Building integrated approaches for the proteomics of complex, dynamic systems: NIH programs in technology and infrastructure development

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 4, 2005, Pages 1114-1122

  Sheeley, Douglas M ^a   Breen, Joseph J ^b   Old, Susan E ^c  

^a NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES   (United States)

^c NATIONAL HEART LUNG AND BLOOD INSTITUTE   (United States)

Author keywords

Biomarkers; Cellular dynamics; Differential expression; NIH; Proteomics; Quantitation

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER;

HEALTH CARE ORGANIZATION; INFORMATION SCIENCE; MEDICAL RESEARCH; MEDICAL TECHNOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; REVIEW; TECHNOLOGY;

BIOMEDICAL RESEARCH; HUMANS; NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH (U.S.); PROTEOMICS; TECHNOLOGY; UNITED STATES;

EID: 24044535483     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050066z     Document Type: Review

References (46)

1. Blackstock, W. P.; Weir, M. P. Tibtech 1999, 17, 121-127.
2. Grant, S. G. N.; Blackstock, W. P. J. Neurosci. 2001, 21, 8315-8318.
3. Goshe, M. B.; Smith, R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 101-109.
4. Ranish, J. A.; Yi, E. C.; Leslie, D. M.; Purvine, S. O.; Goodlett, D. R.; Eng, J.; Aebersold, R. Nat. Genetics 2003, 33, 349-355.
5. Beavis, R. C.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1989, 3, 233-237.
6. Fenyo, D.; Zhang, W.; Chait, B. T.; Beavis, R. C. Anal. Chem. 1996, 68, 721A-726A.
7. Brown, J. D.; Hann, B. C.; Medzihradsky, K. F.; Niwa, M.; Burlingame, A. L. EMBO J. 1994, 13, 4390-4400.
8. Clauser, K. R.; Hall, S. C.; Smith, D. M.; Webb, J. W.; Andrews, L. E.; Tran, H. M.; Epstein, L. B.; Burlingame, A. L. PNAS 1995, 92, 5072-5076.
9. Allen, N.; Huang, L.; Burlingame, A. L.; Rexach, M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 29268-29274.
10. Medzihradsky, K. F.; Darula, Z.; Perlson, E.; Fainzilber, M.; Chalkley, R. J.; Ball, H.; Greenbaum, D.; Bogyo, M.; Tyson, D. R.; Bradshaw, R. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 429-445.
11. Kalkum, M.; Lyon, G. J.; Chait, B. T. PNAS 2003, 100, 2795-2800.
12. Rout, M. P.; Aitchison, J. D.; Suprapto, A.; Hjertaas, K.; Zhao, Y. J. Cell Biol. 2000, 148, 635-651.
13. Song, H.; Hecimovic, S.; Goate, A.; Hsu, F. F.; Bao, S.; Vidavsky, I.; Ramanadham, S.; Turk, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15.
14. Suri, A.; Vidavsky, I.; Drift, K. V. d.; Kanagawa, O.; Gross, M. L.; Unanue, E. R. Journal of Immunology 2002, 168, 1235-1243.
15. Cipollo, J. F.; Costello, C. E.; Hirschberg, C. B. J. Biol. Chem. 2002, 277, 49143-49157.
16. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T. A.; Judson, R. S.; Knight, J. R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; Quereshi-Emili, A.; Li, Y.; Godwin, B.; Conover, D.; Kalbfleisch, T.; Vijayadamodar, G.; Yang, M.; Johnston, M.; Fields, S.; Rothberg, J. M. Nature 2000, 403, 623-627.
17. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
18. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. Á.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
19. Hazbun, T. R.; Malmstrom, L.; Anderson, S.; Graczyk, B. J.; Fox, B.; Riffle, M.; Sundin, B. A.; Aranda, J. D.; McDonald, W. H.; Chiu, C.-H.; Snydsman, B. E.; Bradley, P.; Muller, E. G. D.; Fields, S.; Baker, D.; Yates, J. R.; Davis, T. N. Mol. Cell 2003, 12, 1353-1365.
