Helix folding of an alanine-based peptide in explicit water

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 11, 2001, Pages 2227-2235

  Wu, Xiongwu ^a   Wang, Shaomeng ^a  

^a GEORGETOWN UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALALNINE-BASED PEPTIDE; AMIDE GROUPS; CARBONYL GROUPS; CIRCULAT DICHROISM; CONFORMATIONAL ANALYSIS; HELIX FOLDING; INTRAMOLECULAR HYDROGEN BONDS; SELF-GUIDED MOLECULAR DYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PARAMAGNETIC RESONANCE; SOLUTIONS; STRUCTURE (COMPOSITION); THERMODYNAMIC PROPERTIES; WATER;

AMINO ACIDS;

EID: 0035932703     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp004048a     Document Type: Article

References (45)

1. Scholtz, J. M.; Qian, H.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1991, 31, 1463-1470.
2. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95-118.
3. Baldwin, R. L. Biophys. Client. 1995, 55, 127-135.
4. Bousquet, J. A.; Garbay, C.; Roques, B. P.; Mely, Y. Biochemistry 2000, 39, 7722-7735.
5. Odaert, B.; Baleux, F.; Huynh-Dinh, T.; Neumann, J. M.; Sanson, A. Biochemistry 1995, 34, 12820-12829.
6. Sasidhar, Y. U.; Ramakrishna, V. Indian J. Biochem. Biophys. 2000, 37, 34-44.
7. Bolin, K. A.; Hanson, P.; Wright, S. J.; Millhauser, G. L. J. Magn Reson. 1998, 131, 248-253.
8. Fiori, W. R.; Millhauser, G. L. Biochemistry 1993, 32, 11957-11962.
9. Muck, S. M.; Marttinez, G. V.; Fiori, W. R.; Todd, A. P.; Millhauser, G. L. Nature 1992, 359, 653-655.
10. Millhauser, G. L. Biochemistry 1995, 34, 3873-3877.
11. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35; 691-697.
12. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200-9210.
13. Riley, M. L.; Wallace, B. A.; Flitsch, S. L.; Booth, P. J. Biochemistry 1997, 36, 192-196.
14. Daggett, V.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1992, 223, 1121-1138.
15. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1993, 32,4175-4184.
16. Smythe, M. L.; Huston, S. E.; Marshall, G. R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 775, 11594-11595.
17. DiCapua, F. M.; Swaminathan, S.; Beveridae, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6145-6155.
18. Sung, S.; Wu, X. W. Biöpolymers 1997, 42, 633-644.
19. Sung, S.; Wu, X. W. Proteins 1996, 25, 202-214.
20. Hirst, J. D.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1995,34,7614-7621.
21. Young, W. S.; Brooks III, C. L. J. Mol. Biol. 1996, 259, 558-572.
22. Daura, X.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunstern, W. F.; Mark, A. E. J. Mol. Biol. 1998, 280, 925-932.
23. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 252, 740-744.
24. Wu, X.-W.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7238-7250.
25. Wu, X.-W.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 8023-8034.
26. Wu, X.-W.; Wang, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9401-9410.
27. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly; C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
28. MacKerell, A. D. Jr.; Bashford, D:; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fisher, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; JosephMcCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 3586-3616.
29. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Groningen molecular Simulation (GROMOS) library manual (Biomos); Nijenborgh 4, 9747 AG Gronigen, The Netherlands, 1987.
30. Scholtz, J. M.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5102-5104.
31. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
32. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
34. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C; Alagona, G.; Profeta, S. Jr.; Weiner, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
35. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230-252.
36. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637.
37. Tirado-Rives, J.; Maxwell, D. S.; Jorgesen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 775, 11590-11593.
38. Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6059-6070.
39. Sundaralinaam, M.; Sekharudu, Y. C. Science 1989, 244, 1333-1337.
40. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Nail. Acd. Sei. USA 1951, 37, 205-210.
41. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Adv. Enzymol. 1978, 47, 45-148.
42. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270.
43. Lyu, P. C.; Liff, M. I.; Marky, L. A.; Kallenbach, N. R. Science 1990, 250, 669-673.
44. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-651.
45. Creamer, T. P.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acd. Sei. USA 1992, 89, 5937-5941.