Porphyrin distortion from resonance Raman intensities of out-of-plane modes: Computation and modeling of N-methylmesoporphyrin, a ferrochelatase transition state analog

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 109, Issue 3, 2005, Pages 421-430

  Jarzȩcki, Andrzej A ^a,b   Spiro, Thomas G ^a  

^a PRINCETON UNIVERSITY   (United States)

^b CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRON PAIRS; ELECTRONIC ABSORPTION; FREQUENCY MODES; PORPHYRIN DISTORTION;

ATOMIC PHYSICS; BINDING ENERGY; GROUND STATE; PROTEINS; RAMAN SPECTROSCOPY; RESONANCE;

PORPHYRINS;

FERROCHELATASE; MESOPORPHYRIN; N METHYLMESOPORPHYRIN IX; N-METHYLMESOPORPHYRIN IX;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ELECTRON; METABOLISM; RAMAN SPECTROMETRY;

COMPUTER SIMULATION; ELECTRONS; FERROCHELATASE; MESOPORPHYRINS; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR STRUCTURE; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN;

EID: 13444269300     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0470142     Document Type: Article

References (44)

1. Shelnutt, J. A.; Song, X. Z.; Ma, J. G.; Jia, S. L.; Jentzen, W.; Medforth, C. J. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 31.
2. Jordan, P. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 902.
3. Dailey, H. A. In Biosynthesis of Heme and Chlorophylls; Dailey, H. A., Ed.; McGraw-Hill Publishing Co.: New York, 1990; p 123.
4. Karger, G. A.; Reid, J. D.; Hunter, C. N. Biochemistry 2001, 40, 9291.
5. Lavallee, D. K. In Mechanistic Princeiples of Enzyme Activity; Liebman, J. F., Greeberg, A., Eds.; VCH: New York, 1988; p 279.
6. Dailey, H. A. In Mechanisms of Metallocenter Assembly; Hausinger, R. P., Eichorn, G. C., Marzilli, C. G., Eds.; VCH: New York, 1996; p 77.
7. Sparks, L. D.; Chamberlain, J. R.; Hsu, P.; Ondrias, M. R.; Swanson, B. A.; Demontellano, P. R. O.; Shelnutt, J. A. Inorg. Chem. 1993, 32, 3153.
8. Dailey, H. A.; Fleming, J. E. J. Biol. Chem. 1983, 258, 11453.
9. Cochran, A. G.; Schultz, P. G. Science 1990, 249, 781.
10. Tsai, H. H.; Simpson, M. C. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1224.
11. Brennan, T. D.; Scheidt, W. R.; Shelnutt, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 3919.
12. Alden, R. G.; Crawford, B. A.; Doolen, R.; Ondrias, M. R.; Shelnutt, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2070.
13. Czernuszewicz, R. S.; Li, X. Y.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7024.
14. Jentzen, W.; Unger, E.; Karvounis, G.; Shelnutt, J. A.; Dreybrodt, W.; Schweitzer Stenner, R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14184.
15. Hoard, J. L. Science 1971, 174, 1295.
16. Kozlowski, P. M.; Rush, T. S.; Jarzecki, A. A.; Zgierski, M. Z.; Chase, B.; Piffat, C.; Ye, B. H.; Li, X. Y.; Pulay, P.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1357.
17. Rush, T. S.; Kozlowski, P. M.; Piffat, C. A.; Kumble, R.; Zgierski, M. Z.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5020.
18. Rush, T. S.; Kumble, R.; Mukherjee, A.; Blackwood, M. E.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12076.
19. Kumble, R.; Rush, T. S.; Blackwood, M. E.; Kozlowski, P. M.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7280.
20. Venkateshrao, S.; Yin, J.; Jarzecki, A. A.; Schultz, P. G.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16361.
21. Hizhnyakov, V.; Tehver, I. Phys. Status Solidi 1967, 21, 755.
22. Chan, C. K.; Page, J. B. J. Chem. Phys. 1983, 79, 5234.
23. Savin, F. A. Opt. Spektrosk. 1965, 19, 555.
24. Warshel, A.; Dauber, P. J. Chem. Phys. 1977, 66, 5477.
25. Heller, E. J.; Sundberg, R. L.; Tannor, D. J. Phys. Chem. 1982, 86, 1822.
26. Lee, S.-Y.; Heller, E. J. J. Chem. Phys. 1979, 71, 4777.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc: Pittsburgh, PA, 1998.
28. Rauhut, G.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4167.
29. Baker, J.; Jarzecki, A. A.; Pulay, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1412.
30. Jarzecki, A. A.; Kozlowski, P. M.; Pulay, P.; Ye, B. H.; Li, X. Y. Spectrochim. Acta A 1997, 53, 1195.
31. Foresman, J. B.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 135.
32. Jarzecki, A. A.; Spiro, T. G. J. Raman Spectrosc. 2001, 32, 599.
33. Gouterman, M. J. Mol. Spectrosc. 1961, 6, 138.
34. Gouterman, M.; Wagniere, G. H.; Snyder, L. C. J. Mol. Spectrosc. 1963, 11, 108.
35. Kozlowski, P. M.; Jarzecki, A. A.; Pulay, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7007.
36. Kozlowski, P. M.; Jarzecki, A. A.; Pulay, P.; Li, X. Y.; Zgierski, M. Z. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13985.
37. Stoll, L. K.; Zgierski, M. Z.; Kozlowski, P. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 170.
38. Stoll, L. K.; Zgierski, M. Z.; Kozlowski, P. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 4165.
39. Li, X. Y.; Czernuszewicz, R. S.; Kincaid, J. R.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7012.
40. Parthasarathi, N.; Hansen, C.; Yamaguchi, S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem Soc. 1987, 109, 3865.
41. Jentzen, W.; Song, X. Z.; Shelnutt, J. A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1684.
42. Scheidt, W. R.; Lee, Y. J. Struct. Bonding 1987, 64, 1.
43. Lavallee, D. K.; Andersen, O. P. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4707.
44. Chen, B. M. L.; Tulinsky, A. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 4144-4151.