Density functional theory/time-dependent DFT studies on the structures, trend in DNA-binding affinities, and spectral properties of complexes [Ru(bpy)2(p-R-pip)]2+ (R = -OH, -CH3, -H, -NO2)

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 26, 2006, Pages 8174-8180

  Li, Jun ^a   Xu, Lian Cai ^a   Chen, Jin Can ^a   Zheng, Kang Chewg ^a   Ji, Liang Nian ^a,b  

^a SUN YAT SEN UNIVERSITY   (China)

^b TONGJI UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION SPECTROSCOPY; CHARGE TRANSFER; ELECTRONIC STRUCTURE; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; RUTHENIUM COMPOUNDS;

DNA-BINDING AFFINITIES; ELECTRON WITHDRAWING ABILITY; ELECTRONIC ABSORPTION SPECTRA; LOWEST UNOCCUPIED MOLECULAR ORBITAL (LUMO);

ORGANOMETALLICS;

2,2' BIPYRIDINE; DNA; INTERCALATING AGENT; ORGANOMETALLIC COMPOUND; PHENANTHROLINE DERIVATIVE; RUTHENIUM;

ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DNA PROBE; SPECTROSCOPY; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; TIME;

2,2'-DIPYRIDYL; BINDING SITES; DNA; DNA PROBES; INTERCALATING AGENTS; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; ORGANOMETALLIC COMPOUNDS; PHENANTHROLINES; RUTHENIUM; SPECTRUM ANALYSIS; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; TIME FACTORS;

EID: 33746344350     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0564389     Document Type: Article

References (66)

