Peptide Models XXIII. Conformational Model for Polar Side-Chain Containing Amino Acid Residues: A Comprehensive Analysis of RHF, DFT, and MP2 Properties of HCO-L-SER-NH2

Journal of Computational Chemistry

Volumn 21, Issue 8, 2000, Pages 626-655

  Jákli, Imre ^a   Perczel, András ^a   Farkas, Ödön ^a   Császár, Attila G ^a   Sosa, Carlos ^b   Csizmadia, Imre G ^a,c  

^a EÖTVÖS LORÁND UNIVERSITY   (Hungary)

^b HEWLETT PACKARD ENTERPRISE   (United States)

^c UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0037617431     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(200006)21:8<626::AID-JCC4>3.0.CO;2-P     Document Type: Article

References (75)

1. Császár, A. G.; Perezel, A. Prog Biophys Mol Biol 1999, 71, 243.
2. (a) Howard, J. C.; Ali, A.; Scheraga, H. A.; Momany, F. A. Macromolecules 1975, 8, 607;
3. (b) Némethy, G.; Miller, M. H.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1980, 13, 914.
4. Paine, G. H.; Scheraga, H. A. Bipolymers 1986, 25, 1547.
5. Bruccoleri, R. E.; Karplus, M. Biopolymers 1987, 26, 137.
6. Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1988, 27, 1283.
7. Schulz, G. E. Annu Rev Biophys Chem 1988, 17, 1.
8. Wolfe, S.; Bruder, S.; Weaver, D. F.; Yang, K. Can J Chem 1988, 66, 2703.
9. (a) Lambert, M. H.; Scheraga, H. A. J Comp Chem 1989, 10, 798;
10. (b) Lambert, M. H.; Scheraga, H. A. J Comp Chem 1989, 10, 770;
11. (c) Lambert, M. H.; Scheraga, H. A. J Comp Chem 1989, 10, 817.
12. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F.; Brice, M. D., Jr.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535.
13. Abola, E. E.; Bernstain, F. G.; Bryant, S. H.; Koetzle, L. F.; Weng, J. In Data Commission of the International Union of Crystallography; Allen, F. H.; Bergerhoff, G.; Sievers, R., Eds.; Cambridge: Bonn, 1987, p. 107.
14. Mirskz, A. E.; Pauling, L. Proc Natl Acad Sci USA 1936, 22, 439.
15. Liquori, A. M. Q Rev Biophys 1969, 2, 65.
16. Lattman, E. E.; Rose, G. D. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 439.
17. Aubry, A.; Marraud, M.; Protas, J.; Neel, J. C R Acad Sci Paris 1974, 287C, 163.
18. Aubry, A.; Ghermani, N.; Marraud, M. Int J Pept Protein Res 1984, 23, 113.
19. Raj, P. A.; Soni, S. D.; Ramasubbu, N.; Bhandary, K. K.; Levine, M. J. Biopolymers 1990, 30, 73.
20. Stroup, A. N.; Cole, L. B.; Dhingra, M. M.; Gierach, L. M. Int J Pept Protein Res 1990, 36, 531.
21. Gething, M.-J.; Sambrook, J. Nature 1992, 335, 33.
22. Perczel, A.; Foxman, B. M.; Fasman, G. D. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 8210.
23. The HyperMM+ force field is derived from the public domain code developed by: Allinger, N. L. J Am Chem Soc 1977, 99, 8127.
24. Wiener, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profetajr, S.; Wiener, P. J Am Chem Soc 1984, 106, 765.
25. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187.
26. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rivers, J. J Am Chem Soc 1988, 10, 1657.
27. Pranate, J.; Wierschke, S.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 1991, 113, 2810.
28. Bingham, R. C.; Dewar, M. J. S.; Lo, D. H. J Am Chem Soc 1975, 97, 1302.
29. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J Am Chem Soc 1977, 99, 4899.
30. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Steward, J. J. P. J Am Chem Soc 1986, 107, 3902.
31. Stewart, J. J. P. J Comp Chem 1989, 10, 221.
32. Rodriguez, A. M.; Baldoni, H. A.; Suvire, F.; Nieto-Vasquez, R. G.; Zamarbide, R. D.; Farkas, Ö.; Perczel, A.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem), to appear.
33. McAllister, M. A.; Perczel, A.; Császár, P.; Viviani, W.; Rivail, J. L.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem) 1989, 290, 161.
34. Perczel, A.; Ángyán, J. G.; Kajtár, M.; Vivini, W.; Rivail, J. L.; Marcoccia, J. F.; Csizmadia, I. G. J Am Chem Soc 1991, 113, 6256.
