Trans-hydrogen-bond scalar couplings as a source of structural constraints in NMR of proteins: DFT analysis

Helvetica Chimica Acta

Volumn 85, Issue 11, 2002, Pages 3984-3993

  Heinz, Tim ^a   Moreira, Osvaldo ^a   Pervushin, Konstantin ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; ENZYMES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PERTURBATION TECHNIQUES;

SCALAR COUPLING;

HYDROGEN BONDS;

ARGININE; CHORISMIC ACID; ETHYLAMINE; IMIDAZOLE; NITROGEN 15;

ARTICLE; BACILLUS SUBTILIS; CALCULATION; ENZYME STRUCTURE; HYDROGEN BOND; MATHEMATICAL ANALYSIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PRIORITY JOURNAL; QUANTUM CHEMISTRY;

EID: 0036942388     PISSN: 0018019X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1522-2675(200211)85:11<3984::AID-HLCA3984>3.0.CO;2-4     Document Type: Article

References (38)

1. A. J. Dingley, S. Grzesiek, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293.
2. K. Pervushin, A. Ono, C. Fernández, T. Szyperski, M. Kainosho, K. Wüthrich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 14147.
3. K. Pervushin, C. Fernández, R. Riek, A. Ono, M. Kainosho, K. Wührich, J. Biomol. NMR 2000, 16, 39.
4. G. A. Jeffrey, W. Saenger, 'Hydrogen Bonding in Biological Structures', Springer-Verlag, Berlin, 1991.
5. K. Wüthrich, 'NMR of Proteins and Nucleic Acids', Wiley, New York, 1986.
6. A. J. Dingley. F. Cordier, S. Grzesiek. Concepts Mag. Res. 2001, 13, 103.
7. A. J. Dingley, J. E. Maase, R. D. Peterson, M. Barfield, J. Feignon, S. Grzesiek, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6019.
8. A. Z. Liu, W. D. Hu, A. Majumdar, M. K. Rosen, D. J. Patel, J. Biomol. NMR 2000, 17, 79.
9. A. Eletsky, T. Heinz, O. Moreira, A. Kienhöfer, D. Hilvert, K. Pervushin, J. Am. Chem. Soc. 2002, submitted.
10. M. Hennig, B. H. Geierstanger, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5123.
11. I. G. Shenderovich, S. N. Smirnov, G. S. Denisov, V. A. Gindin, R. Reibke, S. Kirpekar, O. L. Malkina, H.-H. Limbach, Ber. Bunsen-Ges. Phys. Chem. 1998, 102, 422.
12. H. Benedict, I. G. Shenderovich, O. L. Malkina, V. G. Malkin, G. S. Denisov, N. S. Golubev, H.-H. Limbach, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1979.
13. E. D. Isaacs, A. Shukla, P. M. Platzman, D. R. Hamann, B. Barbiellini, C. A. Tulk, Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 600.
14. T. W. Martin, Z. S. Derewenda, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 403.
15. T. Helgaker, M. Jaszunski, K. Ruud, Chem. Rev. 1999, 99, 293.
16. A. Bagno, Chem.-Eur. J. 2000, 6, 2925.
17. J. E. Del Bene, S. Perera, R. Bartlett, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 930.
18. W. F. van Gunsteren, S. R. Billeter, A. A. Eising, P. H. Hünenberger, P. Krüger, A. E. Mark, W. R. P. Scott, I. G. Tironi, 'Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide', VDF, Zürich, 1996.
19. P. Guntert, K. Wüthrich, Comp. Phys. Comm. 2001, 138, 155.
20. Y. M. Chook, J. V. Gray, H. M. Ke, W. N. Lipscomb, J. Mol. Biol. 1994, 240, 476.
21. K. Pervushin, R. Riek, G. Wider, K. Wüthrich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12366.
22. J. E. Ladner, P. Reddy, A. Davis, M. Tordova, A. J. Howard, G. L. Gilliland, Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2000, 56, 673.
23. V. G. Malkin, O. L. Malkina, M. E. Casida, D. R. Salahub, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5898.
24. V. G. Malkin, O. L. Malkina, L. A. Eriksson, D. R. Salahub, in 'Modern Density Functional Theory: A Tool for Chemistry, Vol. 2', Ed. J.M. Seminario, Politzer P., Elsevier Science B.V, Amsterdam, 1995, p. 273-347.
25. H. Fukui, Prog. Nuc. Mag. Res. Spec. 1999, 35, 267.
26. J. Kowalewski, A. Laaksonen, B. Roos, P. Siegbahn, J. Chem. Phys. 1979, 71, 2896.
27. D. L. Beveridge, 'Semiempirical Methods of Electronic Structure Calculation', Plenum Press, New York, 1977, p. 163.
28. A. St-Amant, D. R. Salahub, Chem. Phys. Lett. 1990, 169, 387.
29. W. Kutzelnigg, U. Fleischer, M. Schindler. 'NMR Basic Principles and Progress', Springer, Berlin, 1990, p. 165.
30. J. P. Perdew, W. Yue, Phys. Rev. B 1986, 33, 8800.
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson. P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle, J. A. Pople, Gaussian 98, Revision A.9, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1998.
32. G. Schaftenaar, J. H. Noordik, J. Comput.-Aided Mol. Design 2000, 14, 123.
33. D. A. Case, C. Scheurer, R. Bruschweiler, J. Am. Schem. Soc. 2000, 122, 10390.
34. G. Cornilescu, B. E. Ramirez, M. K. Frank, G. M. Clore, A. M. Gronenborn, A. Bax, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6275.
35. A. C. Wang, A. Bax, J. Magn. Reson. 1997, 127, 54.
36. J. P. Perdew, Y. Wang, Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
37. S. Tsuzuki, H. P. Lüthi, J. Chem. Phys. 2001, 114, 3949.
38. F. Jensen, 'Introduction to Computational Chemistry', John Wiley & Sons, Chichester, 1990, p. 172-173.