Microfluidic analysis of antibody specificity in a compact disk format

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 7, 2006, Pages 1568-1574

  Eriksson, Cecilia ^a   Agaton, Charlotta ^a   Kånge, Rikard ^b   Sundberg, Mårten ^a   Nilsson, Peter ^a   Ek, Bo ^b   Uhlén, Mathias ^a   Gustafsson, Magnus ^b   Hober, Sophia ^a  

^a ALBANOVA UNIVERSITY CENTER   (Sweden)

^b Gyros AB   (Sweden)

Author keywords

Antibody specificity; Biochip; Compact disk; Gyrolab; Microfluidics; Miniaturization

Indexed keywords

ANTIBODY SPECIFICITY; ANTIGEN RECOGNITION; ARTICLE; BINDING AFFINITY; COMPACT DISK; ENZYME IMMUNOASSAY; FLUORESCENCE; HIGH THROUGHPUT SCREENING; IMMOBILIZED METAL AFFINITY CHROMATOGRAPHY; MICROFLUIDIC ANALYSIS; MICROFLUIDICS; PRIORITY JOURNAL; REPRODUCIBILITY;

ANIMALS; ANTIBODIES; ANTIBODY SPECIFICITY; CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; COMPACT DISKS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; MINIATURIZATION; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; RABBITS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 33745862053     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050447c     Document Type: Article

References (24)

