Exploring the molecular mechanism for color distinction in humans

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 34, 2006, Pages 17230-17239

  Trabanino, Rene J ^a,b   Vaidehi, Nagarajan ^a,c   Goddard III, William A ^a  

^a CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c CITY OF HOPE NATIONAL MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION; CHROMOPHORES; COLOR VISION; CRYSTAL STRUCTURE; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

ABSORPTION PROPERTIES; HUMAN OPSIN STRUCTURES; MOLECULAR MECHANISM; ROOM TEMPERATURE MOLECULAR STRUCTURES;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 33748775177     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp057144q     Document Type: Article

References (29)

1. Kochendoerfer, G. G.; Lin, S. W.; Sakmar, T. P.; Mathies, R. A. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 300-305.
2. Lin, S. W.; Kochendoerfer, G. G.; Carroll, K. S.; Wang, D.; Mathies, R. A.; Sakmar, T. P. J. Biol. Chem. 1998, 273, 24583-24591.
3. Houjou, H.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4459-4470.
4. van der Steen, R.; Biesheuvel, P. L.; Mathies, R. A.; Lugtenburg, J. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6410-6411.
5. Sakmar, T. P.; Franke, R. R.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 3079-3083.
6. Yan, B.; Spudich, J. L.; Mazur, P.; Vunnam, S.; Derguini, F.; Nakanishi, K. J. Biol. Chem. 1995, 270, 29668-29670.
7. Lugtenburg, J.; Muradin-Szweykowska, M.; Harbison, G. S.; Smith, S. O.; Heeremans, C.; Pardoen, J. A.; Herzfeld, J.; Griffin, R. G.; Mathies, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3104-3105.
8. Mathies, R.; Stryer, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 2169-2173.
9. Torii, H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9272-9277.
10. Jaguar v4.0; Schrodinger, Inc.: Portland, OR.
11. Spudich, J. L.; McCain, D. A.; Nakanishi, K.; Okabe, M.; Shimizu, N.; Rodman, H.; Honig, B.; Bogomolni, R. A. Biophys. J. 1986, 49, 479-483.
12. Rajamani, R.; Gao, J. J. Comput. Chem. 2001, 23, 96-105.
13. Damjanovic, A.; Kosztin, I.; Kleinekathofer, U.; Schulten, K. Phys. Rev. E 2002, 65, 031919.
14. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C.; Motoshima, H.; Fox, B.; Trong, I.; Teller, D.; Okada, T.; Stenkamp, R.; et al. Science 2000, 289, 739-745.
15. Trabanino, R. J.; Hall, S. E.; Vaidehi, N.; Floriano, W. B.; Kam, W. T.; Goddard, W. A. Biophys. J. 2003, 86, 1904-1921.
16. Stenkamp, R. E.; Filipek, S.; Driessen, C. A. G. G.; Teller, D. C.; Palczewski, K. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1565, 168-182.
17. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4673-4680.
18. Bower, M.; Cohen, F. E.; Dunbrack, R. L. J. Mol. Biol. 1997, 267, 1268-1282.
19. Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8897-8909.
20. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; et al. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
21. Lim, K.-T.; Brunett, S.; Iotov, M.; McClurg, R. B.; Vaidehi, N.; Dasgupta, S.; Taylor, S.; Goddard, W. A., III. J. Comput. Chem. 1997, 18, 501-521.
22. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442-1457.
23. Turbomole v5.8; University of Karlsruhe: Karlsruhe, Germany, 2004.
24. Muller, R. Chemistry Thesis, California Institute of Technology, Pasadena, CA, 1994.
25. Lopez, C. S.; Faza, O. N.; Estevez, S. L.; DeLera, A. R. J. Comput. Chem. 2005, 27, 116-123.
26. Olson, R. M.; Varganov, S.; Gordon, M. S.; Metiu, H.; Chretien, S.; Piecuch, P.; Kowalski, K.; Kucharski, S. A.; Musial, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1049-1052.
27. Coussan, S.; Ferro, Y.; Trivella, A.; Rajzmann, M.; Roubin, P.; Wieczorek, R.; Manca, P.; Piecuch, P.; Kowalski, K.; Wloch, M.; Kucharski, S. A.; Musial, M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3920-3926.
28. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T., Gordon, M. S., Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
29. Nathans, J. Neuron 1999, 24, 299-312.