SMoG: De novo design method based on simple, fast, and accurate free energy estimates. 1. Methodology and supporting evidence

Journal of the American Chemical Society

Volumn 118, Issue 47, 1996, Pages 11733-11744

  DeWitte, Robert S ^a   Shakhnovich, Eugene I ^a,b  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

^b HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIVIRUS AGENT; ENZYME INHIBITOR; PROTEINASE; PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE;

ALGORITHM; ARTICLE; COMPUTER SIMULATION; DRUG DESIGN; DRUG STRUCTURE; DRUG SYNTHESIS; ENZYME BINDING; PROTEIN DOMAIN; QUANTUM CHEMISTRY;

EID: 0000934205     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja960751u     Document Type: Article

References (29)

1. Wallqvist, A.; Jernigan, R. L.; Covell, D. G. Protein Science 1995, 4, 1881-1903.
2. Finkelstein, A. V.; Gutin, A. M.; Badretinov, A. Y. FEBS 1993, 325, 23-28.
3. Miyazawa, S.; Jerniga, R. L. Macromolecules 1985, 18, 534-552.
4. Tuttle, J. V.; Kernitzky, T. A. J. Biol. Chem. 1984, 259, 4065-4069.
5. Ealick, S. E.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Montgomery, J. A.; Secrist, J. A. PNAS 1991, 88, 11540-11544.
6. Montgomery, J. A.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Secrist, J. A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Ealick, S. E. J. Med. Chem. 1993, 36, 55-69.
7. Secrist, J.A.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Ealick, S. E.; Montgomery, J. A. J. Med. Chem. 1993, 36, 1847-1854.
8. Erion, M. D.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Subramanian, A.; Allen, M.; Secrist, J. A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Guida, W. C.; Ealick, S. E.; Montgomery, J. A. J. Med. Chem 1993, 36, 3771-3783.
9. Guida, W. C.; Elliott, R. D.; Thomas, H. J.; Secrist, J. A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Ealick, S. E.; Montgomery, J. A. J. Med. Chem. 1994, 37, 1109-1114.
10. Chen, J. K.; Lane, W. S.; Brauer, A. W.; Tanaka, A.; Schreiber, S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12591-12592.
11. Feng, S.; Chen, J. K.; Yu, H.; Simon, J. A.; Schreiber, S. L. Science 1994, 266, 1241-1247.
12. Combs, A. P.; Kapoor, T. M.; Feng, S.; Chen, J. K.; Daude-Snow, L. F.; Schreiber, S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 287-288.
13. Abdel-Meguid, S. S.; Metcalf, B. W.; Carr, T. J.; Demarsh, P.; DesJarlais, R. L.; Fisher, S.; Green, D. W.; Ivanoff, L.; Lambert, L.; Murthy, K. H. M.; Petteway, S. R., Jr.; Pitts, W. J.; Tomaszek, T. A., Jr.; Winborne, E.; Zhao, B.; Dreyer, G. B.; Meek, T. D. Biochemistry 1994, 33, 11671-11677.
14. Thompson, S. K.; Murthy, K. H. M.; Zhaong, B.; Winborne, E.; Green, D. W.; Fisher, S. M.; DesJarlais, R. L.; Tomaszek, T. A., Jr.; Meek, T. D.; Gleason, J. G.; Abdel-Meguid, S. S. J. Med. Chem. 1994, 37, 3100-3107.
15. Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Ferrin, T. E. J. Mol. Biol. 1982, 161, 269-288.
16. Desjarlais, R. L.; Sheridan, R. P.; Dixon, J. S.; Kuntz, I. D.; Venkataraghavan, R. J. Med. Chem. 1986, 29, 2149-2153.
17. Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 327-346.
18. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379-400.
19. Connolly, M. L. J. Appl Cryst. 1983a, 16, 548-558.
20. Connolly, M. L. Science 1983b, 221, 709-713.
21. Goodford, P. J. J. Med. Chem. 1985, 28, 849-857.
22. Moon, J. B. and Howe, W. J. Proteins 1991, 11, 314-328.
23. Bötim, H.-J. J. Comput-Aided Mol Design 1992a, 6, 61-78.
24. Böhm, H.-J. J. Comput-Aided Mol. Design 1992b, 6, 593-606.
25. Lawrence, M. C.; Davis, P. C. Proteins 1992, 12, 31-41.
26. Miranker, A.; Karplus, M. Proteins 1991, 11, 29.
27. Caflisch, A.; Miranker, A.; Karplus, M. J. Med. Chem. 1993, 36, 2142-2167.
28. Eisen, M. B.; Wiley, D. C.; Karplus, M.; Hubbard, R. Proteins 1994, 19, 199-221.
29. Mìranker, A.; Karplus, M. Proteins 1995, 23, 472-490.