An approximate method in using molecular mechanics simulations to study slow protein conformational changes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 11, 2007, Pages 2969-2975

  Yang, Lijiang ^a   Gao, Yi Qin ^a  

^a TEXAS A AND M UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; ELECTRON TRANSITIONS; MOLECULAR MECHANICS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

CALCIUM BINDING DOMAIN; CONFORMATIONAL TRANSITIONS; STRUCTURAL CHANGES;

PROTEINS;

EID: 34047221618     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp066289     Document Type: Article

References (42)

1. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
2. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
3. Swindoll, R. D.; Haile, J. M. J. Comput. Phys. 1984, 53, 289.
4. Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1990, 93, 1287.
5. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990.
6. Izaguirre, J. A.; Reich, S.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9853.
7. Minary, P.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. Phys. Rev. Lett. 2004, 93.
8. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D.; Vecchi, M. P. Science 1983, 220, 671.
9. Wilson, C.; Doniach, S. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1989, 6, 193.
10. Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biopolymers 2001, 60, 96.
11. Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6664.
12. Nagasima, T.; Sugita, Y.; Mitsutake, A.; Okamoto, Y. Comput. Phys. Commun. 2002, 146, 69.
13. Wu, X. W.; Wang, S. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7238.
14. Wu, X. W.; Wang, S. M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9401.
15. Babini, E.; Bertini, I.; Capozzi, F.; Chirivino, E.; Luchinat, C. Structure 2006, 14, 1029.
16. Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1988, 204, 191.
17. Bertini, I.; Del Bianco, C.; Gelis, I.; Katsaros, N.; Luchinat, C.; Parigi, G.; Peana, M.; Provenzani, A.; Zoroddu, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6841.
18. Chattopadhyaya, R.; Meador, W. E.; Means, A. R.; Quiocho, F. A. J. Mol. Biol. 1992, 228, 1177.
19. Chou, J. J.; Li, S. P.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2000, 18, 217.
20. Chou, J. J.; Li, S. P.; Klee, C. B.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 990.
21. Finn, B. E.; Evenas, J.; Drakenberg, T.; Waltho, J. P.; Thulin, E.; Forsen, S. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 777.
22. Houdusse, A.; Love, M. L.; Dominguez, R.; Grabarek, Z.; Cohen, C. Structure 1997, 5, 1695.
23. Ishida, H.; Takahashi, K.; Nakashima, K.; Kumaki, Y.; Nakata, M.; Hikichi, K.; Yazawa, M. Biochemistry 2000, 39, 13660.
24. Kuboniwa, H.; Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Ren, H.; Klee, C. B.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 768.
25. Rao, S. T.; Wu, S.; Satyshur, K. A.; Ling, K. Y.; Kung, C.; Sundaralingam, M. Protein Sci. 1993, 2, 436.
26. Siedlecka, M.; Goch, G.; Ejchart, A.; Sticht, H.; Bierzynski, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 903.
27. Taylor, D. A.; Sack, J. S.; Maune, J. F.; Beckingham, K.; Quiocho, F. A. J. Biol. Chem. 1991, 266, 21375.
28. Zhang, M.; Tanaka, T.; Ikura, M. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 758.
29. Barton, N. P.; Verma, C. S.; Caves, L. S. A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11036.
30. Elezgaray, J.; Marcou, G.; Sanejouand, Y. H. Phys. Rev. E 2002, 66.
31. Fiorin, G.; Biekofsky, R. R.; Pastore, A.; Carloni, P. Proteins: Struct. Fund. Bioinformat. 2005, 61, 829.
32. Komeiji, Y.; Ueno, Y.; Uebayasi, M. FEBS Lett. 2002, 523, 256.
33. Likic, V. A.; Strahler, E. E.; Gooley, P. R. Protein Sci. 2003, 12, 2215.
34. Shepherd, C. M.; Vogel, H. J. Biophys. J. 2004, 87, 780.
35. VanderSpoel, D.; DeGroot, B. L.; Hayward, S.; Berendsen, H. J. C.; Vogel, H. J. Protein Sci. 1996, 5, 2044.
36. Vorherr, T.; Kessler, O.; Mark, A.; Carafoli, E. Eur. J. Kochem. 1992, 204, 931.
37. Wriggers, W.; Mehler, E.; Pitici, F.; Weinstein, H.; Schulten, K. Biophys. J. 1998, 74, 1622.
38. Yang, C.; Kuczera, K. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 20, 179.
39. Yoon, J. H.; Jhon, M. S. J. Mol. Struct. 1993, 295, 193.
40. Zuckerman, D. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 5127.
41. Nelson, M. R.; Chazin, W. J. Protein Sci. 1998, 7, 270.
42. Case, D. A.; et al. AMBER 8; University of California: San Francisco, CA, 2004.