35. Scarsdale, J. N.; Van Alsenoy, C.; Klimkowski, V. J.; Schäfer, L.; Monany, F. A. J Am Chem Soc 1983, 105, 3438.
36. Schäfer, L.; Klimkowski, V. J.; Momany, F. A.; Chuman, H.; van Alsenoy, C. Biopolymers 1984, 23, 2335.
37. Wiener, S. J.; Singh, U. C.; O'Donnel, T. J.; Kollman, P. J Am Chem Soc 1984, 106, 6243.
38. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L., III; Pople, J. A. Int J Quantum Chem Biol 1989, 16, 311.
39. Böhn, H. J.; Brode, S. J Am Chem Soc 1991, 113, 7129.
40. Head-Gordon T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L., III; Pople, J. A. J Am Chem Soc 1991, 113, 5989.
41. Viviani, W.; Rivial, J. L.; Perczel, A.; Csizmadia, I. G. J Am Chem Soc 1993, 115, 8321.
42. Farkas, Ö.; Perczel, A.; Marcoccia, J. F.; Hollósi, M.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem) 1995, 331, 27.
43. Perczel, A.; Farkas, Ö.; Csizmadia, I. G. J Comput Chem 1996, 17, 821.
44. Perczel, A.; Farkas, Ö.; Csizmadia, I. G. J Am Chem Soc 1996, 118, 7809.
45. Perczel, A.; Farkas, Ö.; Marcoccia, J. F.; Csizmadia, I. G. Int J Quantum Chem 1997, 61, 797.
46. Farkas, Ö.; McAllister, M. A.; Ma, J. H.; Perczel, A.; Hollósi, M.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem) 1996, 396, 105.
47. (a) Perczel, A.; Farkas, Ö.; Császár, A. G.; Csizmadia, I. G. Can J Chem 1997, 75, 1120;
48. (b) Jákli, I.; Perczel, A.; Farkas, Ö.; Hollósi, M.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem) 1988, 444, 303.
49. Endrédi, G.; Perczel, A.; Farkas, Ö.; McAllister, M. A.; Csonka, G. I.; Ladik, J.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem) 1997, 391, 15.
50. Frey, R. F.; Coffin, J.; Newton, S. Q.; Ramek, M.; Cheng, V. K. W.; Momany, F. A.; Schäfer, L. J Am Chem Soc 1992, 114, 5369.
51. Perakyla, M.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1997, 199, 1189.
52. Beveridge, A. J. Protein Sci 1996, 5, 1355.
53. Perakyla, M.; Rouvinen, J. Chem Eur J 1996, 2, 1548.
54. Siam, K.; Klimkowski, V. J.; van Alsenoy, C.; Ewbank, J. D.; Schäfer, L. J Mol Struct (Theochem) 1987, 152, 261.
55. Perczel, A.; Daudel, R.; Ángyá, J. G.; Csizmadia, I. G. Can J Chem 1990, 68, 1882.
56. Aubry, A.; Ghermani, N.; Marraud, M. Int J Pept Proetin Res 1984, 23, 113.
57. Karle, I. L. J Am Chem Soc 1979, 181, 4.
58. Jákli, I.; Perczel, A.; Farkas, Ö.; Hollósi, M.; Csizmadia, I. G. J Mol Struct (Theochem) (1998), to appear.
59. Jákli, I.; Perczel, A.; Farkas, Ö.; Csizmadia, I. G. J Comput Chem 1998, to appear.
60. Pulay, P.; Forgarasi, G.; Pang, F.; Boggs, J. E. J Am Chem Soc 1979, 101, 2550.
61. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J Chem Phys 1992, 100, 5829.
62. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Grodon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian94; Gassian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
63. Hobohm, U.; Scharf, M.; Schneider, R.; Sander, C. Protein Sci 1992, 1, 409.
64. Hobohm, U.; Sander, C. Protein Sci 1994, 3, 522.
65. Efimov, A. V. Prog Biophys Mol Biol 1993, 60, 201.
66. Zimmerman, S. S.; Pottle, M. A.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1977, 10, 1.
67. Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Prediction of Potein Structure and the Principles of Protein Cnformation; Fasman, G. D., Ed.; Plenum Press: New York, 1989, p. 1.
68. Rooman, M. J.; Kocher, J. P. A.; Widak, S. J. Biochemistry 1992, 31, 10226.
69. Thornton, J.; Jones, D. T.; MacArthur, M. W.; Orengo, C. M.; Swindells, M. B. Philos Trans R Soc Lond 1995, B348, 71.
70. Schäfer, L.; van Alsenoy, C.; Scarsdale, J. N. J Chem Phys 1982, 76, 1439.
71. Schäfer, L.; Cao, M. J Mol Struct (Theochem) 1995, 333, 201.
72. Karplus, P. A. Protein Sci 1996, 5, 1406.
73. Császár, A. G. J Am Chem Soc 1992, 114, 9569.
74. Császár A. G. J Mol Struct 1995, 346, 141.
75. Császár, A. G. J Phys Chem 1996, 100, 3541.