High-sensitivity analysis of human plasma proteome by immobilized isoelectric focusing fractionation coupled to mass spectrometry identification

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 4, 2005, Pages 1265-1273

  Tu, Cheng Jian ^a   Dai, Jie ^a   Li, Su Jun ^a   Sheng, Quan Hu ^a   Deng, Wen Jun ^a   Xia, Qi Chang ^a   Zeng, Rong ^a  

^a Shanghai Jiao Tong University Affiliated Sixth People s Hospital   (China)

Author keywords

Immobilized pH gradients; Isoelectric focusing; Linear ion trap mass spectrometry; Plasma; Proteomics

Indexed keywords

PLASMA PROTEIN; PROTEOME; TRYPSIN;

ARTICLE; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; HIGH THROUGHPUT SCREENING; ISOELECTRIC FOCUSING; MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; REVERSED PHASE HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS;

ADULT; AMINO ACID SEQUENCE; BLOOD PROTEINS; FEMALE; HUMANS; ISOELECTRIC FOCUSING; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEOME;

EID: 23944519409     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0497529     Document Type: Article

References (42)

1. Righetti, P. G.; Castagna, A.; Herbert, B.; Raymond, F.; Rossier, J. S. Proteomics 2003, 3, 1397-1407.
2. Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Janini, G. M.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2002, 23, 3048-3061.
3. Shang, T. Q.; Ginter, J. M.; Johnston, M. V.; Larsen, B. S.; McEwen, C. N. Electrophoresis 2003, 24, 2359-2368.
4. Wang, M. Z.; Howard, B.; Campa, M. J.; Patz, E. F., Jr.; Fitzgerald, M. C. Proteomics 2003, 3, 1661-1666.
5. Xiao, Z.; Conrads, T. P.; Lucas, D. A.; Janini, G. M.; Schaefer, C. F.; Buetow, K. H.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2004, 25, 128-133.
6. Westermeier, R.; Postel, W.; Weser, J.; Gorg, A. J. Biochem. Biophys. Methods 1983, 8, 321-330.
7. Bjellqvist, B.; Ek, K.; Righetti, P. G.; Gianazza, E.; Gorg, A.; Westermeier, R.; Postel, W. J. Biochem. Biophys. Methods 1982, 6, 317-339.
8. Bjellqvist, B.; Sanchez, J. C.; Pasquali, C.; Ravier, F.; Paquet, N.; Frutiger, S.; Hughes, G. J.; Hochstrasser, D. Electrophoresis 1993, 14, 1375-1378.
9. Corbett, J. M.; Dunn, M. J.; Posch, A.; Gorg, A. Electrophoresis 1994, 15, 1205-1211.
10. Yu, L. R.; Wang, N.; Wu, G. D.; Xu, Y. H.; Xia, Q. C. Chin. Sci. Bull. 2000, 45, 1113-1122.
11. Poland, J.; Bohme, A.; Schubert, K.; Sinha, P. Electrophoresis 2002, 23, 4067-4071.
12. Castellanos-Serra, L.; Vallin, A.; Proenza, W.; Le Caer, J. P.; Rossier, J. Electrophoresis 2001, 22, 1677-1685.
13. Giorgianni, F.; Desiderio, D. M.; Beranova-Giorgianni, S. Electrophoresis 2003, 24, 253-259.
14. Pieper, R.; Gatlin, C. L.; Makusky, A. J.; Russo, P. S.; Schatz, C. R.; Miller, S. S.; Su, Q.; McGrath, A. M.; Estock, M. A.; Parmar, P. P.; Zhao, M.; Huang, S. T.; Zhou, J.; Wang, F.; Esquer-Blasco, R.; Anderson, N. L.; Taylor, J.; Steiner, S. Proteomics 2003, 3, 1345-1364.
15. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 845-867.
16. Petricoin, E. F.; Ardekani, A. M.; Hitt, B. A.; Levine, P. J.; Fusaro, V. A.; Steinberg, S. M.; Mills, G. B.; Simone, C.; Fishman, D. A.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. Lancet 2002, 359, 572-577.
17. Petricoin, E. F., 3rd; Ornstein, D. K.; Paweletz, C. P.; Ardekani, A.; Hackett, P. S.; Hitt, B. A.; Velassco, A.; Trucco, C.; Wiegand, L.; Wood, K.; Simone, C. B.; Levine, P. J.; Linehan, W. M.; Emmert-Buck, M. R.; Steinberg, S. M.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. J. Natl. Cancer Inst. 2002, 94, 1576-1578.
