Automated protein structure determination from NMR spectra

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 40, 2006, Pages 13112-13122

  López Méndez, Bianca ^a,b   Güntert, Peter ^a  

^a RIKEN YOKOHAMA INSTITUTE   (Japan)

^b CENTRO DE INVESTIGACIONES BIOLÓGICAS   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL SHIFTS; COMPUTATIONAL FLYA METHOD; DISTANCE RESTRAINTS;

COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER SOFTWARE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

PROTEINS;

CARBON 13; HYDROGEN; NITROGEN 15; PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; ATOM; AUTOMATION; CALCULATION; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER PROGRAM; FULLY AUTOMATED STRUCTURE DETERMINATION; INFORMATION PROCESSING; METHODOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTION; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN STRUCTURE; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; STRUCTURE ANALYSIS; THREE DIMENSIONAL IMAGING;

ALGORITHMS; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 33749524593     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja061136l     Document Type: Article

References (52)

1. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
2. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; Wiley: New York, 1986.
3. Baran, M. C.; Huang, Y. J.; Moseley, H. N. B.; Montelione, G. T. Chem. Rev. 2004, 104, 3541-3555.
4. Altieri, A. S.; Byrd, R. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 547-553.
5. Gronwald, W.; Kalbitzer, H. R. Prog. NMR Spectrosc. 2004, 44, 33-96.
6. Güntert, P. Prog. NMR Spectrosc. 2003, 43, 105-125.
7. Nilges, M.; Macias, M. J.; O'Donoghue, S. I.; Oschkinat, H. J. Mol. Biol. 1997, 269, 408-422.
8. Herrmann, T.; Guntert, P.; Wüthrich, K. J. Mol. Biol. 2002, 319, 209-227.
9. Huang, Y. J.; Moseley, H. N. B.; Baran, M. C.; Arrowsmith, C.; Powers, R.; Tejero, R.; Szyperski, T.; Montelione, G. T. Methods Enzymol. 2005, 394, 111-141.
10. Kuszewski, J.; Schwieters, C. D.; Garrett, D. S.; Byrd, R. A.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6258-6273.
11. Kraulis, P. J. J. Mol. Biol. 1994, 243, 696-718.
12. Atkinson, R. A.; Saudek, V. FEBS Lett. 2002, 510, 1-4.
13. Grishaev, A.; Llinás, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6707-6712.
14. Meiler, J.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15404-15409.
15. Jung, Y. S.; Sharma, M.; Zweckstetter, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 3479-3481.
16. Prestegard, J. H.; Mayer, K. L.; Valafar, H.; Benison, G. C. Methods Enzymol. 2005, 394, 175-209.
17. Jee, J.; Güntert, P. J. Struct. Funct. Genomics 2003, 4, 179-189.
18. Terwilliger, T. C.; Berendzen, J. Acta Crystallogr. 1999, D55, 849-861.
19. Brunzelle, J. S.; Shafaee, P.; Yang, X.; Weigand, S.; Ren, Z.; Anderson, W. F. Acta Crystallogr. 2003, D59, 1138-1144.
20. Ness, S. R.; de Graaff, R. A. G.; Abrahams, J. P.; Pannu, N. S. Structure 2004, 12, 1753-1761.
21. Güntert, P.; Mumenthaler, C.; Wüthrich, K. J. Mol. Biol. 1997, 273, 283-298.
22. Johnson, B. A.; Blevins, R. A. J. Biomol. NMR 1994, 4, 603-614.
23. Johnson, B. A. Methods Mol. Biol. 2002, 278, 313-352.
24. Koradi, R.; Billeter, M.; Engeli, M.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J. Magn. Reson. 1998, 135, 288-297.
25. Bartels, C.; Xia, T.; Billeter, M.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1995, 6, 1-10.
26. Malmodin, D.; Papavoine, C. H. M.; Billeter, M. J. Biomol. NMR 2003, 27, 69-79.
27. Bartels, C.; Güntert, P.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Comput. Chem. 1997, 43, 139-149.
28. Bartels, C.; Billeter, M.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1996, 7, 207-213.
29. Seavey, B. R.; Farr, E. A.; Westler, W. M.; Markley, J. L. J. Biomol. NMR 1991, 1, 217-236.
30. Güntert, P.; Berndt, K. D.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1993, 3, 601-606.
31. Nilges, M. J. Mol. Biol. 1995, 245, 645-660.
32. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
33. Koradi, R.; Billeter, M.; Güntert, P. Comput. Phys. Commun. 2000, 124, 139-147.
34. Luginbühl, P.; Güntert, P.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1996, 8, 136-146.
35. López-Méndez, B., et al. J. Biomol. NMR 2004, 29, 205-206.
36. Pantoja-Uceda, D., et al. J. Biomol. NMR 2004, 29, 207-208.
37. Pantoja-Uceda, D.; López-Méndez, B.; Koshiba, S.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Terada, T.; Shirouzu, M.; Tanaka, A.; Seki, M.; Shinozaki, K.; Yokoyama, S.; Güntert, P. Protein Sci. 2005, 14, 224-230.
38. Scott, A.; Pantoja-Uceda, D.; Koshiba, S.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Terada, T.; Shirouzu, M.; Tanaka, A.; Sugano, S.; Yokoyama, S.; Güntert, P. J. Biomol. NMR 2004, 30, 463-464.
39. Scott, A.; Pantoja-Uceda, D.; Koshiba, S.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Terada, T.; Shirouzu, M.; Tanaka, A.; Sugano, S.; Yokoyama, S.; Güntert, P. J. Biomol. NMR 2005, 31, 357-361.
40. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
41. Engh, R. A.; Huber R. Acta Crystallogr. A 1991, 47, 392-400.
42. Markley, J. L.; Bax, A.; Arata, Y.; Hilbers, C. W.; Kaptein, R.; Sykes, B. D.; Wright, P. E.; Wüthrich, K. J. Mol. Biol. 1998, 280, 933-952.
43. Güntert, P.; Braun, W.; Wülhrich, K. J. Mol. Biol. 1991, 217, 517-530.
44. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51-55.
45. Laskowski, R. A.; Rullmann, J. A.; MacArthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 8, 477-486.
46. Güntert, P. Q. Rev. Biophys. 1998, 31, 145-237.
47. Herrmann, T.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 2002, 24, 171-189.
48. Linge, J. P.; Williams, M. A.; Spronk, C. A. E. M.; Bonvin, A. M. J. J.; Nilges, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 50, 496-506.
49. Nederveen, A. J.; Doreleijers, J. F.; Vranken, W.; Miller, Z.; Spronk, C. A. E. M.; Nabuurs, S. B.; Güntert, P.; Livny, M.; Markley, J. L.; Nilges, M.; Ulrich, E. L.; Kaptein, R.; Bonvin, A. M. J. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 59, 662-672.
50. Scott, A.; López-Méndez, B.; Güntert, P. Magn. Reson. Chem. 2006, 44, S83-S88.
51. Kainosho, M.; Torizawa, T.; Iwashita, Y.; Terauchi, T.; Ono, A. M.; Güntert, P. Nature 2006, 440, 52-57.
52. Ikeya, T.; Terauchi, T.; Güntert, P.; Kainosho, M. Magn. Reson. Chem. 2006, 44, S152-S157.