SmoG: A ligand design method based on knowledge-based parametrization of a solvent reorganization model

ACS Symposium Series

Volumn 719, Issue , 1999, Pages 70-86

  DeWitte, Robert S ^a   Shakhnovich, Eugene I ^a  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0039604713     PISSN: 00976156     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-1999-0719.ch005     Document Type: Article

References (19)

1. DeWitte, R. S.; Shakhnovich, E. I., J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11733-11744.
2. DeWitte, R. S.; Ishchenko, A. V.; Shakhnovich, E. I., J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4608-4617.
3. Goodford, P. J., J. Med. Chem. 1985, 28, 849-857.
4. Moon, J. B.; Howe, W. J., Proteins. 1991, 11, 314-328.
5. Bohm, H-J, J. Comp-Aided Mol. Design. 1992, 6, 593-606.
6. Lawrence, M. C.; Davis, P. C., Proteins. 1992, 12, 31-41.
7. Miranker, A.; Karplus, M., Proteins. 1991, 11, 29-41.
8. Dill, K. A. Biochemistry. 1990, 29, 7133-7155.
9. Turtle, J. V.; Kernitzky, T.A., J. Biol.Chem. 1984, 259, 4065-4069.
10. Ealick, S. E.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Montgomery, J. A.; Secrist, J. A., PNAS 1991, 88, 11540-11544
11. Montgomery, J. A.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Secrist, J.A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Ealick, S. E., J. Med. Chem. 1993, 36, 55-69
12. Secrist, J. A.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Ealick, S. E.; Montgomery, J. A., J. Med. Chem. 1993, 36, 1847-1854.
13. Erion, M. D.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Subramanian, A.; Allen, M.; Secrist, J. A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Guida, W. C.; Ealick, S. E.; Montgomery, J. A., J. Med. Chem. 1993, 36, 3771-3783.
14. Guida, W. C.; Elliot, R. D.; Thomas, H. J.; Secrist, J. A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Ealick, S. E.; Montgomery, J. A., J. Med. Chem. 1995, 37, 1108-1114.
15. Chen, J. K.; Lane, W. S.; Brauer, A. W.; Tanaka, A.; Schreiber, S. L., J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12591-12592.
16. Feng, S.; Chen, J. K.; Yu, H.; Simon, J. A.; Schreiber, S. L., Science 1994, 266, 1241-1247.
17. Combs, A. P.; Kapoor, T. M.; Feng, S.; Chen, J. K.; Daude-Snow, L. F.; Schreiber, S. L., J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 287-288.
18. Abdel-Meguid, S. S.; Metcalf, B. W.;Carr, T. J.; Demarsh, P; DesJarlais, R. L.; Fisher, S.; Green, D. W.; Ivanoff, L.; Lambert, L.; Murthy, K. H. M.; Petteway, S. R., Jr.; Pitts, E. J.; Tomaszek, T. A., Jr.; Wonborne, E.; Zhao, B; Dreyer, G. B.; Meek, T. D., Biochemistry 1994, 33, 11671-11677.
19. Thompson, S. K.; Murthy, K. H. M.; Zhaong, B.; Wonborne, E.; Green, D. W.; Fisher, S. M.; DesJarlais, R. L.; Tomaszek, T. A., Jr.; Meek, T. D.; Gleason, J. G.; Abdel-Meguid, S. S., J. Med. Chem. 1994, 37, 3100-3107.