Single-nucleotide polymorphism genotyping by nanoparticle-enhanced surface plasmon resonance imaging measurements of surface ligation reactions

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 9, 2006, Pages 3158-3164

  Li, Yuan ^a   Wark, Alastair W ^a   Lee, Hye Jin ^a   Corn, Robert M ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYMATIC LIGATION REACTIONS; IMAGING MEASUREMENTS; POLYMORPHISM; SURFACE LIGATION REACTIONS;

ADSORPTION; DNA; GENES; IMAGE ANALYSIS; NANOSTRUCTURED MATERIALS; REACTION KINETICS; SURFACE PLASMON RESONANCE;

CELLS;

GENOMIC DNA; NANOPARTICLE;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CONTRAST ENHANCEMENT; DIAGNOSTIC IMAGING; GENE MUTATION; GENETIC VARIABILITY; GENOTYPE; HYBRIDIZATION; MEASUREMENT; SAMPLING; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SURFACE PLASMON RESONANCE;

DNA; DNA LIGASES; GENES, BRCA1; GENOTYPE; GOLD; NANOPARTICLES; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; OLIGONUCLEOTIDES; POLYMERASE CHAIN REACTION; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SURFACE PLASMON RESONANCE; SURFACE PROPERTIES;

EID: 33646567789     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0600151     Document Type: Article

References (43)

1. Syvanen, A.-C. Nat. Rev. Genet. 2001, 2, 930-942.
2. Kirk, B. W.; Feinsod, M.; Favis, R.; Kliman, R. M.; Barany, F. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3295-3311.
3. Kwok, P.-Y. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001, 2, 235-258.
4. De La Vega, F. M.; Lazaruk, K. D.; Rhodes, M. D.; Wenz, M. H. Mutat. Res. 2005, 573, 111-135.
5. Gunderson, K. L.; Steemers, F. J.; Lee, G.; Mendoza, L. G.; Chee, M. S. Nat. Genet. 2005, 37, 549-554.
6. Mei, R.; Galipeau, P. C.; Prass, C.; Berno, A.; Ghandour, G.; Patil, N.; Wolff, R. K.; Chee, M. S.; Reid, B. J.; Lockhard, D. J. Genome Res. 2000, 10, 1126-1137.
7. Fan, J.-B.; Chen, X.; Halushka, M. K.; Berno, A.; Huang, X.; Ryder, T.; Lipshutz, R.; Lockhard, D. J.; Chakravarti, A. Genome Res. 2000, 10, 853-860.
8. Chen, Y.; Shortreed, M. R.; Olivier, M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 2005. 77, 2400-2405.
9. Bao, Y. P.; Huber, M.; Wei, T.-F.; Maria, S. S.; Storhoff, J. J.; Muller, U. R. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e15.
10. Brockman, J. M.; Nelson, B. P.; Corn, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 41-63.
11. Smith, E. A.; Corn, R. M. Appl. Spectrosc. 2003, 57, 320A-332A.
12. Shumaker-Parry, J. S.; Campbell, C. T. Anal. Chem. 2004, 76, 907-917.
13. Kanda, V.; Kariuki, J. K.; Harrison, D. J.; McDermott, M. T. Anal. Chem. 2004, 76, 7257-7262.
14. Wilkop, T.; Wang, Z.; Cheng, Q. Langmuir 2004, 20, 11141-11148.
15. Wolf, L. K.; Fullenkamp, D. E.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17453-17459.
16. Lee, H. J.; Li, Y.; Wark, A. W.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2005, 77, 5096-5100.
17. Nelson, B. P.; Grimsrud, T. E.; Liles, M. R.; Goodman, R. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 1-7.
18. Endo, T.; Kerman, K.; Nagatani, N.; Takamura, Y.; Tamiya, E. Anal. Chem. 2005, 77, 6976-6984.
19. Liu, J.; Tian, S.; Tiefenauer, L.; Nielsen, P. E.; Knoll, W. Anal. Chem. 2005, 77, 2756-2761.
20. Okumura, A.; Sato, Y.; Kyo, M.; Kawaguchi, H. Anal. Biochem. 2005, 339, 328-337.
21. Peterson, A. W.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14601-14607.
22. Song, F.; Zhou, F.; Wang, J.; Tao, N.; Lin, J.; Vellanoweth, R. L.; Morquecho, Y.; Wheeler-Laidman, J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e72.
23. Nakatani, K.; Sando, S.; Saito, I. Nat. Biotechnol 2001, 19, 51-55.
24. Heaton, R. J.; Peterson, A. W.; Georgiadis, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3701-3704.
25. Lee, H. J.; Wark, A. W.; Goodrich, T. T.; Fang, S.; Corn, R. M. Langmuir 2005, 21, 4050-4057.
26. Fang, S.; Lee, H. J.; Wark, A. W.; Kim, H. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2005, 77, 6528-6534.
27. Goodrich, T. T.; Lee, H. J.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4086-4087.
28. He, L.; Musick, M. D.; Nicewarner, S. R.; Salinas, F. G.; Benkovic, S. J.; Natan, M. J.; Keating, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9071-9077.
29. Landegren, U.; Kaiser, R.; Sanders, J.; Hood, L. Science 1988, 241, 1070-1077.
30. Barany, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 189-193.
31. Zhong, X.-b.; Reynolds, R.; Kidd, J. R.; Kidd, K. K.; Jenison, R.; Maria, R. A.; Ward, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11559-11564.
32. Hashimoto, M.; Hupert, M. L.; Murphy, M. C.; Soper, S. A.; Cheng, Y.-W.; Barany, F. Anal. Chem. 2005, 77, 3243-3255.
33. Gerry, N. P.; Witowski, N. E.; Day, J.; Hammer, R. P.; Barany, G.; Barany, F. J. Mol. Biol. 1999, 292, 251-262.
34. Castilla, L. H.; Couch, F. J.; Erdos, M. R.; Hoskins, K. F.; Calzone, K.; Garber, J. F.; Boyd, J.; Lubin, M. B.; Deshano, M. L.; Brody, L. C.; Collins, F. S.; Weber, B. L. Nat. Genet. 1994, 8, 387-391.
35. Brockman, J. M.; Frutos, A. G.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8044-8051.
36. Friedman, L. S.; Ostermeyer, E. A.; Szabo, C. I.; Dowd, P.; Lynch, E. D.; Rowell, S. E.; King, M.-C. Nat. Genet. 1994, 8, 399-404.
37. Grabar, K. C.; Freeman, R. G.; Hommer, M. B.; Natan, M. J. Anal. Chem. 1995, 67, 735-743.
38. Goodrich, G. P.; Helfrich, M. R.; Overberg, J. J.; Keating, C. D. Langmuir 2004, 20, 10246-10251.
39. Lee, H. J.; Wark, A. W.; Li, Y.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2005, 77, 7832-7837.
40. Frutos, A. G.; Condon, A. E.; Smith, L. M.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10277-10282.
41. Lehr, H.-P.; Reimann, M.; Brandenburg, A.; Sulz, G.; Klapproth, H. Anal. Chem. 2003, 75, 2414-2420.
42. Livache, T.; Maillart, E.; Lassalle, N.; Mailley, P.; Corso, B.; Guedon, P.; Roget, A.; Levy, Y. J. Pharm. Biomed. Anal. 2003, 32, 687-696.
43. Easton, D. F.; Bishop, D. T.; Ford, D.; Crockford, G. P. Am. J. Hum. Genet. 1993, 52, 678-701.