Base-dependent electron photodetachment from negatively charged DNA strands upon 260-nm laser irradiation

Journal of the American Chemical Society

Volumn 129, Issue 15, 2007, Pages 4706-4713

  Gabelica, Valérie ^a   Rosu, Frédéric ^a   Tabarin, Thibault ^b   Kinet, Catherine ^a   Antoine, Rodolphe ^b   Broyer, Michel ^b   De Pauw, Edwin ^a   Dugourd, Philippe ^b  

^a UNIVERSITY OF LIÈGE   (Belgium)

^b UNIVERSITÉ LYON 1   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COULOMB INTERACTIONS; ELECTRONS; LASER BEAM EFFECTS; NEGATIVE IONS; PHOTOOXIDATION; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY; WAVELENGTH;

COULOMB BARRIERS; DNA STRANDS; PHOTODETACHMENT; QUADRUPOLE ION TRAPS; RADIATIVE RELAXATION;

DNA SEQUENCES;

DNA; GUANINE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BASE PAIRING; CALCULATION; DNA DETERMINATION; DNA STRAND; ELECTRON PHOTODETACHMENT PROCESS; ELECTRON TRANSPORT; IONIZATION; LASER; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STABILITY; PHOTOCHEMISTRY; PRODUCT RECOVERY; SPECTRAL SENSITIVITY; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

DNA; ELECTRONS; MASS SPECTROMETRY; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGONUCLEOTIDES; PHOTOCHEMISTRY; PHOTONS;

EID: 34247468401     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja068440z     Document Type: Article

References (78)

