Mechanism of triphosphate hydrolysis in aqueous solution: QM/MM simulations in water clusters

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 9, 2006, Pages 4407-4412

  Grigorenko, Bella L ^a   Rogov, Alexander V ^a   Nemukhin, Alexander V ^a  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSTS; ESTERS; HYDROGEN BONDS; HYDROLYSIS; INORGANIC COMPOUNDS; NEGATIVE IONS; PHOSPHATES; PROTEINS; PROTONS; SIMULATION;

METHYL TRIPHOSPHATE; MOLECULAR GROUPS; PROTON TRANSFERS; SPATIAL SEPARATION;

SOLUTIONS;

EID: 33645665732     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056395w     Document Type: Article

References (34)

1. Topol, I. A.; Cachau, R. E.; Nemukhin, A. V.; Grigorenko, B. L.; Burt, S. K. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1700, 125.
2. Grigorenko, B. L.; Nemukhin, A. V.; Topol, I. A.; Cachau, R. E.; Burt, S. K. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 60, 495.
3. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
4. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
5. Gao, J. L. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298.
6. Shoemaker, J. R.; Burggraf, L. W.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3445.
7. Monard, G.; Merz, K. M. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 904.
8. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442.
9. Zhang, Y.; Liu. H.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3483.
10. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569.
11. Bunton, C. A.; Llewellyn, D. R.; Oldham, K. G.; Vernon, C. A. J. Chem. Soc. 1958, 3574.
12. Florián, J.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5473.
13. Florián, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 719.
14. Åqvist, J.; Kolmodin, K.; Florián, J.; Warshel, A. Chem. Biol. 1999, 6, R71.
15. Glennon, T. M.; Villa, J.; Warshel, A. Biochemistry 2000, 39, 9641.
16. Hu, C. H.; T. Brinck, T. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5379.
17. Ma, B. Y.; Xie, Y. M.; Shen, M. Z.; Schleyer, P. V.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11169.
18. Klähn, M.; Braun-Sand, S.; Rosta, E.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15645.
19. Dreuw, A.; Cederbaum, L. S. Chem. Rev. 2002, 102, 181.
20. Wang, X.-B.; Nicholas, J. B.; Wang, L.-S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10837.
21. Akola, J.; Jones, R. O. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 11774.
22. Mercero, J. M.; Barrett, P.; Lam, C. W.; Fowler, J. E.; Ugalde, J. M.; Pedersen, L. G. J. Comput. Chem. 2000, 21, 43.
23. Bianciotto, M.; Barthelat, J. C.; Vigroux, A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6521.
24. Bianciotto, M.; Barthelat, J. C.; Vigroux, A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7573.
25. Wang, Y. N.; Topol, I. A.; Collins, J. R.; Burt, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13265.
26. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293.
27. Merrill, G. N.; Webb, S. P. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 833.
28. Nemukhin, A. V.; Grigorenko, B. L.; Topol, I. A.; Burt, S. K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 1031.
29. Dobrogorskaia-Mereau, I. I.; Nemukhin, A. V. J. Comput. Chem. 2005, 26, 865.
30. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
31. Granovsky, A. A. http://lcc.chem.msu.ru/gran/gamess/index.html.
32. Ponder, J. http://dasher.wustl.edu/tinker.
33. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270.
34. Shurki, A.; Warshel, A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 55, 1.