Proton character of the peptide unit in the Ca2+-Binding sites of calcium pump

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 22, 2006, Pages 11005-11013

  Li, Huifang ^a   Bu, Yuxiang ^a,b,c   Yan, Shihai ^a   Li, Ping ^a,b   Cukier, Robert I ^c  

^a QUFU NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^c MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CALCIUM; IONIZATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTONS;

DEPROTONATION ENERGIES; MODELING PEPTIDE UNIT (MPU); NATURAL BOND ORBITAL (NBO); PEPTIDE LINKAGE;

POLYPEPTIDES;

EID: 33745438253     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp060531v     Document Type: Article

References (42)

1. Yuji, S.; Naoyuki, M.; Mitsunori, L.; Akinori, K.; Chikashi, T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 127, 6150.
2. Toyoshima, C.; Nakasako, M.; Nomura, H.; Ogawa, H. Nature 2000, 405, 647.
3. Meldolesi, J.; Pozzan, T. Trends Biochent. Sci. 1998, 23, 10.
4. Tsien, R. W.; Tsicn, R. Y. Annu. Rev. Cell Biol. 1990, 6, 715.
5. Youxing, J.; Alice, L.; Jiayun, C.; Martine, C.; Brian, T. C.; Roderick, M. Nature 2002, 417, 515.
6. Berridge, M. J.; Lipp, P.; Bootman, M. D. Natl Rev. Mol. Cell Biol. 2000, 1, 11.
7. Carafoli, E.; Santella, L.; Brance, D.; Brisi, M. G. Crit. Rev. Biochem. Mol Biol. 2001, 36, 107.
8. Michael, J. B.; Martin, D. B.; Llewelyn, B. H. Nature 2003, 4, 517.
9. Michael, T. H.; John, D. L.; Sayeh, A. Biochemistry 2000, 39, 5859.
10. Møller, J. V.; Juul, B.; le Maire, M. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1286, 1.
11. Lee, A. G.; East, J. M. Biochem. J. 2001, 356, 665.
12. Toyoshima, C.; Nomura, H. Nature 2002, 418, 605.
13. Xu, C.; Rice, W. J.; He, W.; Stokes, D. L. J. Mol. Biol. 2002, 316, 201.
14. Maclennan, D. H.; Brandl, C. J.; Korczak, B.; Green, N. M. Nature 1985, 316, 696.
15. Ebashi, S.; Lipman, F. J. Cell. Biol. 1962, 14, 389.
16. Moller, J. V.; Juul, B.; Maire, L. M. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1286, 1.
17. Maclennan, D. H.; Rice, W. J.; Green, N. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 28815.
18. Mcintosh, D. B. Adv. Mol. Cell. Biol. 1998, 23A, 33.
19. Toyoshima, C.; Mizutani, T. Nature 2004, 430, 529.
20. Toyoshima, C.; Nomura, H.; Tsuda, T. Nature 2004, 432, 361.
21. Sørensen, T. L. M.; Møller, J. V.; Nissen, P. Science 2004, 304, 1672-1675.
22. Hoeflich, K. P.; Ikura, M. Cell 2002, 108, 739.
23. Petrov, A. S.; Lamm, G.; Pack, G. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3294.
24. Sychrovsky, V.; Sporer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 726, 663.
25. Dingley, A. J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293.
26. Szilagyi, L. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1995, 27, 325.
27. Williamson, M. P.; Asakura, T. Methods Mol. Biol. 1997, 60, 53.
28. Case, D. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 197.
29. Wishart, D. S.; Case, D. A. Methods Enzymol. 2001, 338, 3.
30. Clarke, D. M.; Loo, T. W.; Inesi, G.; MacLennan, D. H. Nature 1989, 339, 476.
31. Florence, C.; Michael, B.; Stephan, G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 725, 15750.
32. Li, P.; Bu, Y. X.; Ai, H. Q.; J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4069.
33. Hobza, P.; Zahradnik, R. Intermolecular Complexes: Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 1988.
34. Lenthe, J. H.; Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; Duijneveldt, F. B. Adv. Chem. Phys. 1987, 521, 124.
35. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 553, 19.
36. (a) Ditchfield, R. Mol. Phys. 1974, 27, 789.
37. (b) Dodds, J. L.; McWeeny, R.; Sadlej, A. J. Mol. Phys. 1980, 41, 1419.
38. Wolinski, K.; Hilton, J. F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8251.
39. Ramsey, N. F. Phys. Rev. 1953, 91, 303.
40. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899.
41. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. .V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.05; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
42. Alabugin, I. V.; Manoharan, M.; Peabody, S.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5973.