Efficient and specific trypsin digestion of microgram to nanogram quantities of proteins in organic-aqueous solvent systems

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 1, 2006, Pages 125-134

  Strader, Michael Brad ^a,b   Tabb, David L ^a,c   Hervey, W Judson ^a   Pan, Chongle ^a   Hurst, Gregory B ^a  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF MENTAL HEALTH   (United States)

^c VANDERBILT UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AQUEOUS BUFFERS; ENZYMATIC DIGESTION; PROTEOTYTIC DIGESTION; SOLVENT SYSTEMS;

ACETONITRILE; ENZYME KINETICS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; OPTIMIZATION; ORGANIC SOLVENTS;

PROTEINS;

ACETONITRILE; BUFFER; CHAPERONIN; ORGANIC SOLVENT; RIBOSOME PROTEIN; TRYPSIN;

AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; CONCENTRATION (PARAMETERS); ENZYME DEGRADATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS; STANDARD;

ACETONITRILES; CHAPERONIN 60; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; GROEL PROTEIN; HYDROLYSIS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDE MAPPING; PROTEINS; PROTEOMICS; RIBOSOMES; RUMEX; TRYPSIN; WATER;

EID: 30044447894     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac051348l     Document Type: Article

References (40)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
2. Hillenkamp, F.; Karas, M.; Beavis, R. C.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1991, 63, 1193A-1203A.
3. Yates, J. R., 3rd; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-1436.
4. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
5. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
6. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 1997, 69, 767-776.
7. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
8. Hunt, D. F.; Yates, J. R., 3rd; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233-6237.
9. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
10. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
11. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180-183.
12. Butland, G.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Li, J.; Yang, W.; Yang, X.; Canadien, V.; Starostine, A.; Richards, D.; Beattie, B.; Krogan, N.; Davey, M.; Parkinson, J.; Greenblatt, J.; Emili, A. Nature 2005, 433, 531-537.
13. http://www.ornl.gov/sci/GenomestoLife/index.shtml.
14. Larimer, F. W.; Chain, P.; Hauser, L.; Lamerdin, J.; Malfatti, S.; Do, L.; Land, M. L.; Pelletier, D. A.; Beatty, J. T.; Lang, A. S.; Tabita, F. R.; Gibson, J. L.; Hanson, T. E.; Bobst, C.; Torres, J. L.; Peres, C.; Harrison, F. H.; Gibson, J.; Harwood, C. S. Nat. Biotechnol 2004, 22, 55-61.
15. Rigaut, G.; Shevchenko, A.; Rutz, B.; Wilm, M.; Mann, M.; Seraphin, B. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 1030-1032.
16. Gould, K. L.; Ren, L.; Feoktistova, A. S.; Jennings, J. L.; Link, A. J. Methods 2004, 33, 239-244.
17. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, 3rd ed.; W. H. Freeman and Co.: New York, 2000; pp 103-131.
18. Park, Z. Y.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2000, 72, 2667-2670.
19. Russell, W. K.; Park, Z. Y.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2001, 73, 2682-2685.
20. Ekstrom, S.; Onnerfjord, P.; Nilsson, J.; Bengtsson, M.; Laurell, T.; Marko-Varga, G. Anal. Chem. 2000, 72, 286-293.
21. Doucette, A.; Craft, D.; Li, L. Anal. Chem. 2000, 72, 3355-3362.
22. Riviere, R.; Fleming, M.; Elicone, C.; Tempst, P. Techniques in Protein Chemistry II; Villafranca, J. J., Ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1991.
23. Ekstrom, S.; Malmstrom, J.; Wallman, L.; Lofgren, M.; Nilsson, J.; Laurell, T.; Marko-Varga, G. Proteomics 2002, 2, 413-421.
24. Bosserhoff, A.; Wallach, J.; Frank, R. W. J. Chromatogr. 1989, 473, 71-77.
25. Yu, Y. Q.; Gilar, M.; Gebier, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 711-715.
26. Griebenow, K.; Kilbanov, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11695-11700.
27. Welinder, K. G. Anal. Biochem. 1988, 174, 54-64.
28. Simon, L.; Laszlo, K.; Vertesi, A.; Bagi, K.; Szajani, B. J. Mol. Catal. B: Enzymol. 1998, 4, 41-45.
29. Strader, M. B.; Verberkmoes, N. C.; Tabb, D. L.; Connelly, H. M.; Barton, J. W.; Bruce, B. D.; Pelletier, D. A.; Davison, B. H.; Hettich, R. L.; Larimer, F. W.; Hurst, G. B. J. Proteome Res. 2004, 3, 965-978.
30. Hardy, S. J.; Kurland, C. G.; Voynow, P.; Mora, G. Biochemistry 1969, 8, 2897-2905.
31. Puig, O.; Caspary, F.; Rigaut, G.; Rutz, B.; Bouveret, E.; Bragado-Nilsson, E.; Wilm, M.; Seraphin, B. Methods 2001, 24, 218-229.
32. Geissler, J. F.; Harwood, C. S.; Gibson, J. J. Bacteriol. 1988, 170, 1709-1714.
33. Tabb, D. L.; Narasimhan, C.; Strader, M. B.; Hettich, R. L. Anal. Chem. 2005, 77, 2464-2474.
34. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., 3rd. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
35. Hornik, K., The R FAQ, http://www.ci.tuwien.ac.at/~hornik/R/; ISBN 3-900051-08-9.
36. Slysz, G. W.; Schriemer, D. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1044-1050.
37. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 608-614.
38. Simon, L.; Kotorman, M.; Garab, G.; Laczko, I. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 280, 1367-1371.
39. Bogdanov, B.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 168-200.
40. Buchanan, M. V.; Larimer, F. W.; Wiley, H. S.; Kennel, S. J.; Squier, T. J.; Ramsey, J. M.; Rodland, K. D.; Hurst, G. B.; Smith, R. D.; Xu, Y.; Dixon, D.; Doktycz, M. J.; Colson, S.; Gesteland, R.; Giometti, C.; Young, M.; Giddings, M. Omics 2002, 6, 287-303.