Reevaluation of human cytomegalovirus coding potential

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 100, Issue 23, 2003, Pages 13585-13590

  Murphy, Eain ^a   Rigoutsos, Isidore ^b   Shibuya, Tetsuo ^c   Shenk, Thomas E ^a  

^a PRINCETON UNIVERSITY   (United States)

^b MEMORIAL SLOAN KETTERING CANCER CENTER   (United States)

^c IBM RESEARCH TOKYO   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; COMPUTER MODEL; CYTOMEGALOVIRUS; GENE SEQUENCE; GENETIC ALGORITHM; GENETIC ANALYSIS; GENETIC CODE; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; OPEN READING FRAME; ORTHOLOGY; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; VIRUS GENOME; VIRUS ISOLATION;

ALGORITHMS; CYTOMEGALOVIRUS; DNA, VIRAL; GENOME; MODELS, GENETIC; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUROMEGALOVIRUS; OPEN READING FRAMES; PEPTIDES; SOFTWARE;

CYTOMEGALOVIRUS; HUMAN HERPESVIRUS 5; MOUSE CYTOMEGALOVIRUS 1; MURINAE; PAN TROGLODYTES;

EID: 0345445893     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.1735466100     Document Type: Article

References (44)

1. Britt, W. J. & Alford, C. A. (1996) in Fields Virology, eds. Fields, B. N., Knipe, D. M. & Howley, P. M. (Lippincott-Raven. Philadelphia), Vol. 2, pp. 2493-2524.
2. Bankier, A. T., Beck, S., Bohni, R., Brown, C. M., Cerny, R., Chee, M. S., Hutchison, C. A., III, Kouzarides, T., Martignetti, J. A., Preddie, E., et al. (1991) DNA Sequences 2, 1-12.
3. Chee, M. S., Bankier, S., Beck, S., Bohni, R., Brown, C. R., Horsnell, T., Hutchisno, C. A., III, Kouzarides, T., Martignetti, J. A., Preddie, E., et al. (1990) Curr. Top. Microbiol. Immunol. 154, 125-169.
4. Baer, R., Bankier, A. T., Biggin, M. D., Deininger, P. L., Farrell, P. J., Gibson, T. J., Hatfull, G., Hudson, G. S., Satchwell, S. C., Seguin, C., et al. (1984) Nature 310, 207-211.
5. McGeoch, D. J., Dalrymple, M. A., Davison, A. J., Dolan, A., Frame, M. C., McNab, D., Perry, L. J., Scott, J. E. & Taylor, P. (1988) J. Gen. Virol 69, 1531-1574.
6. Gibson, W., Clopper, K. S., Britt, W. J. & Baxter, M. K. (1996) J. Virol. 70, 5680-5683.
7. Kotenko, S. V., Saccani, S., Izotova, L. S., Mirochnitchenko, O. V. & Pestka. S. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 1695-1700.
8. Mullberg, J., Hsu, M. L., Rauch, C. T., Gerhart, M. J., Kaykas, A. & Cosman, D. (1999) J. Gen. Virol. 80, Part 2, 437-440.
9. Wood, L. J., Baxter, M. K., Plafker, S. M. & Gibson, W. (1997) J. Virol. 71, 179-190.
10. Rigoutsos, I., Novotny, J., Huynh, T., Chin-Bow, S. T., Parida, L. Platt, D., Coleman, D. & Shenk, T. (2003) J. Virol. 77, 4326-4344.
11. Novotny, J., Rigoutsos, I., Coleman, D. & Shenk, I. (2001) J. Mol. Biol. 310, 1151-1166.
12. Prichard, M. N., Penfold, M. E., Duke, G. M., Spaete, R. R. & Kemble, G. W. (2001) Rev. Med. Virol. 11, 191-200.
13. Cha, T. A., Tom, E., Kemble, G. W., Duke, G. M., Mocarski, E. S. & Spaete, R. R. (1996) J. Virol. 70, 78-83.
14. Davison, A. J., Dolan, A., Akter, P., Addison, C., Dargan, D. J., Alcendor, D. J., McGeoch, D. J. & Hayward, G. S. (2003) J. Gen. Virol. 84, 17-28.
