Catalytic reaction mechanism of lipoxygenase. A density functional theory study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 19, 2003, Pages 4639-4646

  Borowski, Tomasz ^a   Broclawik, Ewa ^b  

^a JAGIELLONIAN UNIVERSITY   (Poland)

^b INSTITUTE OF CATALYSIS AND SURFACE CHEMISTRY   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ENERGY; AMMONIA; CATALYSIS; IONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTEINS; REACTION KINETICS; SUBSTRATES;

CATALYTIC REACTION MECHANISM; HYBRID DENSITY FUNCTIONAL THEORY; LIPOXYGENASE; UNSATURATED FATTY ACIDS PEROXIDATION;

FATTY ACIDS;

EID: 0038728276     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp027616q     Document Type: Article

References (41)

1. Brash, A. R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 23679.
2. Boyington, J. C.; Gaffney, B. J.; Amzel, L. M. Science 1993, 260, 1482.
3. Minor, W.; Steczko, J.; Stec, B.; Otwinowski, Z.; Bolin, J. T.; Walter, R.; Axelrod, B. Biochemistry 1996, 35, 10687.
4. Tomchick, D. R.; Phan, P.; Cymborowski, M.; Minor, W.; Holman, T. R. Biochemistry 2001, 40, 7509.
5. Pavlosky, M. A.; Zhang, Y., Westre, T. E.; Gan, Q.-F.; Pavel, G.; Campochiaro, C.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4316.
6. Scarrow, R. C.; Trimitsis, M. G.; Buck, C. P.; Grove, G. N.; Cowling, R. A.; Nelson, M. J. Biochemistry 1994, 33, 15023.
7. Nelson, M. J.; Seitz, S. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 878.
8. Schilstra, M. J.; Veldink, G. A.; Vliegenthart, J. F. G. Biochemistry 1994, 33, 3974.
9. Glickman, M. H.; Klinman, J. P. Biochemistry 1995, 34, 14077.
10. De Groot, J. J. M. C.; Garssen, G. J.; Vliegenthart, J. F. G.; Bolding, J. Biochim. Biophys. Acta 1973, 326, 279.
11. Nelson, M. J.; Seitz, S. P.; Cowling, R. A. Biochemistry 1990, 29, 6827.
12. Glickman, M. H.; Cliff, S.; Thiemens, M.; Klinman, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11357.
13. Knapp, M. J.; Seebeck, F. P.; Klinmann, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2931.
14. Glickman, M. H.; Klinman, J. P. Biochemistry 1996, 35, 12882.
15. Corey, E. J.; Nagata,. R. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 8107.
16. Nelson, M. J.; Chase, D. B.; Seitz, S. P. Biochemistry 1995, 34, 6159.
17. Skrzypczak-Jankun, E.; Bross, R. A.; Carroll, R. T.; Dunham, W. R.; Funk, Jr. M. O. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10814.
18. Petersson, L.; Slappendel, S.; Vliegenthart, J. F. G. Biochim. Biophys. Acta 1985, 828, 81.
19. Nelson, M. J.; Cowling, R. A.; Seitz, S. P. Biochemistry 1994, 33, 4966.
20. Glickman, M. H.; Klinman, J. P. Biochemistry 1994, 34, 14077.
21. Jonsson, T.; Glickman, M. H.; Sun, S.; Klinman, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10319.
22. Hwang, C.-C.; Grissom, C. B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 795.
23. Rickert, K. W.; Klinman, J. P. Biochemistry 1999, 38, 12218.
24. Moiseyev, N.; Rucker, J.; Glickman, M. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3853.
25. Knapp, M. J.; Rickert, K.; Klinman, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3865.
26. Pavlosky, M. A.; Solomon, E. I. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11610.
27. Borowski, T.; Król, M.; Chruszcz, M.; Broclawik, E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12212.
28. Scarrow, R. C.; Trimitsis, M. G.; Buck, C. P.; Grove, G. N.; Cowling, R. A.; Nelson, M. J. Biochemistry 1994, 33, 15023.
29. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9375.
30. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem. Rev. 2000, 100, 421.
31. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
32. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270.
33. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299.
34. Dunning, T. H.; Hay, P. J., Jr. In Modern Theoretical Chemistry; H. F. Schafer, H. F., III, Ed.; Plenum: New York, 1976.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.;Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.9; revision A.9; Gaussian. Inc.: Pittsburgh, PA.
36. Cerius2 Modeling Environment, release 4.5; Molecular Simulations, Inc.: San Diego, CA, 2000.
37. Jonas, R. T.; Stack, T. D. P. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8566.
38. Goldsmith, C. R.; Jonas, R. T.; Stack, T. D. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 83.
39. Wada, A.; Ogo, S.; Watanabe, Y.; Mukai, M.; Kitagawa, T.; Kitsukawa, K.; Masuda, H.; Einaga, H. Inorg. Chem. 1999, 38, 3592.
40. Clapp, C. H.; Senchak, S. E.; Stover, T. J.; Potter, T. C.; Findeis, P. M.; Novak, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 747.
41. Lehnert, N.; Solomon, E. I. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 294.