1. Sobolewski, A. L.; Domcke, W. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 369-374.
2. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 768-778.
3. Perun, S.; Sobolewski, A. L.; Domcke, W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6257-6265.
4. Ullrich, S.; Schultz, T.; Zgierski, M. Z.; Stolow, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2262-2263.
5. Ritze, H. H.; Lippert, H.; Samoylova, E.; Smith, V. R.; Hertel, I. V.; Radloff, W.; Schultz, T. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224320.
6. Ullrich, S.; Schultz, T.; Zgierski, M. Z.; Stolow, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2796-2801.
7. Samoylova, E.; Lippert, H.; Ullrich, S.; Hertel, I. V.; Radloff, W.; Schultz, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1782-1786.
8. Crespo-Hernandez, C. E.; Cohen, B.; Hare, P. M.; Kohler, B. Chem. Rev. 2004, 104, 1977-2019.
9. Hare, P. M.; Crespo-Hernandez, C. E.; Kohler, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 435-440.
10. Satzger, H.; Townsend, D.; Zgierski, M. Z.; Patchkovskii, S.; Ullrich, S.; Stolow, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S A. 2006, 103, 10196-10201.
11. Sobolewski, A. L.; Domcke, W.; Hattig, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17903-17906.
12. Schultz, T.; Samoylova, E.; Radloff, W.; Hertel, I. V.; Sobolewski, A. L.; Domcke, W. Science 2004, 306, 1765-1768.
13. Plessow, R.; Brockhinke, A.; Eimer, W.; Kohse-Hoinghaus, K. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3695-3704.
14. Markovitsi, D.; Onidas, D.; Gustavsson, T.; Talbot, F.; Lazzarotto, E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17130-17131.
15. Crespo-Hernandez, C. E.; Cohen, B.; Kohler, B. Nature 2005, 436, 1141-1144.
16. Markovitsi, D.; Talbot, F.; Gustavsson, T.; Onidas, D.; Lazzarotto, E.; Marguet, S. Nature 2006, 441, E7.
17. Crespo-Hernandez, C. E.; Cohen, B.; Kohler, B. Nature 2006, 441, E8.
18. Kwok, W. M.; Ma, C.; Phillips, D. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11894-11905.
19. Markovitsi, D.; Onidas, D.; Talbot, F.; Marguet, S.; Gustavsson, T.; Lazzarotto, E. J. Photochem. Photobiol., A 2006, 183, 1-8.
20. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
21. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F. Mass Spectrom. Rev. 1990, 9, 37-70.
22. Cech, N. B.; Enke, C. G. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 362-387.
23. Williams, E. R.; Furlong, J. J. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 288-294.
24. Guan, Z.; Kelleher, N. L.; O'Connor, P. B.; Aaserud, D. J.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 157-158, 357-364.
25. Kim, T. Y.; Thompson, M. S.; Reilly, J. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 1657-1665.
26. Moon, J. H.; Yoon, S. H.; Kim, M. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 3248-3252.
27. Nolting, D.; Marian, C.; Weinkauf, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2633-2640.
28. Marian, C.; Nolting, D.; Weinkauf, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3306-3316.
29. Andersen, L. H.; Heber, O.; Zajfman, D. J. Phys. B: At. Mol. Opt. Phys. 2004, 37, R57-R88.
30. Nielsen, S. B.; Lapierre, A.; Andersen, J. U.; Pedersen, U. V.; Tomita, S.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2001, 8722 (22), 228102.
31. Andersen, L. H.; Lapierre, A.; Nielsen, S. B.; Nielsen, I. B.; Pedersen, S. U.; Pedersen, U. V.; Tomita, S. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 597-600.
32. Talbot, F. O.; Tabarin, T.; Antoine, R.; Broyer, M.; Dugourd, P. J. Chem. Phys. 2005, 122 (7), 074310.
33. Tabarin, T.; Antoine, R.; Broyer, M.; Dugourd, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 2883-2892.
34. Kang, H.; Jouvet, C.; donder-Lardeux, C.; Martrenchard, S.; Gregoire, G.; Desfrancois, C.; Schermann, J. P.; Barat, M.; Fayeton, J. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7 (2), 394-398.
35. Boyarkin, O. V.; Mercier, S. R.; Kamariotis, A.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2816-2817.
36. Oomens, J.; Polfer, N.; Moore, D. T.; van der Meer, L.; Marshall, A. G.; Eyler, J. R.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1345-1348.
37. Oh, H. B.; Lin, C.; Hwang, H. Y.; Zhai, H. L.; Breuker, K.; Zabrouskov, V.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4076-4083.
38. Polfer, N. C.; Valle, J. J.; Moore, D. T.; Oomens, J.; Eyler, J. R.; Bendiak, B. Anal. Chem. 2006, 78, 670-679.
39. Simon, A.; Jones, W.; Ortega, J. M.; Boissel, P.; Lemaire, J.; Maitre, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11666-11674.
40. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Dunbar, R. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 2744-2751.
41. Polfer, N. C.; Paizs, B.; Snoek, L. C.; Compagnon, I.; Suhai, S.; Meijer, G.; von Helden, G.; Oomens, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8571-8579.
42. Kamariotis, A.; Boyarkin, O. V.; Mercier, S. R.; Beck, R. D.; Bush, M. F.; Williams, E. R.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 905-916.
43. Gabelica, V.; Tabarin, T.; Antoine, R.; Rosu, F.; Compagnon, I.; Broyer, M.; De Pauw, E.; Dugourd, P. Anal. Chem. 2006, 78, 6564-6572.
44. Dugourd, P.; Antoine, R.; Broyer, M.; Talbot, F. O. International patent WO 2006064132, 2006.
45. Granovsky, A. A. PC Gamess v. 7.0. http://classic.chem.msu.su/gran/ gamess/index.html (accessed 12/2006).
46. Yang, X.; Wang, X. B.; Vorpagel, E. R.; Wang, L. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17588-17592.
47. Rubio, M.; Roca-Sanjuan, D.; Merchan, M.; Serrano-Andres, L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 10234-10235.
48. Zakjevskii, V. V.; King, S. J.; Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13350-13351.
49. Wu, J.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 237, 197-241.
50. Fasman, G. D.; Sober, H. A. Handbook of biochemistry and molecular biology: physical and chemical data, miscellaneous; CRC Press: Cleveland, 1976.
51. Hush, N. S.; Cheung, A. S. Chem. Phys. Lett. 1975, 34, 11-13.
52. Orlov, V. N.; Smirnov, A. N.; Varshavsky, Y. M. Tetrahedron Lett. 1976, 48, 4377-4378.
53. Richardson, N. A.; Gu, J.; Wang, S.; Xie, Y.; Schaeffer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4404-4411.
54. Weber, J. M.; Ioffe, I. N.; Berndt, K. M.; Loffler, D.; Friedrich, J.; Ehrler, O. T.; Danell, A. S.; Parks, J. H.; Kappes, M. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8585-8589.
55. Dreuw, A.; Cederbaum, L. S. Chem. Rev. 2002, 102, 181-200.
56. Simons, J. Anions. In Encyclopedia of Mass Spectrometry Volume 1: Theory and Ion Chemistry, 1st ed.; Armentrout, P. B., Ed.; Elsevier: 2003; pp 55-68.
57. Emanuele, E.; Zakrzewska, K.; Markovitsi, D.; Lavery, R.; Millie, P. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16109-16118.
58. Sobolewski, A. L.; Domcke, W.; Dedonder-Lardeux, C.; Jouvet, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1093-1100.
59. Wang, L. S.; Ding, C. F.; Wang, X. B.; Nicholas, J. B.; Nicholas, B. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 2667-2670.
60. Simons, J. Adv. Quantum Chem. 2005, 50, 213-233.
61. Cauet, E.; Dehareng, D.; Lievin, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 9200-9211.
62. Gidden, J.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5610-5611.
63. Gidden, J.; Bowers, M. T. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 409-419.
64. Sugiyama, H.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7063-7068.
65. Kim, N. S.; Zhu, Q. Q.; LeBreton, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11516-11530.
66. Zhu, Q. Q.; LeBreton, P. R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12824-12834.
67. Starikov, E. B.; Lewis, J. P.; Sankey, O. F. Int. J. Mod. Phys. B 2005, 19, 4331-4357.
68. Crespo-Hernandez, C. E.; Arce, R. Photochem. Photobiol. 2002, 76, 259-267.
69. Crespo-Hernandez, C. E.; Arce, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1062-1070.
70. Marguet, S.; Markovitsi, D.; Talbot, F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 11037-11039.
71. Danell, A. S.; Parks, J. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 1330-1339.
72. Yang, J.; Mo, J. J.; Adamson, J. T.; Hakansson, K. Anal. Chem. 2005, 77, 1876-1882.
73. Mo, J.; Hakansson, K. Anal. Bioanal. Chem. 2006, 386, 675-681.
74. Yang, J.; Hakansson, K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1369-1375.
75. Anusiewicz, W.; Berdys-Kochanska, J.; Czaplewski, C.; Sobczyk, M.; Daranowski, E. M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 240-249.
76. Kordel, M.; Schooss, D.; Gilb, S.; Blom, M. N.; Hampe, O.; Kappes, M. M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4830-4837.
77. Loffler, D.; Weber, J. M.; Kappes, M. M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 224308.
78. Antoine, R.; Joly, L.; Tabarin, T.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Lemoine, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 265-268.