Effects of zero-point and thermal vibrational averaging on computed NMR properties of a model compound for purine nucleosides

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 5, 2006, Pages 1464-1475

  Woodford, Jeffrey N ^a   Harbison, Gerard S ^b  

^a EASTERN OREGON UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF NEBRASKA LINCOLN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33846287932     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct6000736     Document Type: Article

References (55)

1. (a) Cavanaugh, J. Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice; Academic Press: San Diego, CA, 1996.
2. (b) Clore, G. M.; Gronenbom, A. M. NMR of Proteins; CRC Press: Boca Raton, FL, 1993.
3. (c) Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; Wiley: New York, 1986.
4. (d) Evans, J. N. S. Biomolecular NMR Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
5. Karplus, M. J. J. Chem. Phys. 1959, 30, 11-15.
6. Karplus, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 2870-2871.
7. Džakula, Ž.; Westler, W. M.; Edison, A. S.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 6195-6199.
8. Džakula, Ž.; DeRider, M. L.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12796-12803.
9. Wu, A.; Cremer, D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1797-1810.
10. Dziembowska, T.; Hansen, P. E.; Rozwadowski, Z. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2004, 45, 1-29.
11. Vidossich, P.; Piana, S.; Miani, A.; Carloni, P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7215-7221.
12. Limbach, H.-H.; Denisov, G. S.; Golubev, N. S. In Isotope Effects in Chemistry and Biology; Kohn, A., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2006; pp 193-230.
13. Servis, K. L.; Domenick, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 2211-2214.
14. Freedberg, D. I.; Kopelevich, M.; Anet, F. A. L. J. Phys. Org. Chem. 2001, 14, 625-635.
15. Burgi, R.; Pitera, J.; van Gunsteren, W. F. J. Biomol. NMR 2001, 19, 305-320 and references therein.
16. Case, D. A.; Scheurer, C.; Brüschweiler, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10390-10397.
17. Markwick, P. R. L.; Sprangers, R.; Sattler, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 644-645.
18. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6669-6678.
19. Leulliot, N.; Ghomi, M.; Scalmani, G.; Berthier, G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8716-8724.
20. Moreno, M.; Douhal, A.; Lluch, J. M.; Castano, O.; Frutos, L. M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3887-3893.
21. Casadesus, R.; Moreno, M.; Lluch, J. M. Chem. Phys. 2003, 290, 319-336.
22. Gelabert, R.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1145-1151.
23. Bertran, J.; Oliva, A.; Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8159-8167.
24. Kuo, I. F.; Tobias, D. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5827-5832.
25. Schwegler, E.; Galli, G.; Gygi, F. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 434-440.
26. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11386-11391.
27. Barone, G.; Saturnino, C.; DeMartino, G.; Duca, D.; La-Manna, G. THEOCHEM 2001, 572, 113-119.
28. Del Bene, J. E.; Jordan, M. J. T.; Perera, A.; Bartlett, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8399-8402.
29. Del Bene, J. E.; Jordan, M. J. T. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5385-5392.
30. Grigoleit, S.; Bühl, M. Chem.-Eur. J. 2004, 10, 5541-5552.
31. Nielsen, P. A.; Norrby, P.; Liljefors, T.; Rega, N.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3151-3155.
32. Case, D. A. J. Biomol. NMR 1999, 15, 95-102.
33. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363; version 20 JUN 2002 (R2).
34. Baker, J.; Kessi, A.; Delley, B. J. Chem. Phys. 1996, 105, 192-212.
35. (a) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
36. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988, 37, 785-789.
37. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
38. Foloppe, N.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D., Jr. Biopolymers 2002, 61, 61-76.
39. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205-8212.
40. Rubin, J.; Brennan, T.; Sundaralingam, M. Biochemistry 1972, 11 (1), 3112-3128.
41. Wahyl, M. C.; Sundaralingam, M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 97-102.
42. Hocquet, A.; Ghomi, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 5351-5353.
43. Hobza, P.; Havlas, Z. Chem. Rev. 2000, 100, 4253-4264.
44. Hocquet, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 3192-3199.
45. Nir, E.; Hünig, I.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. ChemPhysChem 2004, 5, 131-137.
46. Boatz, J. A.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1989, 93, 1819-1826.
47. Pelmenschikov, A.; Hovorun, D. M.; Shishkin, O. V.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5986-5990.
48. Leulliot, N.; Ghomi, M.; Jobic, H.; Bouloussa, O.; Baumruk, V.; Coulombeau, C. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10934-10944.
49. Nir, E.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8091-8092.
50. Nir, E.; Plutzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 317-329.
51. Nir, E.; Hunig, I.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. ChemPhysChem 2004, 5, 131-137.
52. Banyay, M.; Sarkar, M.; Gräslund, A. Biophys. Chem. 2003, 104, 477-488.
53. Plavec, J.; Tong, W.; Chattopadhyaya, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115 (5), 9734-9746.
54. Rinkel, L. J.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Altona, C. Eur. J. Biochem. 1987, 163, 175-286.
55. Haasnoot, C. A. G.; de Leeuw, F. A. A. M.; Altona, C. Tetrahedron 1980, 36, 2783-2792.