Molecular dynamics of apo-adenylate kinase: A principal component analysis

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 25, 2006, Pages 12796-12808

  Lou, Hongfeng ^a   Cukier, Robert I ^a  

^a MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; ENERGY TRANSFER; MOLECULAR DYNAMICS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; PROTEINS; SUBSTRATES;

APO-ADENYLATE KINASE; ATOM MOTIONS; CONFORMATIONAL STATE;

ENZYMES;

EID: 33746565283     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp061976m     Document Type: Article

References (42)

1. Walsh, C. Enzymatic reaction mechanisms; W. H. Freeman: San Francisco, CA, 1979.
2. Schulz, G. E.; Muller, C. W.; Diederichs, K. J. Mol. Biol. 1990, 213, 627-630.
3. Sheng, X. R.; Li, X.; Pan, X. M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 22238.
4. Zhang, H. J.; Sheng, X. R.; Niu, W. D.; Pan, X. M.; Zhou, J. M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 7448.
5. Han, Y.; Li, X.; Pan, X. M. FEES Lett. 2002, 528, 161.
6. Burlacu-Miron, S.; Gilles, A. M.; Popescu, A.; Barzu, O.; Craescu, C. T. Eur. J. Kochern. 1999, 264, 765.
7. Sinev, M. A.; Sineva, E. V.; Ittah, V.; Haas, E. Biochemistry 1996, 35, 6425.
8. Kern, P.; Brunne, R. M.; Folkers, G. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 367.
9. Krishnamurthy, H.; Lou, H. F.; Kimple, A.; Vieille, C.; Cukier, R. I. Proteins 2005, 58, 88.
10. Elamrani, S.; Berry, M. B.; Phillips, G. N.; McCammon, J. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 25, 79.
11. Temiz, N. A.; Meirovitch, E.; Bahar, I. Proteins 2004, 57, 468.
12. Gerstein, M.; Lesk, A. M.; Chothia, C. Biochemistry 1994, 33, 6739.
13. Kumar, S.; Sham, Y. Y.; Tsai, C.-J.; Nussinov, R. Biophys. J. 2001, 80, 2439.
14. Hayward, S. J. Mol. Biol. 2004, 559, 1001.
15. Eisenmesser, E. Z.; Bosco, D. A.; Akke, M.; Kern, D. Science 2002, 295, 1520.
16. Garcia, A. E. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 2696.
17. Garcia, A. E.; Blumenfeld, R.; Hummer, G.; Krumhansl, J. A. Physica D 1997, 107, 225.
18. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1993, 17, 412.
19. Cox, T. F.; Cox, M. A. A. Multidimensional scaling, 2nd ed.; Chapman & Hall: Boca Raton, FL, 2001.
20. Romo, T. D.; Ciarage, J. B.; Sorensen, D. C.; Phillips, G. N. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 22, 311.
21. Wlodek, S. T.; Clark, T. W.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9513.
22. Creveld, L. D.; Amadei, A.; van Schaik, R. C.; Pepermans, H. A. M.; de Vlieg, J.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 33, 253.
23. Arcangeli, C.; Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. Biophys. Chem. 2001, 92, 183.
24. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 42, 345.
25. Grottesi, A.; Ceruso, M.-A.; Colosimo, A.; DiNola, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 46, 287.
26. Teodoro, M. L.; Phillips, G. N.; Kavraki, L. E. J. Comput. Biol. 2003, 10, 617.
27. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; III, T. E. C.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsue, V.; Gohlke, H.; Radmer, R.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, L; Seibel, G. L.; Singh, C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. AMBER7; University of California: San Francisco, 2002.
28. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2309.
29. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, G. L. J. Chem. Phys. 1995, 705, 8577.
30. Müller, C. W.; Schlauderer, G. J.; Reinstein, J.; Schulz, G. E. Structure 1996, 4, 147.
31. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 25, 327.
32. Berendsen, H. H. C.; Postma, I. P. M.; Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
33. Elmaci, N.; Berry, R. S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10606.
34. Amadei, A.; Ceruso, M. A.; Di Nola, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 36, 419.
35. Hess, B. Phys. Rev. E 2000, 62, 8438.
36. Hess, B. Phys. Rev. E 2002, 65, 031910.
37. McCammon, A.; Harvey, S. C. Dynamics of proteins and nucleic acids; Cambridge University Press: Cambridge, 1987.
38. Hunenberger, P. H.; Mark, A. E.; Vangunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1995, 252, 492.
39. Gerstein, M.; Schulz, G.; Chothia, C. J. Mol. Biol. 1993, 229, 494.
40. de Bakker, P. I. W.; Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1811.
41. Müller, C. W.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 1992, 224, 159.
42. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1935, 5, 300.