1. Barton, J. K. Science 1986, 233, 727.
2. Nordén, B.; Lincoln,- P.; Akerman, B.; Tuite, E. Met. Ions Biol. Syst. 1996, 33, 177.
3. Erkkila, K. E.; Odom, D. T.; Barton, J. K. Chem. Rev. 1999, 99, 2777.
4. Metcalfe, C.; Thomas, J. A. Chem. Soc. Rev. 2003; 32, 215.
5. Ji, L. N.; Liu, J. G.; Zou, X. H. Coord. Chem. Rev. 2001, 216-217, 513.
6. Friedman, A. E.; Chambron, J. C.; Sauvage, J. P.; Turro, N. J.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4960.
7. Hartshorn, R. M.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5919.
8. Jenkins, Y.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 873.
9. Delaney, S.; Pascaly, M.; Bhattarcharya, P.; Han, K.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2002, 41, 1966.
10. Ruba, E.; Hart, J. R.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2004, 43, 4570.
11. Brennaman, M. K.; Meyer, T. J.; Papanikolas, J. M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9938.
12. Olofsson, J.; Wilhelmsson, L. M.; Lincoln, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15458.
13. Wu, J. Z.; Ye, B. H.; Wang, L.; Ji, L. N.; Zhou, J. Y.; Li, R. H.; Zhou, Z. Y. J. Chem. Soc. Dalton Trans. 1997, 1395.
14. Xiong, Y.; He, X. F.; Zou, X. H.; Wu, J. Z.; Chen, X. M.; Ji, L. N.; Li, R. H.; Zhou, J. Y.; Yu, K. B. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1999, 19.
15. Liu, J. G.; Ye, B. H.; Chao, H.; Zhen, Q. X.; Ji, L. N. Chem. Lett. 1999, 1085.
16. Xiong, Y.; Ji, L. N. Coord. Chem. Rev. 1999, 185-186, 711.
17. Tan, L. F.; Chao, H.; Li, H.; Liu, Y. J.; Sun, B.; Wei, W.; Ji, L. N. J. Inorg. Biochem. 2005, 99, 513.
18. Collin, J. P.; Jouvenot, D.; Koizumi, M.; Sauvage, J. P. Inorg. Chem. 2005, 13, 4693.
19. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. B 1964, 136, 864.
20. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372.
21. Gorling, A. Phys. Rev. A 1996, 54, 3912.
22. Foresman, J. B.; Frisch, M. J. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 2nd ed.; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1996.
23. Damrauer, N. H.; Weldon, B. T.; McCusker, J. K. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3382.
24. Kurita, N.; Kobayashi, K. Comput. Chem. 2000, 24, 351.
25. Nazeeruddin, M. K.; Zakeeruddin, S. M.; Baker, R. H.; Gorelsky, S. I.; Lever, A. B. P.; Gratzel, M. Coord. Chem. Rev. 2000, 208, 213.
26. Zheng, K. C.; Wang, J. P.; Peng, W. L.; Liu, X. W.; Yun, F. C. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10899.
27. Zheng, K. C.; Wang, J. P.; Shen, Y.; Kuang, D. B.; Yun, F. C. J. Chem. Soc., Dalton. Trans. 2002, 111.
28. Pourtois, G.; Beljonne, D.; Moucheron, C.; Schumm, S.; Kirsch-De Mesmaeker, A.; Lazzaroni, R.; Bredas, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 683.
29. Nazeeruddin, M. K.; De Angelis, F.; Fantacci, S.; Selloni, A.; Viscardi, G.; Liska, P.; Ito, S.; Takeru, B.; Grätzel, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16835.
30. Runge, E.; Gross, E. K. U. Phys. Rev. Lett. 1984, 52, 997.
31. Sundholm, D. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 480.
32. Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Head-Gordon, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12070.
33. Tsolakidis, A.; Kaxiras, E. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2373.
34. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4007.
35. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. Chem. Rev. 2005, 105, 4009.
36. Adamo, C.; Barone, V. Theor. Chim. Acta 2000, 105, 169.
37. Rosa, A.; Baerends, E. J.; van Gisbergen, S. J. A.; van Lenthe, E.; Groeneveld, J. A.; Snijders, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10356.
38. da Silva, R. S.; Gorelsky, S. I.; Dodsworth, E. S.; Tfouni, E.; Lever, A. B. P. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 2000, 4078.
39. Gorelsky, S. I.; da Silva, S. C.; Lever, A. B. P.; Franco, D. W. Inorg. Chim. Acta 2000, 500, 698.
40. Nemykin, V. N.; Kobayashi, N. Chem. Commun. 2001, 165.
41. Gorelsky, S. I.; Lever, A. B. P. J. Organomet. Chem. 2001, 635, 187.
42. Fantacci, S.; De Angelis, F.; Sgamellotti, A.; Re, N. Chem. Phys. Lett. 2004, 596, 43.
43. Batista, E. R.; Martin, R. L. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3128.
44. Fantacci, S.; De Angelis, F.; Sgamellotti, A.; Marrone, A.; Re, N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14144.
45. Liu, X. W.; Li, J.; Zheng, K. C.; Mao, Z. W.; Ji, L. N. Inorg. Chim. Acta 2005, 358, 3311.
46. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270.
47. Wadt, W. R.; Hay, P. J. J. Chem. Phys. 1985, 82, 284.
48. Juris, A.; Balzani, V.; Barigelletti, F.; Campagna, S.; Belser, P.; Von Zelewsky, A. Coord. Chem. Rev. 1988, 84, 85.
49. Schaftenaar, G.; Noordik, J. H. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2000, 14, 123.
50. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C., Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Rega, N.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, I. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C. ; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A. 11.4; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2002.
51. Pople, J. A.; Beveridge, D. L. Approximate Molecular Orbital Theory; McGraw-Hill: New York, 1970.
52. Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenking, Y.; Ghatlia, N. D.; Bossmann, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025.
53. Mei, W. J.; Liu, J.; Zheng, K. C.; Lin, L. J.; Chao, H.; Li, A. X.; Yun, F. C.; Ji, L. N. J. Chem. Soc., Dalton. Trans. 2003, 1352.
54. Xu, H.; Zheng, K. C.; Deng, H.; Lin, L. J.; Zhang, Q. L.; Ji, L. N. New J. Chem. 2003, 27, 1255.
55. Zheng, K. C.; Deng, H.; Liu, X. W.; Li, H.; Chao, H.; Ji, L. N. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2004, 682, 225.
56. Shi, S.; Liu, J.; Li, J.; Zheng, K. C.; Tan, C. P.; Chen, L. M.; Ji, L. N. J. Chem. Soc., Dalton. Trans. 2005, 2038.
57. Zou, X. H.; Ye, B. H.; Li, H.; Zhang, Q. L.; Cao, H.; Liu, J. G.; Ji, L. N.; Li, X. Y. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 143.
58. Reha, D.; Kabeláč, M.; Ryjáček, F.; Šponer, J.; Šponer, J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3366.
59. Fukui, K.; Yonezawa, T.; Shingu, H. J. Chem. Phys. 1952, 20, 722.
60. Fleming, I. Frontier Orbital and Organic Chemical Reaction; Wiley: New York, 1976.
61. Liu, J.; Mei, W. J.; Lin, L. J.; Zheng, K. C.; Chao, H.:Yun, F. C.; Ji, L. N. Inorg. Chim. Acta 2004, 357, 285.
62. Deng, H.; Li, J.; Zheng, K. C.; Yang, Y.; Chao, H.; Ji, L. N. Inorg. Chim. Acta 2005, 358, 3430.
63. Lumpkin, R. S.; Kober, E. M.; Worl, L. A.; Murtaza, Z.; Meyer, T. J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 239.
64. Olson, E. J. C.; Hu, D.; Hermann, A.; Jonkman, A.; Arkin, M. R.; Stemp, E. D. A.; Barton, J. K.; Barbara, P. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11458.
65. Masui, H.; Dodsworth, E. S.; Lever, A. B. P. Inorg. Chem. 1993, 32, 258.
66. Zhou, X.; Ren, A. M.; Feng, J. K. J. Organomet. Chem. 2005, 690, 338.