18. Xiao, Z.; Luke, B. T.; Izmirlian, G.; Umar, A.; Lynch, P. M.; Phillips, R. K.; Patterson, S.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Greenwald, P.; Hawk, E. T.; Ali, I. U. Cancer Res 2004, 64, 2904-2909.
19. Pusztai, L.; Gregory, B. W.; Baggerly, K. A.; Peng, B.; Koomen, J.; Kuerer, H. M.; Esteva, F. J.; Symmans, W. F.; Wagner, P.; Hortobagyi, G. N.; Laronga, C.; Semmes, O. J.; Wright, G. L., Jr.; Drake, R. R.; Vlahou, A. Cancer 2004, 100, 1814-1822.
20. Joo, W. A.; Kang, M. J.; Son, W. K.; Lee, H. J.; Lee, D. Y.; Lee, E.; Kim, C. W. Proteomics 2003, 3, 2402-2411.
21. Diamandis, E. P. J. Natl. Cancer Inst. 2004, 96, 353-356.
22. Pieper, R.; Su, Q.; Gatlin, C. L.; Huang, S. T.; Anderson, N. L.; Steiner, S. Proteomics 2003, 3, 422-432.
23. Anderson, N. L.; Polanski, M.; Pieper, R.; Gatlin, T.; Tirumalai, R. S.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Adkins, J. N.; Pounds, J. G.; Pagan, R.; Lobley, A. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 311-326.
24. Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G., 2nd; Fang, R.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Xiao, W.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G. Anal. Chem. 2004, 76, 1134-1144.
25. Ding, S. J.; Li, Y.; Shao, X. X.; Zhou, H.; Zeng, R.; Tang, Z. Y.; Xia, Q. C. Proteomics 2004, 4, 982-994.
26. Jiang, X. S.; Zhou, H.; Zhang, L.; Sheng, Q. H.; Li, S. J.; Li, L.; Hao, P.; Li, Y. X.; Xia, Q. C.; Wu, J. R.; Zeng, R. Mol. Cell Proteomics 2004.
27. Yates, J. R., 3rd; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-1436.
28. Yates, J. R., 3rd; Carmack, E.; Hays, L.; Link, A. J.; Eng, J. K. Methods Mol. Biol. 1999, 112, 553-569.
29. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
30. Yates, J. R., 3rd; Link, A. J.; Schieltz, D. Methods Mol. Biol. 2000, 146, 17-26.
31. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
32. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132.
33. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567-580.
34. Dyrlov Bendtsen, J.; Nielsen, H.; Von Heijne, G.; Brunak, S. J. Mol. Biol. 2004, 340, 783-795.
35. Nielsen, H.; Krogh, A. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1998, 6, 122-130.
36. Nielsen, H.; Engelbrecht, J.; Brunak, S.; von Heijne, G. Protein Eng. 1997, 10, 1-6.
37. Rabilloud, T.; Kieffer, S.; Procaccio, V.; Louwagie, M.; Courchesne, P. L.; Patterson, S. D.; Martinez, P.; Garin, J.; Lunardi, J. Electrophoresis 1998, 19, 1006-1014.
38. Le Bihan, T.; Pinto, D.; Figeys, D. Anal. Chem. 2001, 73, 1307-1315.
39. Jin, W. H.; Dai, J.; Li, S. J.; Xia, Q. C.; Zou, H. F.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2005, 4, in press.
40. Hogdall, C. K.; Christensen, I. J.; Stephens, R. W.; Sorensen, S.; Norgaard-Pedersen, B.; Nielsen, H. J. Apmis 2002, 110, 630-638.
41. Gorg, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Harder, A.; Scheibe, B.; Wildgruber, R.; Weiss, W. Electrophoresis 2000, 21, 1037-1053.
42. Clark, H. F.; Gurney, A. L.; Abaya, E.; Baker, K.; Baldwin, D.; Brush, J.; Chen, J.; Chow, B.; Chui, C.; Crowley, C.; Currell, B.; Deuel, B.; Dowd, P.; Eaton, D.; Foster, J.; Grimaldi, C.; Gu, Q.; Hass, P. E.; Heldens, S.; Huang, A.; Kim, H. S.; Klimowski, L.; Jin, Y.; Johnson, S.; Lee, J.; Lewis, L.; Liao, D.; Mark, M.; Robbie, E.; Sanchez, C.; Schoenfeld, J.; Seshagiri, S.; Simmons, L.; Singh, J.; Smith, V.; Stinson, J.; Vagts, A.; Vandlen, R.; Watanabe, C.; Wieand, D.; Woods, K.; Xie, M. H.; Yansura, D.; Yi, S.; Yu, G.; Yuan, J.; Zhang, M.; Zhang, Z.; Goddard, A.; Wood, W. I.; Godowski, P.; Gray, A. Genome Res. 2003, 13, 2265-2270.