Salvadori, S.; D'Ursi, A. M.; Temussi, P. A.; Picone, D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 5642.
3. Rocha, S.; Thunemann, A. F.; Pereira, M. C.; Coelho, M. A. N.; Möhwald, H.; Brezesinski, G. ChemBioChem 2005, 6, 280.
4. Ulrich, A. S.; Otter, M.; Glabe, C. G.; Hoekstra, D. J. Biol. Chem. 1998, 273, 16748.
5. Ulrich, A. S.; Tichelaar, W.; Forster, G.; Zschornig, O.; Weinkauf, S.; Meyer, H. W. Biophys. J. 1999, 77, 829.
6. Maltseva, E. Model membrane interactions with ions and peptides at the air/water interface. Ph.D. Thesis, Universität Potsdam, 2005.
7. Glaser, R. W.; Grune, M.; Wandelt, C.; Ulrich, A. S. Biochemistry 1999, 38, 2560.
8. Binder, H.; Arnold, K.; Ulrich, A. S.; Zschornig, O. Biochim. Biophys. Acta Biomembr. 2000, 1468, 345.
9. Daidone, L; Simona, F.; Roccatano, D.; Broglia, R. A.; Tiana, G.; Colombo, G.; Di Nola, A. Proteins 2004, 57, 198.
10. Han, W.; Wu, Y. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15408.
11. Xu, Y. C.; Shen, J. J.; Luo, X. M.; Zhu, W. L.; Chen, K. X.; Ma, J. P.; Jiang, H. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5403.
12. Daidone, I.; Amadei, A.; Di Nola, A. Proteins 2005, 59, 510.
13. Villa, A.; Mark, A. E.; Saracino, G. A. A.; Cosentino, U.; Pitea, D.; Moro, G.; Salmona, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1423.
14. Fan, H.; Wang, X.; Zhu, J.; Robillard, G. T.; Mark, A. E. Proteins 2006, 64, 863.
15. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76.
16. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51.
17. Karraker, K. A.; Radke, C. J. Adv. Colloid Interface Sci. 2002, 96, 231.
18. Marrink, S. J.; Marcelja, S. Langmuir 2001, 17, 7929.
19. Schuler, L. D.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205.
20. Hermans, J.; Berendsen, H. J. C.; van Gunsteren, W. F.; Postma, J. P. M. Biopolymers 1984, 23, 1513.
21. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701.
22. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
23. Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786.
24. Feenstra, K. A.; Peter, C.; Scheek, R. M.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. J. Biomol. NMR 2002, 23, 181.
25. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Nola, A. D.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
26. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
27. Hünenberger, P. In Simulation and theory of electrostatic interactions in solution: Computational chemistry, biophysics, and aqueous solutions; Pratt, L., Hummer, G., Eds.; American Institute of Physics: Santa Fe, NM, 1999; pp 17-83.
28. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
29. Sreerama, N.; Venyaminov, S. Y.; Woody, R. W. Protein Sci. 1999, 8, 370.
30. Woody, R. W. Private communication.
31. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709.
32. Roccatano, D.; Colombo, G.; Fioroni, M.; Mark, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12179.
33. Chitra, R.; Smith, P. E. J. Chem. Phys. 2001, 115, 5521.
34. Nachr. Chem. Tech. Lab. 1997, 45, 406.
35. Armen, R.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Protein Sci. 2003, 12, 1145.
36. Provencher, S. W.; Glockner, J. Biochemistry 1981, 20, 33.
37. Sreerama, N.; Woody, R. W. Anal. Biochem. 2000, 287, 252.
38. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Biochemistry 1974, 13, 211.
39. Barre, P.; Zschornig, O.; Arnold, K.; Huster, D. Biochemistry 2003, 42, 8377.
40. Ding, F.; Borreguero, J. M.; Buldyrey, S. V.; Stanley, H. E.; Dokholyan, N. V. Proteins 2003, 55, 220.
41. Simona, F.; Tiana, G.; Broglia, R. A.; Colombo, G. J. Mol. Graph. 2004, 23, 263.
42. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16180.
43. Wu, C.; Lei, H. X.; Duan, Y. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13530.
44. Monticelli, L.; Tieleman, D. P.; Colombo, G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 20064.
45. Flock, D.; Colacino, S.; Colombo, G.; Di Nola, A. Proteins 2006, 62, 183.
46. Wei, G. H.; Shea, J. E. Biophys. J. 2006, 91, 1638.
47. D'Ursi, A. M.; Armenante, M. R.; Guerrini, R.; Salvadori, S.; Sorrentino, G.; Picone, D. J. Med. Chem. 2004, 47, 4231.
48. Avbelj, F.; Moult, J. Biochemistry 1995, 34, 755.
49. Zhang, S.; Iwata, K.; Lachenmann, M. J.; Peng, J. W.; Li, S.; Stimson, E. R.; Lu, Y.; Felix, A. M.; Maggio, J. E.; Lee, J. P. J. Struct. Biol. 2000, 130, 130.
50. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Doeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005 102, 17342.
51. Urbane, B.; Cruz, L.; Yun, S.; Buldyrev, S. V.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Stanley, H. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 107, 17345.
52. Jang, S.; Shin, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1955.