[16] Protein Structures at Atomic Resolution

Methods in Enzymology

Volumn 368, Issue , 2003, Pages 288-337

  Dauter, Zbigniew ^a  

^a National Cancer Institute   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER PROGRAM; CRYOPRESERVATION; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLIZATION; MACROMOLECULE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN STRUCTURE; REVIEW; STEREOCHEMISTRY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

EID: 0344665692     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)68016-X     Document Type: Article

References (91)

1. Z. Dauter, V. S. Lamzin, and K. S. Wilson, Curr. Opin. Struct. Biol. 3, 784 (1995).
2. Z. Dauter, V. S. Lamzin, and K. S. Wilson, Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 681 (1997).
3. S. Longhi, M. Czjzek, and C. Cambillau, Curr. Opin. Struct. Biol. 8, 730 (1998).
4. G. M. Sheldrick, Acta Crystallogr. A 46, 467 (1990).
5. Z. Dauter, Methods Enzymol. 276, 326 (1997).
6. Z. Dauter, Acta Crystallogr. D 55, 1703 (1999).
7. Z. Dauter and K. S. Wilson, in "International Tables of Crystallography," Vol. F, p. 177. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, 2001.
8. G. M. Sheldrick and T. R. Schneider, Methods Enzymol. 277, 319 (1997).
9. G. N. Murshudov, A. A. Vagin, A. Lebedev, K. S. Wilson, and E. J. Dodson, Acta Crystallogr. D 55, 792 (1999).
10. A. T. Brünger, Nature 355, 472 (1992).
11. E. J. Dodson, G. J. Kleywegt, and K. S. Wilson, Acta Crystallogr. D 52, 228 (1996).
12. Z. Dauter, G. N. Murshudov, and K. S. Wilson, in "International Tables of Crystallography," Vol. F, p. 393. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, 2001.
13. P. V. Luzzati, Acta Crystallogr. 5, 802 (1952).
14. R. Read, Acta Crystallogr. A 42, 140 (1986).
15. D. W. J. Cruickshank, Acta Crystallogr. D 55, 583 (1999).
16. D. M. Blow, Acta Crystallogr. D 58, 792 (2002).
17. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, and P. E. Bourne, Nucleic Acids Res. 28, 235 (2000).
18. D. Ghosh, M. Sawicki, P. Lala, M. Erman, W. Pangborn, J. Eyzaguirre, R. Gutierrez, H. Jornvall, and D. J. Thiel, J. Biol. Chem. 276, 11159 (2001).
19. Z. Dauter, K. S. Wilson, L. C. Sieker, J. Meyer, and J. M. Moulis, Biochemistry 36, 16065 (1997).
20. J. Lubkowski, Z. Dauter, F. Yang, J. Alexandratos, G. Merkel, A. M. Skalka, and A. Wlodawer, Biochemistry 38, 13512 (1999).
21. J. Sevcik, Z. Dauter, V. Lamzin, and K. S. Wilson, Acta Crystallogr. D 52, 327 (1996).
22. J. Sevcik, E. J. Dodson, and G. G. Dodson, Acta Crystallogr. B 47, 240 (1991).
23. K. D. Watenpaugh, T. N. Margulis, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 122, 175 (1978). K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 131, 509 (1979). K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 138, 615 (1980).
24. K. D. Watenpaugh, T. N. Margulis, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 122, 175 (1978). K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 131, 509 (1979). K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 138, 615 (1980).
25. K. D. Watenpaugh, T. N. Margulis, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 122, 175 (1978). K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 131, 509 (1979). K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 138, 615 (1980).
26. P. Kuhn, M. Knapp, M. Soltis, G. Ganshaw, M. Thoene, and R. Bott, Biochemistry 37, 13446 (1998).
27. A. Deacon, T. Gleichmann, A. J. Kalb, H. Price, J. Raftery, G. Bradbrook, J. Yariv, and J. R. Helliwell, J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1997, 4305 (1997).
28. Z. S. Derewenda, L. Lee, and U. Derewenda, J. Mol. Biol. 252, 248 (1995).
