Quantifying polypeptide conformational space: Sensitivity to conformation and ensemble definition

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 33, 2006, Pages 16707-16717

  Sullivan, David C ^a,c   Lim, Carmay ^a,b  

^a INSTITUTE OF BIOMEDICAL SCIENCES   (Taiwan)

^b NATIONAL TSING HUA UNIVERSITY   (Taiwan)

^c NOVARTIS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; MACROMOLECULES; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR PHYSICS; SOLVENTS;

CUMULATIVE DISTRIBUTION FUNCTION (CDF); PROTEIN FOLDING;

POLYPEPTIDES;

EID: 33748527186     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0569133     Document Type: Article

References (53)

1. Shortle, D. FASEB J. 1996, 10, 27.
2. Smith, L. J.; Fiebig, K. M.; Schwalbe, H.; Dobson, C. M. Folding Des. 1996, 1, R95.
3. van Gunsteren, W. F.; Burgi, R.; Peter, C.; Daura, X. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 352.
4. Guo, Z. Y.; Brooks, C. L.; Boczko, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161.
5. Plotkin, S. S.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6509.
6. Levinthal, C. J. Chim. Phys. 1968, 65, 44.
7. Dill, K. A.; Chan, H. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 10.
8. Nolting, B.; Golbik, R.; Neira, J. L.; Soler-Gonzalez, A. S.; Schreiber, G.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 826.
9. Czerminski, R.; Elber, R. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5580.
10. Becker, O. M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1495.
11. Wales, D. J.; Miller, M. A.; Walsh, T. R. Nature 1998, 394, 758.
12. Lau, K. F.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 638.
13. Chan, H. S.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 1993, 99, 2116.
14. Chan, H. S.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9238.
15. Ozkan, S. B.; Dill, K. A.; Bahar, I. Biopolymers 2003, 68, 35.
16. Schonbrun, J.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12678.
17. Clarage, J. B.; Romo, T.; Andrews, B. K.; Pettitt, B. M.; Phillips, G. N. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3288.
18. Ansari, A.; Berendzen, J.; Bowne, S. F.; Frauenfelder, H.; Iben, I. E. T.; Sauke, T. B.; Shyamsunder, E.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 5000.
19. Troyer, J. M.; Cohen, F. E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 97.
20. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524.
21. Chothia, C.; Lesk, A. M. EMBO J. 1986, 5, 823.
22. Spronk, C. A.; Nabuurs, S. B.; Bonvin, A. M.; Krieger, E.; Vuister, G. W.; Vriend, G. J. Biomol. NMR 2003, 25, 225.
23. Sullivan, D. C.; Kuntz, I. D. Biophys. J. 2004, 87, 113.
24. Sullivan, D. C.; Lim, C. J. Chin. Chem. Soc. 2004, 51, 1209.
25. Sullivan, D. C.; Kuntz, I. D. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 42, 495.
26. Sullivan, D. C.; Aynechi, T.; Voelz, V. A.; Kuntz, I. D. Biophys. J. 2003, 85, 174.
27. Sullivan, D. C.; Lim, C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12128.
28. Gregoret, L. M.; Cohen, F. E. J. Mol. Biol. 1991, 219, 109.
29. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Kollman, P. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
30. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M. J.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1295, 117, 5179.
31. Ryckaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
32. Maiorov, V. N.; Grippen, G. M. J. Mol. Biol. 1994, 235, 625.
33. Simpson, E. H. Nature 1949, 163, 688.
34. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
35. Flory, P. J. Statistical mechanics of chain molecules; Wiley: New York, 1969.
36. Pappu, R. V.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12565.
37. Ohkubo, Y. Z.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13916.
38. Dill, K. A. Biochemistry 1985, 24, 1501.
39. Levy, R. M.; Karplus, M.; Kushick, J.; Perahia, D. Macromolecules 1984, 17, 1370.
40. Chang, C. E.; Chen, W.; Gilson, M. K. J. Chem. Theor. Comput. 2005, 1, 1017.
41. Cavalli, A.; Haberthur, U.; Paci, E.; Caflisch, A. Protein Sci. 2003, 12, 1801.
42. Day, R.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13445.
43. Debe, D. A.; Carlson, M. J.; Goddard, W. A. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2596.
44. Wallin, S.; Chan, H. S. Protein Sci. 2005, 14 1643.
45. Makarov, D. E.; Plaxco, K. W. Protein Sci. 2003, 12, 17.
46. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 775.
47. McGregor, M. J.; Islam, S. A.; Sternberg, M. J. J. Mol. Biol. 1987, 198, 295.
48. Doye, J. P. K. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 238701.
49. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes in C; The art of scientific computing, 2nd ed.; Cambridge University Press: New York, 1993.
50. Sklar, A. Publications de l'Institut de Statistique de l'Université de Paris 1959, 8, 229.
51. Nelsen, R. B. An introduction to copulas, Springer-Verlag: New York, 1999.
52. Sullivan, D. C.; Kuntz, I. D. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3255.
53. Chattopadhyay, K.; Elson, E. L.; Frieden, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2385.