15. Shibuya, T. & Rigoutsos, I. (2002) Nucleic Acids Rev. 30, 2710-2725.
16. Bairoch, A. & Apweiler, R. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 45-48.
17. Dehal, P., Satou, Y., Campbell, R. K., Chapman, J., Degnan, B., De Tomaso, A., Davidson, B., Di Gregorio, A., Gelpke, M., Goodstein, D. M., et al. (2002) Science 298, 2157-2167.
18. Kozak, M. (1984) Nucleic Acids Res. 12, 857-872.
19. Alderete, J. P., Child, S. J. & Geballe, A. P. (2001) J. Virol. 75, 7188-7192.
20. Hitomi, S., Kozuka-Hata, H., Chen, Z., Sugano, S., Yamaguchi, N. & Watanabe, S. (1997) Arch. Virol. 142, 1407-1427.
21. Adair, R., Douglas, E. R., Maclean, J. B., Graham, S. Y., Aitken, J. D., Jamieson, F. E. & Dargan, D. J. (2002) J. Gen. Virol. 83, 1315-1324.
22. Fraile-Ramos, A., Pelchen-Matthews, A., Kledal, T. N., Browne, H., Schwartz, T. W. & Marsh, M. (2002) Traffic 3, 218-232.
23. Huber, M. T., Tomazin, R., Wisner, T., Boname, J. & Johnson, D. C. (2002) J. Virol. 76, 5748-5758.
24. Huber, M. T. & Compton, T. (1998) J. Virol. 72, 8191-8197.
25. Lilley, B. N., Ploegh, H. L. & Tirabassi, R. S. (2001) J. Virol. 75, 11218-11221.
26. Atalay, R., Zimmermann, A., Wagner, M., Borst, E., Benz, C., Messerle, M. & Hengel, H. (2002) J. Virol. 76, 8596-8608.
27. Davis, M. G. & Huang, E. S. (1985) J. Virol. 56, 7-11.
28. Wing, B. A., Lee, G. C. & Huang, E. S. (1996) J. Virol. 70, 3339-3345.
29. Wang, S. K., Duh, C. Y. & Chang, T. T. (2000) J. Gen. Virol. 81, 2407-2416.
30. Krosky, P. M., Underwood, M. R., Turk, S. R., Feng, K. W., Jain, R. K., Ptak, R. G., Westerman, A. C., Biron, K. K., Townsend, L. B. & Drach, J. C. (1998) J. Virol. 72, 4721-4728.
31. Liu, Y. & Biegalke, B. J. (2002) J. Virol. 76, 2460-2468.
32. Furman, M. H., Dey, N., Tortorella, D. & Ploegh, H. L. (2002) J. Virol. 76, 11753-11756.
33. Dal Monte, P., Pignatelli, S., Zini, N., Maraldi, N. M., Perret, E., Prevost, M. C. & Landini, M. P. (2002) J. Gen. Virol. 83, 1005-1012.
34. Battista, M. C., Bergamini, G., Boccuni, M. C., Campanini, F., Ripalti, A. & Landini, M. P. (1999) J. Virol. 73, 3800-3809.
35. LaPierre, L. A. & Biegalke, B. J. (2001) J. Virol. 75, 6062-6069.
36. Stamminger, T., Gstaiger, M., Weinzierl, K., Lorz, K., Winkler, M. & Schaffner, W. (2002) J. Virol. 76, 4836-4847.
37. Spaderna, S., Blessing, H., Bogner, E., Britt, W. & Mach, M. (2002) J. Virol. 76, 1450-1460.
38. Benedict, C. A., Butrovich, K. D., Lurain, N. S., Corbeil, J., Rooney, I., Schneider, P., Tschopp, J. & Ware, C. F. (1999) J. Immunol. 162, 6967-6970.
39. Mocarski, E. S. (1996) in Fields Virology, eds. Fields, B. N., Knipe, D. M. & Howley, P. M. (Lippincott-Raven, Philadelphia), Vol. 2, pp. 2447-2492.
40. Ikehara, K, & Okazawa, E. (1993) Nucleic Acid Res. 21, 2193-2199.
41. Silke, J. (1997) Gene 194, 143-155.
42. Masse, M. J., Karlin, S., Schachtel, G. A. & Mocarski, E. S. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 5246-5250.
43. McDonough, S. H., Staprans, S. I. & Spector, D. H. (1985) J. Virol. 53, 711-718.
44. Hutchinson, N. I., Sondermeyer, R. T. & Tocci, M. J. (1986) Virology 155, 160-171.