Conformation of glycosaminoglycans by ion mobility mass spectrometry and molecular modelling

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 7, Issue 19, 2005, Pages 3464-3471

  Jin, Lan ^a   Barran, Perdita E ^a   Deakin, Jon A ^b   Lyon, Malcolm ^b   Uhrín, Dušan ^a  

^a UNIVERSITY OF EDINBURGH   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISACCHARIDE; GLYCOSAMINOGLYCAN; HEPARIN; ION; OLIGOSACCHARIDE;

ARTICLE; CARBOHYDRATE ANALYSIS; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; CONFORMATION; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY;

CARBOHYDRATE CONFORMATION; CARBOHYDRATE SEQUENCE; DISACCHARIDES; GLYCOSAMINOGLYCANS; HEPARIN; IONS; MODELS, CHEMICAL; OLIGOSACCHARIDES; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 26944438669     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b508644b     Document Type: Article

References (46)

1. M. Bernfield, M. Gotte, P. W. Park, O. Reizes, M. L. Fitzgerald, J. Lincecum and M. Zako, Annu. Rev. Biochem., 1999, 68, 729-777.
2. M. Bernfield, R. Kokenyesi, M. Kato, M. T. Hinkes, J. Spring, R. L. Gallo and E. J. Lose, Annu. Rev. Cell Biol., 1992, 8, 365-393.
3. L. Kjellen and U. Lindahl, Annu. Rev. Biochem., 1991, 60 443-475.
4. K. J. Murphy, C. L. R. Merry, M. Lyon, I. S. Roberts, J. E. Thompson and J. T. Gallagher, J. Biol. Chem., 2004, 279, 27239-27245.
5. B. Casu and U. Lindahl, Adv. Carbohyd. Chem. Biochem., 2001, 57, 159-206.
6. E. Conrad, Heparin Binding Proteins, Academic Press, San Diego, 1998.
7. (a) J. Schlessinger, A. N. Plotnikov, O. A. Ibrahimi, A. V. Eliseenkova, B. K. Yeh, A. Yayon, R. J. Linhardt and M. Mohammadi, Mol. Cell, 2000, 6, 743-750;
8. (b) L. Pellegrini, D. F. Burke, F. V. Delft, B. Mulloy and T. L. Blundell, Nature, 2000, 407, 1029-1034;
9. (c) I. Capila, M. J. Hernáiz, Y. D. Mo, T. R. Mealy, B. Campos, J. R. Dedman, R. J. Linhardt and B. A. Seaton, Structure, 2001, 9, 57-64;
10. (d) A. D. DiGabriele, I. Lax, D. I. Chen, C. M. Svahn, M. Jaye, J. Schlessinger and W. A. Hendrickson, Nature, 1998, 393, 812-817.
11. E. D. T. E. Atkins and I. A. Nieduszynski, Adv. Exp. Med. Biol., 1975, 52, 19.
12. B. Mulloy, M. J. Forster and C. Jones, Biochem. J., 1993, 293, 849.
13. D. Spillmann, D. Witt and U. Lindahl, J. Biol. Chem., 1998, 25, 15487.
14. I. Capila, M. J. Hernaiz, Y. D. Mo, T. R. Mealy, B. Campos, J. R. Dedman, R. J. Linhardt and B. A. Seaton, Structure, 2001, 9, 57.
15. A. K. Powell, E. A. Yates, D. G. Ferning and J. E. Turnbull, Glycobiology, 2004, 14, 17R-30R.
16. T. Wyttenback and M. T. Bowers, Top. Curr. Chem., 2003, 255, 207-232.
17. M. F. Jarrold, Ann. Rev. Phys. Chem., 2000, 51, 179-207.
18. R. H. H. van den Heuvel and J. R. Albert Heck, Curr. Opin. Chem. Biol., 2004, 8, 519-526.
19. J. Gidden, A. Ferzoco, E. S. Baker and M. T. Bowers, J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 15132-15140.
20. Z. Shriver, R. Raman, G. Venkataraman, K. Drummond, J. Turnbull, T. Toida, R. Linhardt, K. Biemann and R. Sasisekharan, Biochemistry, 2000, 97, 10359-10364.
21. R. M. Pope, C. S. Raska, S. C. Thorp and J. Liu, Glycobiology, 2001, 11, 505-513.
22. G. Venkataraman, Z. Shriver, R. Raman and R. Sasisekharan, Science, 1999, 286, 537-542.
23. B. Kuberan, M. Lech, L. Zhang, Z. L. Wu, D. L. Beeler and R. D. Rosenberg, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 8707-8718.
24. H. Desaire and J. A. Leary, J. Am. Soc. Mass Spectrom, 2000, 11, 916-920.
25. O. M. Saad and J. A Leary, J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2004, 15(9), 1274-1286.
26. O. M. Saad and J. A Leary, Anal. Chem., 2003, 75(13), 2985-2995.
27. J. Zaia and C. E. Costello, Anal. Chem., 2003, 75(10), 2445-2455.
28. K. Giles, S. D. Pringle, K. R. Worthington, D. Little, J. L. Wildgoose and R. H. Bateman, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2004, 18(20), 2401-2414.
29. P. Dugourd, R. R. Hudgins, D. E. Clemmer and M. F. Jarrold, Rev. Sci. Instrum., 1997, 68(2), 1122-1129.
30. J. Jiménez-Barbero and T. Peters, NMR Spectroscopy of Glycoconjugates, WILEY-VCH, 2003.
31. T. Wyttenbach, P. R. Kemper and M. T. Bowers, Int. J. Mass Spectrom., 2001, 212(1-3), 13-23.
32. E. A. Mason and E. W. McDaniel, Transport Properties of Ions in Gases, Wiley, New York, 1988.
33. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crow-ley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner and P. A. Kollman, AMBER 7, University of California, San Francisco, 2002.
34. Dr Woods website, http://glycam.ccrc.uga.edu/glycam/glycam_parameters. html.
35. C. J. M. Huige and C. Altona, J. Comp. Chem., 1995, 16, 56-79.
36. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle, and J. A. Pople, GAUSSIAN 98, (Revision A.6), Gaussian, Inc, Pittsburgh PA, 1998.
37. J.-P. Ryckaert, G. Ciccotti and H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys., 1977, 23, 327-341.
38. D. Mikhailov, K. H. Mayo, I. R. Vlahov, T. Toida, A. Pervin and R. J. Linhardt, Biochem. J., 1996, 318, 93-102.
39. D. Bashford and D. A. Case, Annu. Rev. Phys. Chem., 2000, 51, 129-152.
40. S. Faham, R. E. Hileman, J. R. Fromm, R. J. Linhardt and D. C. Rees, Science, 1996, 271, 1116-1120.
41. S. Lee, T. Wyttenbach and M. T. Bowers, Int. J. Mass Spectrom., 1997, 167, 605-614.
42. B. H. Clowers, P. Dwivedi, W. E. Steiner and H. H. Hill Jr., J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2005, 16, 660-669.
43. D. L. Rabenstein, J. M. Robert and J. Peng, Carbohyd. Res., 1995, 278(2), 239-256.
44. J. Zaia and C. E. Costello, Anal. Chem., 2001, 73, 233-239.
45. W. Humphrey, A. Dalke and K. Schulten, J. Mol. Graphics, 1996, 14, 33-38. VMD -Visual Molecular Dynamics, http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/.
46. R. Koradi, M. Billeter and K. Wüthrich, J. Mol. Graphics, 1996, 14, 51-55. MOLMOL: a program for display and analysis of macromolecular structures.