The hydrolysis of urea and the proficiency of urease

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 22, 2004, Pages 6932-6944

  Estiu, Guillermina ^a   Merz Jr , Kenneth M ^a  

^a PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; COMPUTATIONAL METHODS; ENZYMES; HYDROGEN BONDS; HYDROLYSIS; NITROGEN; THERMODYNAMICS;

SOLUTION PHASE REACTIONS; UREASE-CATALYZED REACTIONS;

UREA;

UREA; UREASE; WATER;

ARTICLE; CALCULATION; CATALYSIS; CHEMICAL REACTION KINETICS; DECOMPOSITION; ENZYME ACTIVITY; HYDROGEN BOND; HYDROLYSIS; MOLECULAR INTERACTION; THERMODYNAMICS;

CATALYSIS; HYDROLYSIS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PROTEIN CONFORMATION; UREA; UREASE; WATER;

EID: 3042733455     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja049327g     Document Type: Article

References (43)

1. Karplus, P. A.; Pearson, M. A.; Hausinger, R. P. Acc. Chem. Res. 1997, 30, 330.
2. Todd, M. J.; Hausinger, R. P. Biochemistry 2000, 39, 5389.
3. Pearson, M. A.; Schaller, R. A.; Michel, L. O.; Karplus, P. A.; Hausinger, R. P. Biochemistry 1998, 37, 6214.
4. Jabri, E.; Karplus, P. A. Biochemistry 1996, 35, 10616.
5. Mobley, H. L.; Island, M. D.; Hausinger, R. P. Microbiol. Rev. 1995, 59, 451.
6. Covacci, A.; Telford, J. L.; Del Giudice, G.; Parsonnet, J.; Rappuoli, R. Science 1999, 284, 1328.
7. Ha, N.-C.; Oh, S.-T.; Sung, J. Y.; Cha, K. A.; Lee, M. H.; Oh, B.-H. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 505.
8. Shaw, H. R.; Walker, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1958, 80, 5337 and references therein.
9. Laidler, K. J.; Hoare, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 2489.
10. Dixon, N. E.; Gazzola, C.; Blakeley, R. L.; Zemer, B. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 4131.
11. Zemer, B. Bioorg. Chem. 1991, 19, 116.
12. Wheland, G. W. Resonance in Organic Chemistry; Wiley: New York, 1955.
13. Wolfenden, R.; Snider, M. J. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 938.
14. Radizicka, A.; Wolfenden, R. Science 1995, 267, 90.
15. Warshel, A.; Strajbl, M.; Villa, J.; Florian, J. Biochemistry 2000, 29, 14728.
16. Phillips, L. M.; Lee, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12067.
17. Tsipis, C. A.; Karidipis, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 121, 12067.
18. Gardebien, F.; Sevin, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3925.
19. Tordini, F.; Bencini, A.; Bruschi, M.; De Gioia, L.; Zampella, G.; Fantucci, P. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1188.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
21. Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Wiberg, K. B.; Snoonian, J.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16098.
22. Besler, B. H.; Merz, K. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431.
23. Rousseau, B.; Van Alsenoy, C.; Keuleers, R.; Desseyn, H. O. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6540.
24. King, S. T. Spectrochim. Acta, Part A 1972, 28, 165.
25. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; Stoney, J. J. Mol. Spectrosc. 1975, 58, 445.
26. Li, X.; Stotesbury, S. J.; Jayasooriya, U. A. Spectrochim. Acta, Part A 1987, 43, 1595.
27. Lynch, B. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 2936.
28. Bharatam, P. V.; Moudgil, R.; Kaur, D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1627.
29. Yankwich, P. E.; Veazie, A. E. J. Am. Chem. Soc. 1958, 80, 1835.
30. Shaw, W. H.; Bordeaux, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1955, 27, 4729.
31. Zahn, D. J. Phys. Chem. B 2003, 10, 12303.
32. Brown, R. S.; Bennet, A. J.; Slebocka-Tilk, H. Acc. Chem. Res. 1992, 25, 481.
33. Estiu, G. L.; Merz, K. M. Manuscript in preparation.
34. Suarez, D.; Diaz, N.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15324.
35. Musiani, F.; Arnofi, E.; Casadio, R.; Ciurli, S. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 300.
36. Benini, S.; Rypniewski, W. R.; Wilson, K. S.; Ciurli, S.; Mangani, S. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 778.
37. Lee, J. K.; Houk, K. N. Science 1997, 276, 942.
38. Beak, P.; Siegel, B. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 3601.
39. Acheson, S. A.; Bell, J. B.; Jones, M. E.; Wolfeden, R. Biochemistry 1990, 29, 3198.
40. Shostak, K.; Jones, M. E. Biochemistry 1992, 31, 12155.
41. Benini, S.; Rypniewski, W. R.; Wilson, K. S.; Miletti, S.; Ciurli, S.; Mangani, S. Struct. Fold. Des. 1999, 7, 205.
42. Benini, S.; Rypniewski, W. R.; Wilson, K. S.; Ciurli, S.; Mangani, S. J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 268.
43. Benini, S.; Rypniewski, W. R.; Wilson, K. S.; Miletti, S.; Ciurli, S. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 110.