Ab initio geometry determinations of proteins. 1. Crambin

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 102, Issue 12, 1998, Pages 2246-2251

  Van Alsenoy, Christian ^a   Yu, Ching Hsing ^b   Peeters, Anik ^a   Martin, Jan M L ^c   Schäfer, Lothar ^b  

^a UNIVERSITY OF ANTWERP   (Belgium)

^b UNIVERSITY OF ARKANSAS   (United States)

^c WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001166146     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp980260r     Document Type: Article

References (77)

1. Schäfer, L.; Van Alsenoy, C.; Scarsdale, J. N. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1439.
2. Scarsdale, J. N.; Van Alsenoy, C.; Klimkowski, V. J.; Schäfer, L.; Momany, F. A. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 3438.
3. Pulay, P.; Fogarasi, G.; Pang, F.; Boggs, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1979b, 101, 2550.
4. Pulay, P. Mol. Phys. 1969, 17, 197.
5. Pulay, P. Theor. Chim. Acta (Berlin) 1979a, 50, 299.
6. Jiang, X.; Yu, C. H.; Cao, M.; Newton, S. Q.; Paulus, E. F.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. 1997, 403, 83.
7. Jiang, X.; Cao, M.; Newton, S. Q.; Schäfer, L.; Paulus, E. F. Electron. J. Theor. Chem. 1995b, 1, 11.
8. Schäfer, L.; Cao, M.; Meadows, M. J. Biopolymers 1995a, 35, 603.
9. Jiang, X.; Cao, M.; Teppen, B. J.; Newton, S. Q.; Schäfer, L. J. Phys. Chem. 1995a, 99, 10521.
10. Karplus, P. A. Protein Sci. 1996, 5, 1406.
11. Barone, V.; Fraternali, F.; Cristinziano, P. L. Mocromolecules 1990, 23, 2038.
12. Böhm, H. J.; Brode, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7129.
13. Cheam, T. C. J. Mol. Struct. 1993, 295, 259.
14. Cheam, T. C. J. Mol. Struct. 1992, 274, 289.
15. Cheam, T. C.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1990, 206, 173.
16. Cheam, T. C.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1989a, 193, 1.
17. Cheam, T. C.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1989b, 188, 15.
18. Cheam, T. C.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1986, 146, 175.
19. Cheam, T. C.; Krimm, S. J. Chem. Phys. 1985, 82, 1631.
20. Dive, G.; Dehareng, D.; Ghuysen, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2548.
21. Frey, R. F.; Coffin, J.; Newton, S. Q.; Ramek, M.; Chang, V. K. W.; Motnany, F. A.; Schäfer, L. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5369.
22. Gould, I. R.; Cornell, W. D.; Hillier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9250.
23. Gould, I. R.; Hillier, I. H. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1993, 951.
24. Gould, I. R. Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9255.
25. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5989.
26. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L.; Pople, J. A. Int. J. Quantum Chem., Quantum Biol. Symp. 1989, 16, 311.
27. Jiao, D.; Barfield, M.; Hruby, V. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10883.
28. Klimkowski, V. J.; Schäfer, L.; Momany, F. A.; Van Alsenoy, C. J. Mol. Struct. 1985, 124, 143.
29. McAllister, M. A.; Perczel, A.; Csaszar, P.; Viviani, W.; Rivail, J. L.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. 1993b, 288, 161.
30. Perczel, A.; Angyan, J. G.; Kajtar, M.; Viviani, W.; Rivail, J. L.; Marcoccia, J. F.; Csizmadia, I. G. J. Am. Chem. Soc. 1991a, 113, 6256.
31. Perczel, A.; Farkas, O.; Csizmadia, I. G. J. Comput. Chem. 1996, 17, 821.
32. Perczel, A.; Kajtar, M.; Marcoccia, J. F.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. 1991b, 232, 291.
33. Ramek, M.; Kelterer, A. M.; Teppen, B. J.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. 1995, 352/353, 59.
34. Sapse, A. M.; Daniels, S. B.; Erickson, B. W. Tetrahedron 1988, 44, 999.
35. Sapse, A. M.; Fugler, L. M.; Cowburn, D. Int. J. Quantum Chem. 1986, 29, 1241.
36. Sapse, A. M.; Mallah-Levy, L.; Daniels, S. B.; Erickson, B. W. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 3526.
37. Schäfer, L.; Klimkowski, V. J.; Momany, F. A.; Chuman, H.; Van Alsenoy, C. Biopolymers 1984, 23, 2335.
