Agonist-PPARγ interactions: Molecular modeling study with docking approach

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 93, Issue 6, 2003, Pages 405-410

  Xu, Xiao Ying ^a   Cheng, Feng ^a   Shen, Jian Hua ^a   Luo, Xiao Min ^a   Chen, Li Li ^a   Yue, Li Duo ^a   Du, Yi ^a   Ye, Fei ^a   Jiang, Shan Hao ^a   Zhu, Da Yuan ^a   Jiang, Hua Liang ^a   Chen, Kai Xian ^a  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

Author keywords

Agonists; FlexX; Molecular docking; Pharmacophore; PPAR

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CALCULATIONS; COMPUTER SIMULATION; CRYSTAL STRUCTURE; GENES; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS;

AGONISTS; DOCKING SIMULATION; LIGAND BINDING POCKET; PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTORS; PHARMACOPHORE;

MOLECULES;

EID: 0038521155     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.10575     Document Type: Article

References (16)

1. Willson, T. M.; Brown, P. J.; Sternbach, D. D.; Henke, B. R. J Med Chem 2000, 43, 527-550.
2. Michalik, L.; Wahli, W. Curr Opin Biotech 1999, 10, 564-570.
3. Kersten, S.; Desvergne, B.; Wahli, W. Nature 2000, 405, 421-424.
4. Nolte, R. T.; Wisely, G. B.; Westin, S.; Cobb, J. E.; Lambert, M. H.; Kurokawa, R.; Rosenfeld, M. G.; Willson, T. M.; Glass, C. K.; Milburn, M. V. Nature 1998, 395, 137-143.
5. Oberfield, J. L.; Collins, J. L.; Holmes, C. P.; Goreham, D. M.; Cooper, J. P.; Cobb, J. E.; Lenhard, J. M.; Hull-Ryde, E. A.; Mohr, C. P.; Blanchard, S. G.; Parks, D. J.; Moore, L. B.; Lehmann, J. M.; Plunket, K.; Miller, A. B.; Milburn, M. V.; Kliewer, S. A.; Willson, T. M. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 6102-6106.
6. Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. J Mol Biol 1991, 221, 327-346.
7. Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J Mol Biol 1996, 261, 470-489.
8. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J.; Meyer, E. E., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535-542.
9. Sybyl 6.7; Tripos, Inc.: St. Louis, MO, 1999.
10. Bohm, H. J. J Comput Aided Mol Des 1994, 8, 243-256.
11. Klebe, G. J Mol Biol 1994, 237, 212-235.
12. Willson, T. M.; Cobb, J. E.; Cowan, D. J.; Wiethe, R. W.; Correa, I. D.; Prakash, S. R.; Beck, K. D.; Moore, L. B.; Kliewer, S. A.; Lehmann, J. M. J Med Chem 1996, 39, 665-668.
13. Xu, H. E.; Lambert, M. H.; Montana, V. G.; Parks, D. J.; Blanchard, S. G.; Brown, P. J.; Sternbach, D. D.; Lehmann, J. M.; Wisely, G. B.; Willson, T. M.; Kliewer, S. A.; Milburn, M. V. Mol Cell 1999, 3, 397-403.
14. Lehmann, J. M.; Lenhard, J. M.; Oliver, B. B.; Ringold, G. M.; Kliewer, S. A. J Biol Chem 1997, 272, 3406-3410.
15. Lehmann, J. M.; Moore, L. B.; Smith-Oliver, T. A.; Wilkison, W. O.; Willson, T. M.; Kliewer, S. A. J Biol Chem 1995, 270, 12953-12956.
16. Wallace, A. C.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Protein Eng 1995, 8, 127-134.