The mechanism of adenosine deaminase catalysis studied by QM/MM calculations: The role of histidine 238 and the activity of the alanine 238 mutant

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 5, Issue 19, 2003, Pages 4272-4278

  Paul Gleeson, M ^a   Burton, Neil A ^a   Hillier, Ian H ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENOSINE DEAMINASE; ALANINE; HISTIDINE;

ARTICLE; CATALYSIS; CHEMICAL REACTION; ENERGY TRANSFER; MATHEMATICAL COMPUTING; MOLECULAR DYNAMICS; PROTON TRANSPORT; QUANTUM CHEMISTRY;

EID: 0142187618     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b307416a     Document Type: Article

References (31)

1. E. R. Giblett, J. E. Anderson, F. Cohen and H. J. Meuwissen, Lancet, 1972, 2, 1067.
2. M. J. Keating, Curr. Opin. Oncol., 1993, 5, 35.
3. M. J. Alder, R. Hershberg and A. Yu, Br. J. Haematol., 1991, 36, 208.
4. T. Haertle, C. J. Carrera, D. B. Wasson, L. C. Sowers, D. D. Richman and D. A. Carson, J. Biol. Chem., 1988, 263, 5870.
5. G. Bojack, C. G. Earnshaw, R. Klein, S. D. Lindell, C. Lowinski and R. Preuss, Org. Lett., 2001, 3, 839.
6. P. V. Pragnacharyulu, V. Varkhedkar, M. A. Curtis, I. F. Chang and E. Abushanab, J. Med Chem., 2000, 43, 4694.
7. R. P. Agarwal, T. Spector and R. E. Parks, Biochem. Pharmacol., 1977, 26, 359.
8. G. Cristalli, S. Costanzi, C. Lambertucci, G. Lupidi, S. Vittori, R. Volpini and E. Camaioni, Med Res. Rev., 2001, 21, 105.
9. D. K. Wilson, F. B. Rudolph and F. A. Quiocho, Science, 1991, 252, 1278.
10. Z. Wang and F. A. Quiocho, Biochemistry, 1998, 37, 8314.
11. V. Sideraki, K. A. Mohamedali, D. K. Wilson, Z. Chang, R. E. Kellems, F. A. Quiocho and F. B. Rudolph, Biochemistry, 1996, 35, 7862.
12. V. Sideraki, D. K. Wilson, L. C. Kurtz, F. A. Quiocho and F. B. Rudolph, Biochemistry, 1996, 35, 15019.
13. G. Dodson and A. Wlodawer, Trends Biochem. Sci., 1998, 23, 347.
14. P. Carter and J. A. Wells, Nature, 1988, 332, 564.
15. A. Warshel and M. Levitt, J. Mol. Biol., 1976, 103, 227.
16. M. J. Harrison, N. A. Burton and I. H. Hillier, J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 12285.
17. G. Tresadern, J. P. McNamara, M. Mohr, H. Wang, N. A. Burton and I. H. Hillier, Chem. Phys. Lett., 2002, 358, 489.
18. C. Alhambra, M. L. Sanchez, J. C. Corchado, J. Gao and D. G. Truhlar, Chem. Phys. Lett., 2002, 355, 388.
19. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 1983, 79, 926.
20. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179.
21. B. H. Besler, K. M. Merz and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 1990, 11, 431.
22. U. Ryde, Proteins, 1995, 21, 40.
23. D. M. York, A. Wlodawer, G. L. Pedersen and T. A. Darden, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 8715.
24. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, T. A. Keith, G. A. Petersson, J. A. Montgomery, K. Raghavachari, M. A. Al-Laham, V. G. Zahrzewski, J. V. Ortiz, J. B. Foresman, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, A. Nanayakkara, M. Challacombe, C. Y. Peng, P. Y. Chen, W. Ayala, M. W. Wong, J. L. Andres, E. S. Repogle, R. Gomberts, R. L. Martin, D. J. Fox, J. S. Binkley, D. J. Defrees, J. Baker, J. P. Stewart, M. Head-Gordon, C. Gonzales and J. A. Pople, Gaussian 94, Revision E.1, Gaussian Inc., Pittsburgh, 1995.
25. D. A. Pearlman, D. A. Case, J. W. Caldwell, W. S. Ross, T. E. Cheatham, D. M. Ferguson, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner and P. A. Kollman, AMBER 4.1, University of California, San Fransisco, 1995.
26. W. Kohn and L. J. Sham, Phys. Rev. A, 1965, 140, 1133.
27. W. J. Hehre, L. Radom, Paul v. R. Schleyer, J. A. Pople, Ab initio molecular orbital theory, John Wiley & Sons, New York, 1986.
28. R. V. Stanton, M. Peräkylä, D. Bakowies and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 3448.
29. M. Peräkylä and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 3436-3444.
30. M. Strajbl, J. Florian and A. Warshel, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 5354.
31. V. Daggett, S. Schroder and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1991, 113, 8926.