38. Siam, K.; Klimkowski, V. J.; Van Alsenoy, C.; Ewbank, J. D.: Schäfer, L. J. Mol. Struct. 1987, 152, 261.
39. Siam, K.; Kulp, S. Q.; Ewbank, J. D.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. 1989, 184, 143.
40. Viviani, W.; Rivail, J. L.; Csizmadia, I. G. Theor. Chim. Acta 1993a, 85, 189.
41. Viviani, W.; Riviail, J. L.; Perezel, A.; Csizmadia, I. G. J. Am. Chem. Soc. 1993b, 115, 8321.
42. Weiner, S. J.; Singh, U. C.; O'Donnell, T. J.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6243.
43. Böhm, H. J.; Brode, S. J. Comput. Chem. 1995, 16, 146.
44. Böhm, H. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 6152.
45. McAllister, M. A.; Perczel, A.; Csaszar, P.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. 1993a, 288, 181.
46. Perczel, A.; McAllister, M. A.; Csaszar, P.; Csizmadia, I. G. Can. J. Chem. 1994, 72, 2050.
47. Perczel, A.; McAllister, M. A.; Csaszar, P.; Csizmadia, I. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4849.
48. Schäfer, L.; Newton, S. Q.; Cao, M.; Peeters, A.; Van Alsenoy, C.; Wolinski, K.; Momany, F. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 272.
49. Van Alsenoy, C.; Cao, M.; Newton, S. Q.; Teppen, B.; Perczel, A.; Csizmadia, I. G.; Momany, F. A.; Schafer, L. J. Mol. Stract. 1993, 286, 149.
50. Zhang, K.; Zimmerman, D. M.; Chung-Phillips, A.; Cassady, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10812.
51. Teeter, M. M.; Roe, S. M.; Heo, N. H. J. Mol. Biol. 1993, 239, 292.
52. Lobb, L.; Stec, B.; Kantrowitz, E. K.; Yamano, A.; Stojanoff, V.; Markman, O.; Teeter, M. M. Protein Eng. 1996, 98, 1233.
53. Yamano, A.; Heo, N. H.; Teeter, M. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9597.
54. Van Alsenoy, C. J. Comput. Chem. 1988, 9, 620.
55. Van Alsenoy, C.; Peeters, A. J. Mol. Struct. 1993, 286, 19.
56. Almlöf, J.; Faegri Jr., K.; Kosell, K. J. Comput. Chem. 1982, 3, 385.
57. Van Alsenoy, C. In preparation.
58. Challacombe, M.; Schewgler, E. J. Chem. Phys., in press.
59. Schwegler, E.; Challacombe, M.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys., in press.
60. White, C. A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 5061.
61. Sellers, H. L.; Klimkowski, V. J.; Schäfer, L. Chem. Phys. Lett. 1978, 58, 541.
62. Gwinn, W. D. J. Chem. Phys. 1971, 55, 477.
63. Sellers, H. L.; Sims, L. B.; Schäfer, L.; Lewis, D. E. J. Mol. Struct. 1977, 41, 149.
64. Pulay, P.; Fogarasi, G. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2856.
65. Gordon, M. S.; Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 2797.
66. Protein Data Bank: Chemistry Department, Building 555: Brookhaven National Laboratory, P.O. Box 5000: Upton, NY 11973-5000. E-mail: pdb@ba1.gov.
67. MSI. Insightll User Guide, Version 4.0.0; Molecular Simulations, Inc.; San Diego, CA. 1996.
68. de Smedt, J.; Vanhouteghem, F.; Alsenoy, C.; Geise, H. J.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. 1992, 259, 289.
69. Schäfer, L.; Van Alsenoy, C.; Scarsdale, J. N. J. Mol. Struct. 1982, 86, 349.
70. MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1996, 264, 1180
71. Boggs, J. E. J. Mol. Struct. 1983, 97, 1.
72. Geise, H. J.; Pyckhout, W. In Stereochemical Applications of Gas-Phase Electron Diffraction; Hargittai, I., Hargittai, M., Eds.; VCH Publishers: New York, 1988; Vol. A. Chapter 10.
73. Schäfer, L. J. Mol. Stract. 1983, 100, 51.
74. Schäfer, L.; Siam, K.; Ewbank, J. D.; Caminati, W.; Fantoni, A. C. In Modeling of Structures and Properties of Molecules; Maksic, Z. B., Ed.; E. Horwood, Publ. Co.: Chichester, England, 1987; Chapter 4.
75. Schaifer, L.; Ewbank, J. D.; Siam, K.; Chiu, N. S.; Sellers, H. L. In Stereochemical Applications of Gas-Phase Electron Diffractions; Hargittai, I., Hargittai, M., Eds.; VCH Publishers; New York, 1988; Vol. A. Chapter 9.
76. Chiu, N. S.; Sellers, H. L.; Schäfer, L.; Kohata, K. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 5883.
77. Engh, R. A.; Huber, R. Acta Crystallogr. 1991, A47, 392.