On the accuracy of density functional theory for iron-sulfur clusters

Journal of Computational Chemistry

Volumn 27, Issue 12, 2006, Pages 1385-1397

  Szilagyi, Robert K ^a   Winslow, Mark A ^a  

^a MONTANA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Density functional theory; Iron sulfur clusters; Spectroscopic calibration

Indexed keywords

IRON-SULFUR CLUSTERS; SPECTROSCOPIC CALIBRATION;

ANTIFERROMAGNETISM; CALIBRATION; COMPUTATIONAL GEOMETRY; CONFORMAL MAPPING; CORRELATION METHODS; IRON COMPOUNDS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; X RAY SPECTROSCOPY;

ORGANOMETALLICS;

IRON SULFUR PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; PROTEIN CONFORMATION;

COMPUTER SIMULATION; IRON-SULFUR PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 33747173694     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20449     Document Type: Article

References (79)

1. Venkateswarea Rao, P.; Holm, R. H. Chem Rev 2004, 104, 527.
2. Holm, R. H.; Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Chem Rev 1996, 96, 2239.
3. Beinert, H.; Holm, R. H.; Munck, E. Science 1997, 277, 653.
4. Binda, G; Coda, A.; Aliverti, A.; Zanetti, G.; Mattevi, A. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 1998, 54, 1353.
5. Stout, G. H.; Turley, S.; Sieker, L. C.; Jensen, L. H. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 1020.
6. Jang, S. B.; Seefeldt, L. C.; Peters, J. W. Biochemistry 2000, 39, 14745.
7. Einsle, O.; Tezcan, F. A.; Andrade, S.; Schmid, B.; Yoshida, M.; Howard, J. B.; Rees, D. C. Science 2002, 297, 1696.
8. Peters, J. W.; Lanzilotta, W. N.; Lemon, B. J.; Seefeldt, L. C. Science 1998, 282, 1853.
9. Nicolet, Y.; Piras, C.; Legrand, P.; Hatchikian, C. E.; Fontecilla-Camps, J. C. Struct Fold Des 1999, 7, 13.
10. Doukov, T. I.; Iverson, T. M.; Seravalli, J.; Ragsdale, S. W.; Drennan, C. L. Science 2002, 298, 567.
11. Berkovitch, F.; Nicolet, Y.; Wan, J. T.; Jarrett, J. T.; Drennan, C. L. Science 2004, 303, 76.
12. Lukianova, O. A.; David, S. S. Curr Opin Chem Biol 2005, 9, 145.
13. Kiley, P. J.; Beinert, H. Curr Opin Microbiol 2003, 6, 181.
14. Noodleman, L.; Lovell, T.; Han, W.-G.; Li, J.; Himo, F. Chem Rev 2004, 104, 459.
15. Davidson, E. R.; Clark, A. E. Int J Quantum Chem 2005, 103, 1.
16. Jaguar 6.0; Schrodinger, L.L.C.: Portland, OR, 1991-2003.
17. Velde, G. T.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J.; Guerra, C. F.; Van Gisbergen, S. J. A.; Snijders, J. G.; Ziegler, T. J Comput Chem 2001, 22, 931.
18. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Pople, J. A.; et al. Gaussian C.02, Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2004.
19. Amsterdam Density Functional 2005; Rev. 1; Scientific Computing & Modelling NV, S, Vrije Universiteit: Amsterdam, 2005.
20. Becke, A. D. Phys Rev A: Gen Phys 1988, 38, 3098.
21. Perdew, J. P. Phys Rev B: Cond Mater 1986, 33, 8822.
22. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B: Condens Matter 1988, 37, 785.
23. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys Rev Lett 1996, 77, 3865.
24. Perdew, J. P.; Chevary, J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiolhais, C. Phys Rev B: Cond Matter 1992, 46, 6671.
25. Gill, P. M. W. Mol Phys 1996, 89, 433.
26. Handy, N. C.; Cohen, A. J. Mol Phys 2001, 99, 403.
27. Van Voorhis, T.; Scuseria, G. E. J Chem Phys 1998, 109, 400.
28. Hamprecht, F. A.; Cohen, A. J.; Tozer, D. J.; Handy, N. C. J Chem Phys 1998, 109, 6264.
29. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
30. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
31. Rassolov, V. A.; Pople, J. A.; Ratner, M. A.; Windus, T. L. J Chem Phys 1998, 109, 1223.
32. Hehre, W. J.; Random, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
33. McGrath, M. P.; Radom, L. J Chem Phys 1991, 94, 511.
34. Curtiss, L. A.; McGrath, M. P.; Blaudeau, J.-P.; Davis, N. E.; Binning, R. C. J.; Radom, L. J Chem Phys 1995, 103, 6104.
35. Fuentealba, P.; Stoll, H.; Szentpaly, L. V.; Schwerdtfeger, P.; Preuss, H. J Phys B 1983, 16, L323.
36. Igel-Mann, G.; Stoll, H.; Preuss, H. Mol Phys 1988, 65, 1321.
37. Bergner, A.; Dolg, M.; Kuechle, Wolfgang; Stoll, Hermann; Preuss, Heinzwerner. Mol Phys 1993, 80, 1431.
