Controlling binding orientation in hairpin polyamide DNA complexes

Journal of the American Chemical Society

Volumn 122, Issue 22, 2000, Pages 5235-5243

  Hawkins, Cheryl A ^a,b   Peláez de Clairac, Rafael ^a,b   Dominey, Raymond N ^a,b   Baird, Eldon E ^a,b   White, Sarah ^a,b   Dervan, Peter B ^a,b   Wemmer, David E ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b California Institute of Technology ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; POLYAMIDE;

ACETYLATION; ARTICLE; COMPLEX FORMATION; DNA SEQUENCE; LIGAND BINDING; MOLECULAR INTERACTION;

EID: 0343527980     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0001198     Document Type: Article

References (37)

1. (a) Pelton, J. G.; Wemmer, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5723-5727.
2. (b) Pelton, J. G.; Wemmer, D. E. J. A. Chem. Soc. 1990, 112, 1393-1399.
3. (c) Fagan, P. A.; Wemmer, D. E. J. A. Chem. Soc. 1992, 114, 1080-1081.
4. (a) Dwyer, T. J.; Geierstanger, B. H.; Bathini, Y.; Lown, J. W.; Wemmer, D. E. J. A. Chem. Soc. 1992, 114, 5911-5919.
5. (b) Wade, W. S.; Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1992, 114, 8783-8794.
6. (c) Mrksich, M.; Wade, W. S.; Dwyer, T. J.; Geierstanger, B. H.; Wemmer, D. E.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 7586-7590.
7. (d) Wade, W. S.; Mrksich, M.; Dervan, P. B. Biochemistry 1993, 32, 11385-11389.
8. (a) Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1993, 115, 2572-2576.
9. (b) Geierstanger, B. H.; Dwyer, T. J.; Bathini, Y.; Lown, J. W.; Wemmer, D. E. J. A. Chem. Soc. 1993, 115, 4474-4482.
10. (c) Geierstanger, B. H.; Jacobsen, J. P.; Mrksich, M.; Dervan, P. B.; Wemmer, D. E. Biochemistry 1994, 33, 3055-3062.
11. (a) Geierstanger, B. H.; Mrksich, M.; Dervan, P. B.; Wemmer, D. E. Science 1994, 266, 646-650.
12. (a) Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1995, 117, 3325-3332.
13. (c) Swalley, S. E.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1996, 118, 8198-8206.
14. (d) Swalley, S. E.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1997, 119, 6953-6961.
15. (e) Kielkopf, C. L.; Baird, E. E.; Dervan, P. B.; Rees, D. C. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 104-109.
16. (a) Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1993, 115, 9892-9899.
17. (b) Dwyer, T. J.; Geierstanger, B. H.; Mrksich, M.; Dervan, P. B.; Wemmer, D. E. J. A. Chem. Soc. 1993, 115, 9900-9906.
18. (c) Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1994, 116, 3663-3664.
19. (d) Chen, Y. H.; Lown, J. W. J. A. Chem. Soc. 1994, 116, 6995-7005.
20. (a) Mrksich, M.; Parks, M. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1994, 116, 7983-7988.
21. (b) Pilch D. S.; Poklar, N.; Gelfand, C. A.; Law, S. M.; Breslauer, K. J.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8306-8311.
22. (c) de Clairac, R. P. L.; Geierstanger, B. H.; Mrksich, M.; Dervan, P. B.; Wemmer, D. E. J. A. Chem. Soc. 1997, 119, 7909-7916.
23. (a) White, S.; Szewczyk, J. W.; Turner, J. M.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Nature 1998, 391, 468-471.
24. (b) Kielkopf, C. L.; White, S.; Szewczyk, J. W.; Turner, J. M.; Baird, E. E.; Dervan, P. B.; Rees, D. C. Science 1998, 282, 111-115.
25. (c) White, S.; Turner, J. M.; Szewczyk, J. W.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1999, 121, 260-261.
26. White, S.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Biochemistry 1996, 35, 12532-12537.
27. Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1996, 118, 6141-6146.
28. Swalley, S. E.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1999, 121, 1113-1120.
29. Kelly, J. J.; Baird, E. E.; Mrksich, M.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1996, 93, 6981-6985.
30. Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1996, 118, 6160-6166.
31. (a) Gottesfeld, J. M.; Neely, L.; Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Nature 1997, 387, 202-205.
32. (b) Dickinson, L. A.; Gulizia, R. J.; Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Mosier, D. E.; Gottesfeld, J. M.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12890-12895.
33. Fagan, P. A. Ph.D. Thesis, University of California Berkeley, 1996.
34. Wemmer, D. E.; Geierstanger, B. H.; Fagan, P. A.; Dwyer, T. J.; Jacobsen, J. P.; Pelton, J. G.; Ball, G. E.; Leheny, A. R.; Chang, W. H.; Bathini, Y.; Lown, J. W.; Renzeperis, D.; Marky, L. A.; Singh, S.; Kollman, P. Structural Biology: The State of the Art; Adenine Press: New York, NY, 1993; pp 301-323.
35. Parks, M. E.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1996, 118, 6147-6152.
36. Wade, W. S. Ph.D. Thesis, California Institute of Technology, 1989.
37. White, S.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. A. Chem. Soc. 1997, 119, 8756-8765.