20. Reinhold, V. N.; Reinhold, B. B.; Costello, C. E. Anal. Chem. 1995, 67, 1772-1784.
21. Xiong, L.; Andrews, D.; Regnier, F. J. Proteome Res. 2003, 2, 618-625.
22. Fields, S.; Song, O. Nature 1989, 340, 245-246.
23. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991.
24. Abola, E.; Kuhn, P.; Earnest, T.; Stevens, R. C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 973-977.
25. Lesley, S. A.; Kuhn, P.; Godzik, A.; Deacon, A. M.; Matthews, I.; Kreusch, A.; Spraggon, G.; et al. PNAS 2002, 99, 11664-11669.
26. Blonder, J.; Goshe, M. B.; Xiao, W.; Camp, D. G.; Wingerd, M.; Davis, R. W.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 434-444.
27. Bork, P.; Jensen, L. J.; Mering, C. v.; Ramani, A. K.; Lee, I.; Marcotte, E. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 292-299.
28. de Lichtenberg, U.; Jensen, L. J.; Brunak, S.; Bork, P. Science 2005, 307, 724-727.
29. von Mering, C.; Krause, R.; Snel, B.; Cornell, M.; Oliver, S. G.; Fields, S.; Bork, P. Nature 417, 399-403.
30. Fiehn, O.; Weckworth, W. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 579-588.
31. Phizicky, E.; Bastiaens, P. I. H.; Zhu, H.; Snyder, M.; Fields, S. Nature 2003, 422, 208-215.
32. Kumar, A.; Agarwal, S.; Heyman, J. A.; Maison, S.; Heidtman, M.; Piccirillo, S.; Umansky, L.; Drawid, A.; Jansen, R.; Liu, Y.; Cheung, K.-H.; Miller, P.; Gerstein, M.; Roeder, G. S.; Snyder, M. Genes Dev. 2002, 16, 707-719.
33. Dreger, M. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 589-599.
34. Davis, T. N. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 49-53.
35. Krutzik, P. O.; Nolan, G. P. Cytometry A 2003, 55A, 61-70.
36. Sims, C. E.; Allbritton, N. L. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 23-28.
37. Irish, J. M.; Hovland, R.; Krutzik, P. O.; Perez, O. D.; Bruserud, O.; Gjertsen, B. T.; Nolan, G. P. Cell 2004, 118, 217-228.
38. Zerhouni, E. Science 2003, 302, 63-64.
39. Baldwin, M. A. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 1-9.
40. Burlingame, A. L. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 425.
41. Lundgren, D. H.; Eng, J.; Wright, M. E.; Han, D. K. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 1164-1176.
42. De Las Rivas, J.; Luis, A. d. Comp. Funct. Genomics 2004, 5, 173-178.
43. Hermjakob, H.; Montecchi-Palazzi, L.; Bader, G.; Wojcik, J.; Salwinski, L.; Ceol, A.; Moore, S.; Orchard, S.; Sarkans, U.; Mering, C. v.; Roechert, B.; Poux, S.; Jung, E.; Mersch, H.; Kersey, P.; Lappe, M.; Li, Y.; Zeng, R.; Rana, D.; Nikolski, M.; Husi, H.; Brun, C.; Shanker, K.; Grant, S. G. N.; Sander, C.; Bork, P.; Zhu, W.; Pandey, A.; Brazma, A.; Jacq, B.; Vidal, M.; Sherman, D.; Legrain, P.; Cesareni, G.; Xenarios, I.; Eisenberg, D.; Steipe, B.; Hogue, C.; Apweiler, R. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 177-183.
44. Brazma, A.; Hingamp, P.; Quackenbush, J.; Sherlock, G.; Spellman, P.; Stoeckert, C.; Aach, J.; Ansorge, W.; Ball, C. A.; Causton, H. C.; Gaasterland, T.; Glenisson, P.; Holstege, F. C. P.; Kim, I. F.; Markowitz, V.; Maltese, J. C.; Parkinson, H.; Robinson, A.; Sarkans, U.; Schulze-Kremer, S.; Stewart, J.; Taylor, R.; Vilo, J.; Vingron, M. Nat. Genetics 2001, 29, 365-371.
45. Marione, M. E.; Gupta, A.; Ellisman, M. H. Nat. Neurosci. 2004, 7, 467-472.
46. Peltier, S. T.; Ellisman, M. H. In The Grid; Foster, I., Kesselman, C., Eds.; Morgan Kaufmann: San Francisco, 2003; pp 109-120.