38. Wedig, U.; Dolg, M.; Stoll, H.; Preuss, H. In Quantum Chemistry: The Challenge of Transition Metals and Coordination Chemistry; Veillard, A., Ed.; D Reidel Publ. Co.: Dordrecht: The Netherlands, 1986, p. 79.
39. Kuechle, W.; Dolg, M.; Stoll, H.; Preuss, H. Mol Phys 1991, 74, 1245.
40. Dunning, T. H., Jr.; Hay, P. J. In Modem Theoretical Chemistry; Schaefer, H. F., III, Ed.; Plenum: New York, 1976, p. 1.
41. Alien, F. H. Acta Crystallogr 2002, B58, 380.
42. Maelia, L. E.; Koch, S. A. Inorg Chem 1986, 25, 1896.
43. Demadis, K. D.; Coucouvanis, D. Inorg Chem 1995, 34, 436.
44. Hagen, K. S.; Watson, A. D.; Holm, R. H. Inorg Chem 1984, 23, 2984.
45. Barclay, J. E.; Davies, S. C.; Evans, D. J.; Hughes, D. L.; Long-hurst, S. Inorg Chim Acta 1999, 291, 101.
46. Kern, A.; Näther, C.; Studt, F.; Felix, T. Inorg Chem 2004, 43, 5003.
47. Schlegel, H. B. In Modern Electronic Structure Theory; Yarkony, D. R., Ed.; World Scientific Publishing: Singapore, 1995.
48. Vrajmasu, V. V.; Munck, E.; Bominaar, E. L. Inorg Chem 2004, 43, 4862.
49. Vrajmasu, V. V.; Munck, E.; Bominaar, E. L. Inorg Chem 2004, 43, 4867.
50. Szilagyi, R. K. Generalized Ionic Fragment Approach-Tutorial and Fragment Database, http://chemistry.montana.edu/~szilagyi/GIFA; May 2006.
51. Lovell, T.; Li, J.; Liu, T.; Case, D. A.; Noodleman, L. J Am Chem Soc 2001, 123, 12392.
52. Anxolabehere-Mallart, E.; Glaser, T.; Frank, P.; Aliverti, A.; Zanetti, G.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 2001, 123, 5444.
53. Glaser, T.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. Acc Chem Res 2000, 33, 859.
54. Solomon, E. I.; Szilagyi, R. K.; DeBeer George, S.; Basumallick, L. Chem Rev 2004, 104, 419.
55. Harris, J. Phys Rev B 1985, 31, 1770.
56. Lee, S., C.; Holm, R. H. Chem Rev 2004, 104, 1135.
57. Mascharack, P. K.; Papaefthymiou, G. C.; Armstrong, W. H.; Foner, S.; Frankel, R. B.; Holm, R. H. Inorg Chem 1983, 22, 2851.
58. Coucouvanis, D.; Demadis, K. D.; Malinak, S. M.; Moiser, P. E.; Tyson, M. A.; Laughlin, L. J. J Mol Catal A: Chem 1996, 107, 123.
59. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J Chem Phys 1985, 82, 270.
60. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J Chem Phys 1985, 82, 299.
61. Hollwarth, A.; Bohme, M.; Dapprich, S.; Ehlers, A. W.; Gobbi, A.; Jonas, V.; Kohler, K. F.; Stegmann, R.; Veldkamp, A.; Frenking, G. Chem Phys Lett 1993, 208, 237.
62. Ehlers, A. W.; Bohme, M.; Dapprich, S.; Gobbi, A.; Hollwarth, A.; Jonas, V.; Kohler, K. F.; Stegmann, R.; Veldkamp, A.; Frenking, G. Chem Phys Lett 1993, 208, 111.
63. Glaser, T.; Rose, K.; Shadle, S. E.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 2001, 123, 442.
64. Dey, A.; Glaser, T.; Couture, M. M. J.; Eltis, L. D.; Holm, R. H.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 2004, 126, 8320.
65. Dey, A.; Roche, C. L.; Walters, M. A.; Hodgson, K. O.; Hedman, B.; Solomon, E. I. Inorg Chem 2005, 44, 8349.
66. Szilagyi, R. K.; Metz, M.; Solomon, E. I. J Chem Phys A 2002, 106, 2994.
67. Szilagyi, R. K.; Lim, B. S.; Glaser, T.; Holm, R. H.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 2003, 125, 9158.
68. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem Rev 2000, 100, 421.
69. Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Pierloot, K. Theor Comput Chem 2001, 9, 1.
70. Noodleman, L.; Baerends, E. J. J Am Chem Soc 1984, 106, 2316.
71. Solomon, E. I.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Dey, A.; Szilagyi, R. K. Coord Chem Rev 2005, 249, 97.
72. Torres, R. A.; Lovell, T.; Noodleman, L.; Case, D. A. J Am Chem Soc 2003, 125, 1923.
73. Niu, S. Q.; Wang, X. B.; Yang, X.; Wang. L. S.; Ichiye, T. J Phys Chem A 2004, 108, 6750.
74. Lebedev, V. I. Russian Acad Sci Dokl Math 1992, 45, 587.
75. Dunlap, B. I. J Mol Struct (Theochem) 2000, 529, 37.
76. de Jong, W. A.; Harrison, R. J.; Dixon, D. A. J Chem Phys 2001, 114, 48.
77. Tomasi, J.; Persico, M. Chem Rev 1994, 94, 2027.
78. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem Phys Lett 1996, 255, 327.
79. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J Comput Chem 1998, 19, 404.