Vibrational assignment of the 4-hydroxycinnamyl chromophore in photoactive yellow protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 10, 2007, Pages 2719-2726

  Unno, Masashi ^a,c   Kumauchi, Masato ^b,d   Tokunaga, Fumio ^b   Yamauchi, Seigo ^a  

^a TOHOKU UNIVERSITY   (Japan)

^b OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

^c SAGA UNIVERSITY   (Japan)

^d OKLAHOMA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR VIBRATIONS; PROTEINS; RAMAN SCATTERING; VIBRATIONAL SPECTROSCOPY;

4-HYDROXYCINNAMYL; CARBONYL CARBON ATOM; RAMAN BANDS; RING CARBON ATOMS;

CHROMOPHORES;

EID: 34047274067     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp066434j     Document Type: Article

References (40)

1. Meyer, T. E. Biochim. Biophys. Acta 1985, 806, 175-183.
2. Pellequer, J.-L.; Wager-Smith, K. A.; Kay, S. A.; Getzoff, E. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5884-5890.
3. Baca, M.; Borgstahl, G. E. O.; Boissinot, M.; Burke, P. M.; Williams, D. R.; Slater, K. A.; Getzoff, E. D. Biochemistry 1994, 33, 14369-14377.
4. Hoff, W. D.; Dux, P.; Devreese, B.; Roodzant-Nugteren, I. M.; Crielaard, W.; Boelens, R.; Kaptein, R.; Van Beeumen, J.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 1994, 33, 13959-13962.
5. Kim, M.; Mathies, R. A.; Hoff, W. D.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 1995, 34, 12669-12672.
6. Unno, M.; Kumauchi, M.; Sasaki, J.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. Biochemistry 2002, 41, 5668-5674.
7. Getzoff, E. D.; Gutwin, K. N.; Genick, U. K. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 663-668.
8. Devanathan, S.; Brudler, R.; Hessling, B.; Woo, T. T.; Gerwert, K.; Getzoff, E. D.; Cusanovich, M. A.; Tollin, G. Biochemistry 1999, 38, 13766-13772.
9. El-Mashtoly, S. F.; Unno, M.; Kumauchi, M.; Hamada, N.; Fujiwara, K.; Sasaki, J.; Imamoto, Y.; Kataoka, M.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. Biochemistry 2004, 43, 2279-2287.
10. Meyer, T. E.; Yakali, E.; Cusanovich, M. A.; Tollin, G. Biochemistry 1987, 26, 418-423.
11. Hoff, W. D.; van Stokkum, I. H. M.; van Ramesdonk, H. J.; van Brederode, M. E.; Brouwer, A. M.; Fitch, J. C.; Meyer, T. E.; van Grondelle, R.; Hellingwerf, K. J. Biophys. J. 1994, 67, 1691-1705.
12. Ujj, L.; Devanathan, S., Meyer, T. E.; Cusanovich, M. A.; Tollin, G.; Atkinson, G. H. Biophys. J. 1998, 75, 406-412.
13. Xie, A.; Kelemen, L.; Hendriks, J.; White, B. J.; Hellingwerf, K. J.; Hoff, W. D. Biochemistry 2001, 40, 1510-1517.
14. Brudler, R.; Rammelsberg, R.; Woo, T. T.; Getzoff, E. D.; Gerwert, K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 265-270.
15. Imamoto, Y.; Kataoka, M.; Tokunaga, F.; Asahi, T.; Masuhara, H. Biochemistry 2001, 40, 6047-6052.
16. Unno, M.; Kumauchi, M.; Hamada, N.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 23855-23858.
17. Pan, D.; Philip, A.; Hoff, W. D.; Mathies, R. A. Biophys. J. 2004, 86, 2374-2382.
18. Unno, M.; Kumauchi, M.; Sasaki, J.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4233-4234.
19. Unno, M.; Kumauchi, M.; Sasaki, J.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2837-2845.
20. Chosrowjan, H.; Taniguchi, S.; Mataga, N.; Unno, M.; Yamauchi, S.; Hamada, N.; Kumauchi, M.; Tokunaga, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2686-2698.
21. El-Mashtoly, S. F.; Yamauchi, S.; Kumauchi, M.; Hamada, N.; Tokunaga, F.; Unno, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23666-23673.
22. William, S. W., Jr.; William, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1961, 83, 1733-1738.
23. Imamoto, Y.; Ito, T.; Kataoka, M.; Tokunaga, F. FEBS Lett. 1995, 374, 157-160.
24. Mihara, K.; Hisatomi, O.; Imamoto, Y.; Kataoka, M.; Tokunaga, F. J. Biochem. 1997, 121, 876-880.
25. Unno, M.; Sano, R.; Masuda, S.; Ono, T.; Yamauchi, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12620-12626.
26. Unno, M.; Masuda, S.; Ono, T.; Yamauchi, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5638-5639.
27. Koch, W.; Holthausen, M. C. A Chemist's Guide to Density Functional Theory; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2000.
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision B.04; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
29. Zhou, Y.; Ujj, L.; Meyer, T. E.; Cusanovich, M. A.; Atkinson, G. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5719-5726.
30. Strommen, D. S. J. Chem. Educ. 1992, 69, 803-807.
31. Harada, I.; Takeuchi, H. In Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U. K., 1981; Vol. 13, pp 113-175.
32. Takeuchi, H.; Watanabe, N.; Harada, I. Spectrochim. Acta 1988, 44A, 749-761.
33. Austin, J. C.; Jordan, T.; Spiro, T. G. In Biomolecular Spectroscopy, Part A, Advances in Spectroscopy; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U. K., 1993; Vol. 20, pp 55-127.
34. Imamoto, Y.; Mihara, K.; Hisatomi, O.; Kataoka, M.; Tokunaga, F.; Bojkova, N.; Yoshihara, K. J. Biol. Chem. 1997, 272, 12905-12908.
35. Imamoto, Y.; Shirahige, Y.; Tokunaga, F.; Kinoshita, T.; Yoshihara, K.; Kataoka, M. Biochemistry 2001, 40, 8997-9004.
36. Harigai, M.; Imamoto, Y.; Kamikubo, H.; Yamazaki, Y.; Kataoka, M. Biochemistry 2003, 42, 13893-13900.
37. Heyne, K.; Mohammed, O. F.; Usman, A.; Dreyer, J.; Nibbering, E. T. J.; Cusanovich, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 18100-18106.
38. Groot, M. L.; van Wilderen, L. J. G. W.; Larsen, D. S.; van der Horst, M. A.; van Stokkum, I. H. M.; Hellingwerf, K. J.; van Grondelle, R. Biochemistry 2003, 42, 10054-10059.
39. van Wilderen, L. J. G. W.; van der Horst, M. A.; Stokkum, I. H. M.; Hellingwerf, K. J.; van Grondelle; R.; Groot, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15050-15055.
40. Haker, A.; Hendriks, J.; van Stokkum, I. H. M.: Heberle, J.; Hellingwerf, K. J.; Crielaard, W.; Gensch, T. J. Biol. Chem. 2003, 278, 8442-8451.