1. Lander, E. S.; Linton, L. M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M. C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J. P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J. C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R. H.; Wilson, R. K.; Hillier, L. W.; McPherson, J. D.; Marra, M. A.; Mardis, E. R.; Fulton, L. A.; Chinwalla, A. T.; Pepin, K. H.; Gish, W. R.; Chissoe, S. L.; Wendl, M. C.; Delehaunty, K. D.; Miner, T. L.; Delehaunty, A.; Kramer, J. B.; Cook, L. L.; Fulton, R. S.; Johnson, D. L.; Minx, P. J.; Clifton, S. W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J. F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R. A.; Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Bouck, J. B.; Sodergren, E. J.; Worley, K. C.; Rives, C. M.; Gorrell, J. H.; Metzker, M. L.; Naylor, S. L.; Kucherlapati, R. S.; Nelson, D. L.; Weinstock, G. M.; Sakaki, Y.; Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T.; Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach, J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T.; Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D. R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H. M.; Dubois, J.; Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A.; Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen, L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R. W.; Federspiel, N. A.; Abola, A. P.; Proctor, M. J.; Myers, R. M.; Schmutz, J.; Dickson, M.; Grimwood, J.; Cox, D. R.; Olson, M. V.; Kaul, R.; Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G. A.; Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B. A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser, J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W. R.; de la Bastide, M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G.; Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J. A.; Bateman, A.; Batzoglou, S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D. G.; Burge, C. B.; Cerutti, L.; Chen, H. C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R. R.; Doerks, T.; Eddy, S. R.; Eichler, E. E.; Furey, T. S.; Galagan, J.; Gilbert, J. G.; Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H.; Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L. S.; Jones, T. A.; Kasif, S.; Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W. J.; Kitts, P.; Koonin, E. V.; Korf, I.; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T. M.; McLysaght, A.; Mikkelsen, T.; Moran, J. V.; Mulder, N.; Pollara, V. J.; Ponting, C. P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A. F.; Stupka, E.; Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L.; Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y. I.; Wolfe, K. H.; Yang, S. P.; Yeh, R. F.; Collins, F.; Guyer, M. S.; Peterson, J.; Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K. A.; Patrinos, A.; Morgan, M. J.; Szustakowki, J.; de Jong, P.; Catanese, J. J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S.; Chen, Y. J. Nature 2001, 409, 860-921.
2. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M. L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y. H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Sun, E.; Thomas, R.; Tint, N. N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigo, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K. V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y. H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. Science 2001, 291, 1304-1351.
3. Fields, S. Science 2001, 291, 1221-1224.
4. Agaton, C.; Uhlén, M.; Hober, S. Electrophoresis 2004, 25, 1280-1288.
5. Uhlen, M.; Ponten, F. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 384-393.
6. Uhlen, M.; Bjorling, E.; Agaton, C.; Szigyarto, C. A.; Amini, B.; Andersen, E.; Andersson, A. C.; Angelidou, P.; Asplund, A.; Asplund, C.; Berglund, L.; Bergstrom, K.; Brumer, H.; Cerjan, D.; Ekstrom, M.; Elobeid, A.; Eriksson, C.; Fagerberg, L.; Falk, R.; Fall, J.; Forsberg, M.; Bjorklund, M. G.; Gumbel, K.; Halimi, A.; Halllin, L.; Hamsten, C.; Hansson, M.; Hedhammar, M.; Hercules, G.; Kampf, C.; Larsson, K.; Lindskog, M.; Lodewyckx, W.; Lund, J.; Lundeberg, J.; Magnusson, K.; Malm, E.; Nilsson, P.; Ödling, J.; Oksvold, P.; Olsson, L.; Öster, E.; Ottosson, J.; Paavilainen, L.; Persson, A.; Rimini, R.; Rockberg, J.; Runeson, M.; Sivertsson, Å.; Sköllermo, A.; Steen, J.; Stenvall, M.; Sterky, F.; Strömberg, S.; Sundberg, M.; Tegel, H.; Tourle, S.; Wahlund, E.; Waldén, A.; Wan, J.; Wernérus, H.; Westberg, J.; Wester, K.; Wrethagen, U.; Xu, L. L.; Hober, S.; Pontén, F. Mol. Cell. Proteomics 2005.
7. Warford, A.; Howat, W.; McCafferty, J. J. Immunol. Methods 2004, 290, 81-92.
8. Agaton, C.; Falk, R.; Höidén Guthenberg, I.; Göstring, L.; Uhlén, M.; Hober, S. J. Chromatogr. A 2004, 1043, 33-40.
9. Nilsson, P.; Paavilainen, L.; Larsson, K.; Odling, J.; Sundberg, M.; Andersson, A. C.; Kampf, C.; Persson, A.; Szigyarto, C. A.; Ottosson, J.; Bjorling, E.; Hober, S.; Wernerus, H.; Wester, K.; Ponten, F.; Uhlen, M. Proteomics 2005, 5, 4327-4337.
10. Engvall, E.; Perlman, P. Immunochemistry 1971, 8, 871-874.
11. Mendoza, L. G.; McQuary, P.; Mongan, A.; Gangadharan, R.; Brignac, S.; Eggers, M. Biotechniques 1999, 27, 778-780, 782-786, 788.
12. MacBeath, G.; Schreiber, S. L. Science 2000, 289, 1760-1763.
13. Haab, B. B.; Dunham, M. J.; Brown, P. O. Genome Biol. 2001, 2, RESEARCH0004.
14. Michaud, G. A.; Salcius, M.; Zhou, F.; Bangham, R.; Bonin, J.; Guo, H.; Snyder, M.; Predki, P. F.; Schweitzer, B. I. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1509-1512.
15. Lueking, A.; Possling, A.; Huber, O.; Beveridge, A.; Horn, M.; Eickhoff, H.; Schuchardt, J.; Lehrach, H.; Cahill, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1342-1349.
16. Angenendt, P.; Glokler, J.; Konthur, Z.; Lehrach, H.; Cahill, D. J. Anal. Chem. 2003, 75, 4368-4372.
17. Inganas, M.; Derand, H.; Eckersten, A.; Ekstrand, G.; Honerud, A. K.; Jesson, G.; Thorsen, G.; Soderman, T.; Andersson, P. Clin. Chem. 2005, 51, 1985-1987.
18. Hirschberg, D.; Jagerbrink, T.; Samskog, J.; Gustafsson, M.; Stahlberg, M.; Alvelius, G.; Husman, B.; Carlquist, M.; Jornvall, H.; Bergman, T. Anal. Chem. 2004, 76, 5864-5871.
19. Gustafsson, M.; Hirschberg, D.; Palmberg, C.; Jörnvall, H.; Bergman, T. Anal. Chem. 2004, 76, 345-350.
20. Hubbard, T.; Andrews, D.; Caccamo, M.; Cameron, G.; Chen, Y.; Clamp, M.; Clarke, L.; Coates, G.; Cox, T.; Cunningham, F.; Curwen, V.; Cutts, T.; Down, T.; Durbin, R.; Fernandez-Suarez, X. M.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Herrero, J.; Hotz, H.; Howe, K.; Iyer, V.; Jekosch, K.; Kahari, A.; Kasprzyk, A.; Keefe, D.; Keenan, S.; Kokocinsci, F.; London, D.; Longden, I.; McVicker, G.; Melsopp, C.; Meidl, P.; Potter, S.; Proctor, G.; Rae, M.; Rios, D.; Schuster, M.; Searle, S.; Severin, J.; Slater, G.; Smedley, D.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A.; Stalker, J.; Storey, R.; Trevanion, S.; Ureta-Vidal, A.; Vogel, J.; White, S.; Woodwark, C.; Birney, E. Nucleic Acids Res. 2005, 33 Database Issue, D447-D453.
21. Agaton, C.; Galli, J.; Höidén Gutherberg, I.; Janzon, L.; Hansson, M.; Asplund, A.; Brundell, E.; Lindberg, S.; Ruthberg, I.; Wester, K.; Wurtz, D.; Höög, C.; Lundeberg, J.; Ståhl, S.; Pontén, F.; Uhlén, M. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 405-414.
22. Lindskog, M.; Rockberg, J.; Uhlen, M.; Sterky, F. Biotechniques 2005, 38, 723-727.
23. Porath, J. Protein Expr. Purif. 1992, 3, 263-281.
24. Sjolander, A.; Nygren, P. A.; Stahl, S.; Berzins, K.; Uhlen, M.; Perlmann, P.; Andersson, R. J. Immunol. Methods 1997, 201, 115-123.