Structure of reduced and oxidized manganese superoxide dismutase: A combined computational and experimental approach

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 23, 2006, Pages 11511-11518

  Rulíšek, Lubomír ^a   Ryde, Ulf ^b  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER SIMULATION; CRYSTAL STRUCTURE; MOLECULAR DYNAMICS; OXIDATION; SOLVENTS;

MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE; OXIDIZED ENZYMES; STERIC CLASH; WATER MOLECULE;

MANGANESE COMPOUNDS;

EID: 33745727307     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp057295t     Document Type: Article

References (51)

1. Miller, A.-F.; Sorkin, D. L. Comments Mol. Cell. Biophys. 1997, 9, 1-48.
2. Miller, A.-F. In Handbook of Metalloproteins; Messerschmidt, A., Huber, R., Wieghardt, K., Poulos, T., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U. K., 2001; pp 668-692.
3. Stroupe, M. E.; DiDonato, M.; Tainer, J. A. In Handbook of Metalloproteins; Messerschmidt, A., Huber, R., Wieghardt, K., Poulos, T., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U. K., 2001; pp 941-951.
4. Bordo, D.; Pesce, A.; Bolognesi, M.; Stroppolo, M. E.; Falconi, M.; Desideri, A. In Handbook of Metalloproteins; Messerschmidt, A., Huber, R., Wieghardt, K., Poulos, T., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U. K. 2001; pp 1284-1300.
5. Wuerges, J.; Lee, J.-W.; Yim, Y.-I.; Yim, H.-S.; Kang, S.-O.; Carugo, K. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 8569-8574.
6. Getzoff, E. D.; Tainer, J. A.; Stempien, M. M.; Bell, G. I.; Hallewell, R. A. Proteins 1989, 5, 322-336.
7. Steinman, H. M.; Weinstein, L.; Brenowitz, M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 28629-28634.
8. Chance, B.; Sies, H.; Boveris, A. Physiol. Rev. 1979, 59, 527-605.
9. Bull, C.; Fee, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3295-3304.
10. Stallings, W. C.; Metzger, A. L.; Pattridge, K. A.; Fee, J. A.; Ludwig, M. L. Free Radical Res. 1991, 12-13, 259-268.
11. Whittaker, M. M.; Ekberg, C. A.; Edwards, R. A.; Baker, E. N.; Jameson, G. B.; Whittaker, J. W. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4668-4677.
12. Miller, A.-F.; Padmakumar, K.; Sorkin, D. L.; Karapetian, A.; Vance, C. K. J. Inorg. Biochem. 2003, 93, 71-83.
13. Fisher, C. L.; Chen, J.-L.; Li, J.; Bashford, D.; Noodleman, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13498-13505.
14. Li, J.; Fisher, C. L.; Konecny, R.; Bashford, D.; Noodleman, L. Inorg. Chem. 1999, 38, 929-939.
15. Han, W.-G.; Lovell, T.; Noodleman, L. Inorg. Chem. 2002, 41, 205-218.
16. Anderson, B. F.; Edwards, R. A.; Whittaker, M. M.; Whittaker J. W.; Baker, E. N.; Jameson G. B, to be submitted for publication. PDB codes files 1IX9 and 1IXB.
17. Ryde, U.; Olsen, L.; Nilsson, K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1058-1070.
18. Ryde, U.; Nilsson, K. J. Mol. Struct. 2003, 632, 259-275.
19. Kleywegt, G. J.; Jones, T. A. Acta Crystallogr., Sect. D 1998, 54, 1119-1131.
20. Pannu, N. S.; Read, R. J. Acta Crystallogr., Sect. A 1996, 52, 659-668.
21. Adams, P. D.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Brunger, A. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 5018-5023.
22. Brünger, A. T. Methods Enzymol. 1997, 243, 269-277.
23. Alrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
24. Brünger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; Delano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J.-S.; Kuszewski, J. I.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson; T.; Warren, G. L. Crystallography and NMR System, CNS, version 1.0; Yale University: New Haven, CT, 2000.
25. Ryde, U.; Nilsson, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14232-14233.
26. Nilsson, K.; Ryde, U. J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 1539-1546.
27. Jones, T. A.; Zou, J.-Y.; Cowand, W. E.; Kjeldgaard, M. Acta Crystallogr., Sect. A 1991, 47, 110-119.
28. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
29. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822-8824.
30. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley-Interseience: New York, 1986.
31. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5835.
32. Sigfridsson, E.; Olsson, M. H. M.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5546-5552.
33. Olsson, M. H. M.; Ryde, U. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7866-7876.
34. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kolman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, CA, 2004.
35. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
36. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 1998, 19, 377-395.
37. Nilsson, K.; Lecerof, D.; Sigfridsson, E.; Ryde, U. Acta Crystallogr., Sect. D 2003, 59, 274-289.
38. Seminario, J. M. Int. J. Quantum Chem. 1996, 30, 59-65.
39. Shen, Y.; Ryde, U. J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 878-895.
40. Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Mol. Struct., submitted for publication.
41. Wilmot, C. M.; Sjögren, T.; Carlsson, G. H.; Berglund, G. I.; Hajdu, J. Methods Enzymol. 2002, 353, 301-318.
42. Whittaker, J. W.; Whittaker, M. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 113, 5528-5540.
43. Jackson, T. A.; Xie, J.; Yikilmaz, E.; Miller, A.-F.; Brunold, T. C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10833-10845
44. Yikilmaz, E.; Xie, J.; Brunold, T. C.; Miller A.-F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3482-3483.
45. Lah, M. S.; Dixon, M. M.; Pattridge, K. A.; Stellings, W. C.; Fee, J. A.; Ludwig M. L. Biochemistry 1995, 34, 1646-1660.
46. Whittaker, M. M.; Whittaker J. W. Biochemistry 1996, 35, 6762-6770.
47. Jackson, T. A.; Karapetian, A.; Miller, A.-F.; Brunold, T. C. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12477-12491.
48. Rulíšek, L.; Jensen, K. P.; Lundgren, K.; Ryde, U. J. Comput. Chem., in press.
49. Borgstahl, G. E.; Pokross, M.; Chehab, R.; Sekher, A.; Snell, E. H. J. Mol. Biol. 2000, 296, 951-959.
50. Edwards, R. A.; Whittaker, M. M.; Whittaker, J. W.; Jameson, G. B.; Baker, E. N. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9684-9685.
51. Vatyam, S.; Byrd, R. A.; Miller, A.-F. Magn. Reson. Chem. 2000, 38, 536-542.