Assignment of resonance Raman spectrum of photoactive yellow protein in its long-lived blue-shifted intermediate

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 12, 2003, Pages 2837-2845

  Unno, Masashi ^a   Kumauchi, Masato ^b   Sasaki, Jun ^b   Tokunaga, Fumio ^b   Yamauchi, Seigo ^a  

^a TOHOKU UNIVERSITY   (Japan)

^b OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMS; CALCULATIONS; CARBON; CHROMOPHORES; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; HEAVY WATER; ISOTOPES; PHENOLS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; RAMAN SCATTERING;

BACTERIAL PHOTORECEPTOR; HYDROXYCINNAMYL CHROMOPHORE; ISOTOPE SHIFTS; PHENOLIC HYDROXYL GROUP; PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN; RESONANCE RAMAN SPECTRUM; VIBRATIONAL SPECTROSCOPY;

PROTEINS;

EID: 0037717189     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp026448z     Document Type: Article

References (32)

1. Meyer, T. E. Biochim. Biophys. Acta 1985, 806, 175-183.
2. Hoff, W. D.; Dux, P.; Devreese, B.; Roodzant-Nugteren, I. M.; Crielaard, W.; Boelens, R.; Kaptein, R.; Van Beeumen, J.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 1994, 33, 13959-13962.
3. Baca, M.; Borgstahl, G. E. O.; Boissinot, M.; Burke, P. M.; Williams, D. R.; Slater, K. A.; Getzoff, E. D. Biochemistry 1994, 33, 14369-14377.
4. Hoff, W. D.; van Stokkum, I. H. M.; van Ramesdonk, H. J.; van Brederode, M. E.; Brouwer, A. M.; Fitch, J. C.; Meyer, T. E.; van Grondelle, R.; Hellingwerf, K. J. Biophys. J. 1994, 67, 1691-1705.
5. Imamoto, Y.; Kataoka, M.; Tokunaga, F. Biochemistry 1996, 35, 14047-14053.
6. Ujj, L.; Devanathan, S.; Meyer, T. E.; Cusanovich, M. A.; Tollin, G.; Atkinson, G. H. Biophys. J. 1998, 75, 406-412.
7. Takeshita, K.; Imamoto, Y.; Kataoka, M.; Tokunaga, F.; Terajima, M. Biochemistry 2002, 41, 3037-3048.
8. Kim, M.; Mathies, R. A.; Hoff, W. D.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 1995, 34, 12669-12672.
9. Unno, M.; Kumauchi, M.; Sasaki, J.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4233-4234.
10. Unno, M.; Kumauchi, M.; Sasaki, J.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. Biochemistry 2002, 41, 5668-5674.
11. Zhou, Y.; Ujj, L.; Meyer, T. E.; Cusanovich, M. A.; Atkinson, G. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5719-5726.
12. William, S. W., Jr.; William, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1961, 83, 1733-1738.
13. Imamoto, Y.; Ito, T.; Kataoka, M.; Tokunaga, F. FEBS Lett. 1995, 374, 157-160.
14. Koch, W.; Holthausen, M. C. A Chemist's Guide to Density Functional Theory; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2000.
15. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanaykkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98., Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
16. Genick, U. K.; Borgstahl, G. E. O.; Ng, K.; Ren, Z.; Pradervand, C.; Burke, P. M.; Srajer, V.; Teng, T.-Y.; Schildkamp, W.; McRee, D. E.; Moffat, K.; Getzoff, E. D. Science 1997, 275, 1471-1475.
17. Strommen, D. S. J. Chem. Educ. 1992, 69, 803-807.
18. Takeuchi, H.; Watanabe, N.; Harada, I. Spectrochim. Acta 1988, 44A, 749-761.
19. Harada, I.; Takeuchi, H. In Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U.K., 1981; Vol. 13, chapter 3.
20. Eyring, G.; Curry, B.; Broek, A.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. Biochemistry 1982, 21, 384-393.
21. Stockburger, M.; Alshuth, T.; Oesterhelt, D.; Gärner, W. In Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U.K., 1986; pp 483-535.
22. Mathies, R. A.; Smith, S. O.; Palings, I. In Biological Applications of Raman Spectroscopy Vol. II; Spiro, T. G., Ed.; Wiley-Interscience: New York, 1988; pp 59-108.
23. Rubinstenn, G.; Vuister, G. W.; Mulder, F. A. A.; Düx, P. E.; Boelens, R.; Hellingwerf, K. J.; Kaptein, R. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 568-570.
24. Hoff, W. D.; Xie, A.; Van Stokkum, I. H. M.; Tang, X.; Gural, J.; Kroon, A. R.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 1999, 38, 1009-1017.
25. Kandori, H.; Iwata, T.; Hendriks, J.; Maeda, A.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 2000, 39, 7902-7909.
26. Brudler, R.; Rammelsberg, R.; Woo, T. T.; Getzoff, E. D.; Gerwert, K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 265-270.
27. Xie, A.; Kelemen, L.; Hendriks, J.; White, B. J.; Hellingwerf, K. J.; Hoff, W. D. Biochemistry 2001, 40, 1510-1517.
28. Shiozawa, M.; Yoda, M.; Kamiya, N.; Asakawa, N.; Higo, J.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7445-7446.
29. Sasaki, J.; Kumauchi, M.; Hamada, N.; Oka, T.; Tokunaga, F. Biochemistry 2002, 41, 1915-1922.
30. Imamoto, Y.; Shirahige, Y.; Tokunaga, F.; Kinoshita, T.; Yoshihara, K.; Kataoka, M. Biochemistry 2001, 40, 8997-9004.
31. To be submitted for publication.
32. Imamoto, Y.; Mihara, K.; Hisatomi, O.; Kataoka, M.; Tokunaga, F.; Bojkova, N.; Yoshihara, K. J. Biol Chem. 1997, 272, 12905-12908.