29. G. F. Fabiola, S. Krishnaswamy, V. Nagarajan, and V. Pattabhi, Acta Crystallogr. D 53, 316 (1997).
30. T. Sandalova, G. Schneider, H. Kack, and Y. Lindqvist, Acta Crystallogr. D 55, 610 (1999).
31. L. Esposito, L. Vitagliano, F. Sica, G. Sorrentino, A. Zagari, and L. Mazzarella, J. Mol. Biol. 297, 713 (2000). L. Esposito, G. Vitagliano, A. Zagari, and L. Mazzarella, Protein Eng. 13, 825 (2000).
32. L. Esposito, L. Vitagliano, F. Sica, G. Sorrentino, A. Zagari, and L. Mazzarella, J. Mol. Biol. 297, 713 (2000). L. Esposito, G. Vitagliano, A. Zagari, and L. Mazzarella, Protein Eng. 13, 825 (2000).
33. I. S. Ridder, H. J. Rozeboom, and B. W. Dijkstra, Acta Crystallogr. D 55, 1273 (1999).
34. A. Addlagatta, S. Krzywda, H. Czapinska, J. Otlewski, and M. Jaskólski, Acta Crystallogr. D 57, 649 (2001).
35. J. Lubkowski, Z. Dauter, F. Yang, J. Alexandratos, G. Merkel, A. M. Skalka, and A. Wlodawer, Biochemistry 38, 13512 (1999).
36. C. Betzel, S. Gourinath, P. Kumar, P. Kaur, M. Perbandt, S. Eschenburg, and T. P. Singh, Biochemistry 40, 3080 (2001).
37. G. R. Desiraju and T. Steiner, "The Weak Hydrogen Bond." Oxford University Press, Oxford, 1999.
38. A. Wlodawer, J. Walter, R. Huber, and L. Sjölin, J. Mol. Biol. 180, 301 (1984).
39. K. Gruber, M. Gugganig, U. G. Wagner, and C. Kratky, Biol. Chem. 380, 993 (1999).
40. M. Würtele, M. Hahn, K. Hilpert, and W. Höhne, Acta Crystallogr. D 56, 520 (2000).
41. A. Varrot, M. Schülein, M. Pipelier, A. Vasella, and G. J. Davies, J. Am. Chem. Soc. 121, 2621 (1999).
42. A. Wlodawer, M. Li, A. Gustchina, Z. Dauter, K. Uchida, H. Oyama, N. E. Goldfarb, B. M. Dunn, and K. Oda, Biochemistry 40, 15602 (2001).
43. R. Berisio, V. S. Lamzin, F. Sica, K. S. Wilson, A. Zagari, and L. Mazzarella, J. Mol. Biol. 292, 845 (1999). R. Berisio, F. Sica, V. S. Lamzin, K. S. Wilson, A. Zagari, and L. Mazzarella, Acta Crystallogr. D 58, 441 (2002).
44. R. Berisio, V. S. Lamzin, F. Sica, K. S. Wilson, A. Zagari, and L. Mazzarella, J. Mol. Biol. 292, 845 (1999). R. Berisio, F. Sica, V. S. Lamzin, K. S. Wilson, A. Zagari, and L. Mazzarella, Acta Crystallogr. D 58, 441 (2002).
45. R. Engh and R. Huber, Acta Crystallogr. A 47, 392 (1991).
46. F. H. Alen and V. J. Hoy, "International Tables of Crystallography," Vol. F, p. 663. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, 2001.
47. Z. Dauter, L. C. Sieker, and K. S. Wilson, Acta Crystallogr. B 48, 42 (1992).
48. S. Longhi, M. Czjzek, V. Lamzin, A. Nicolas, and C. Cambillau, J. Mol. Biol. 268, 779 (1997).
49. V. S. Lamzin, Z. Dauter, and K. S. Wilson, J. Appl. Crystallogr. 28, 338 (1995).
50. K. S. Wilson, S. Butterworth, Z. Dauter, V. S. Lamzin, M. Walsh, S. Wodak, S. Pontius, J. Richelle, A. Vaguine, C. Sander, R. W. W. Hooft, G. Vriend, J. M. Thornton, R. A. Laskowski, M. W. MacArthur, E. J. Dodson, G. Murshudov, T. J. Oldfield, T. Kaptein, and J. A. C. Rullman, J. Mol. Biol. 276, 417 (1998).
51. G. J. Kleywegt, Acta Crystallogr. D 56, 249 (2000).
52. G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan, and V. Sasisekharan, J. Mol. Biol. 7, 95 (1963).
53. P. Coppens, "X-Ray Charge Densities and Chemical Bonding." Oxford University Press, Oxford, 1997.
54. V. S. Lamzin, R. J. Morris, Z. Dauter, K. S. Wilson, and M. M. Teeter, J. Biol. Chem. 274, 20753 (1999).
55. C. Jelsch, M. M. Teeter, V. Lamzin, V. Pichon-Lesme, B. Blessing, and C. Lecomte, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 3171 (2000).
56. K. Fukuyama, T. Okada, Y. Kakuta, and Y. Takahashi, J. Mol. Biol. 315, 1155 (2002).
57. Z. Dauter, K. S. Wilson, L. C. Sieker, J. M. Moulis, and J. Meyer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 8836 (1996).
58. K. E. McAuley, Y. Jia-Xing, E. J. Dodson, J. Lehmbeck, P. R. Oestergaard, and K. S. Wilson, Acta Crystallogr. D 57, 1573 (2001).
59. R. Meijers, R. J. Morris, H. W. Adolph, A. Merli, V. S. Lamzin, and E. S. Cedergren-Zeppezauer, J. Biol. Chem. 276, 9316 (2001).
60. G. S. Kachalova, A. N. Popov, and H. D. Bartunik, Science 284, 473 (1999).
61. J. Vojtechovsky, K. Chu, J. Berendzen, R. M. Sweet, and I. Schlichting, Biophys. J. 77, 2153 (1999).
62. A. Pesce, S. Dewilde, L. Kiger, M. Milani, P. Ascenzi, M. C. Marden, M. L. Van Hauwaert, J. Vanfleteren, L. Moens, and M. Bolognesi, J. Mol. Biol. 309, 1153 (2001).
63. S. A. Roberts, A. Weichsel, Y. Qiu, J. A. Shelnutt, F. A. Walker, and W. R. Montfort, Biochemistry 40, 11327 (2001).
64. C. Frazão, C. M. Soares, M. A. Carrondo, E. Pohl, Z. Dauter, K. S. Wilson, M. Hervás, J. A. Navarro, M. A. De la Rosa, and G. M. Sheldrick, Structure 3, 1159 (1995).
65. S. Benini, A. Gonzalez, W. R. Rypniewski, K. S. Wilson, J. J. van Beeumen, and S. Ciurli, Biochemistry 39, 13115 (2000).
66. W. Grabarse, F. Mahlert, E. C. Duin, M. Goubeaud, S. Shima, R. K. Thauer, V. Lamzin, and U. Ermler, J. Mol. Biol. 309, 315 (2001).
67. D. E. Tronrud, Methods Enzymol. 277, 306 (1997).
68. M. M. Teeter, S. M. Roe, and N. H. Heo, J. Mol. Biol. 230, 292 (1993).
69. A. Yamano, N. H. Heo, and M. M. Teeter, J. Biol. Chem. 272, 9597 (1997).
70. M. M. Teeter, A. Yamano, B. Stec, and U. Mohanty, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 11242 (2001).
71. D. H. Anderson, M. S. Weiss, and D. Eisenberg, Acta Crystallogr. D 52, 469 (1996). D. H. Anderson, M. S. Weiss, and D. Eisenberg, J. Mol. Biol. 273, 479 (1996).
72. D. H. Anderson, M. S. Weiss, and D. Eisenberg, Acta Crystallogr. D 52, 469 (1996). D. H. Anderson, M. S. Weiss, and D. Eisenberg, J. Mol. Biol. 273, 479 (1996).
73. A. Gonzalez, E. Cedergren, G. Larsson, and R. Persson, Acta Crystallogr. D 57, 767 (2001).
74. S. Freitag, I. Le Trong, L. A. Klumb, P. S. Stayton, and R. E. Stenkamp, Acta Crystallogr. D 55, 1118 (1999).
75. B. Zhao, M. Carson, S. E. Ealick, and C. E. Bugg, J. Mol. Biol. 227, 239 (1992).
76. W. R. Patterson, D. H. Anderson, W. F. Degrado, D. Cascio, and D. Eisenberg, Protein Sci. 8, 1410 (1999).
77. D. Schwarzenbach, S. C. Abrahams, H. D. Flack, E. Prince, and A. J. C. Wilson, Acta Crystallogr. A 51, 565 (1995).
78. E. A. Meritt, Acta Crystallogr. D 55, 1109 (1999).
79. K. Harata, Y. Abe, and M. Muraki, Proteins 30, 232 (1998).
80. K. Harata, Y. Abe, and M. Muraki, J. Mol. Biol. 287, 347 (1999).
81. T. R. Schneider, in "Macromolecular Refinement," Proceedings of the CCP4 Study Weekend (E. Dodson, M. Moore, A. Ralph, and S. Bailey, eds.), p. 133. CLRC Daresbury Laboratory, 1996.
82. M. Vlassi, Z. Dauter, K. S. Wilson, and M. Kokkinidis, Acta Crystallogr. D 54, 1245 (1998).
83. M. A. Wilson and A. T. Brünger, J. Mol. Biol. 301, 1237 (2000).
84. I. Uson and G. M. Sheldrick, Curr. Opin. Struct. Biol. 9, 643 (1999).
85. R. Miller, S. M. Gallo, H. G. Khalak, and C. M. Weeks, J. Appl. Crystallogr. B 27, 613 (1994).
86. T. R. Schneider and G. M. Sheldrick, Acta Crystallogr. D 58, 1772 (2002).
87. R. Miller, G. T. DeTitta, R. Jones, D. A. Langs, C. M. Weeks, and H. A. Hauptman, Science 259, 1430 (1993).
88. A. Perrakis, R. J. Morris, and V. S. Lamzin, Nat. Struct. Biol. 6, 458 (1999).
89. J. Foadi, M. M. Woolfson, E. J. Dosdon, K. S. Wilson, Y. Jia-Xing, and Z. Chao-de, Acta Crystallogr. D 56, 1137 (2000).
90. G. M. Sheldrick, Z. Dauter, K. S. Wilson, H. Hope, and L. C. Sieker, Acta Crystallogr. D 49, 18 (1993).
91. T. Sato, H. Ozaki, Y. Hata, Y. Kitagawa, Y. Katsube, and Y. Shimonishi, Biochemistry 33, 8641 (1994).