First-principle molecular dynamic simulations along the intrinsic reaction paths

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 105, Issue 17, 2001, Pages 4333-4343

  Michalak, Artur ^a   Ziegler, Tom ^b  

^a UNIVERSITY OF CALGARY   (Canada)

^b JAGIELLONIAN UNIVERSITY   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

REACTION PATHS;

BUTENES; COMPUTER SIMULATION; FREE ENERGY; ISOMERIZATION; PROPYLENE;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0035799954     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0041297     Document Type: Article

References (93)

1. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
2. Marx, D.; Hutter, J. In Modem Methods and Algorithms of Quantum hemistry, Grotrndorst, J., Ed.; NIC Series 1; John von Neumann Institute )f Computing: Jiilich, 2000; pp 301-449 and references therein.
3. Woo, T. K.; Margl, P. M.; Deng, L.; Cavallo, L.; Ziegler, T. Catal. roday 1999, 50, 479.
4. Woo, T. K.; Margl, P. M. Deng, L. Cavalio L, Ziegler, T. In transition State Modeling for Catalysis; ACS Symposium Series 721; Cruhlar D. G., Morokuma, K., Eds.; American Chemical Society: Washngton, DC, 1998; pp 173-186.
5. Meier, R. J.; vanDormaele, G. H. J.; larlori. S.; Buda, F. J. Am. :hem. Soc. 1994, 116, 7274.
6. Margl, P.; Schwarz, K.; Blöchl, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1994, '16, 11177.
7. Margl, P.; Schwarz, K.; Blöchl, P. E. J. Client. Pliys. 1995, 103, 183.
8. Margl, P.; Ziegler, T.; Blöchl, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1995,117, 2625. I
9. MargI, P.; Lohrenz, J. C. W.; Ziegler, T.; Blöchl, P. E. J. Am. Chem. . Soc. 1996, 118, 4434.
10. Woo, T.; MargI, P. M.; Lohrenz, J. C. W.; Blöchl, P. E.; Ziegler, T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 773, 13021.
11. MargI, P.; Ziegler, T. Blöchl, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5412.
12. Woo, T.' K.; Blöchl, P. E.; Ziegler, T. J. Phys. Chem. A 2000,104, 121.
13. Curioni, A.; Sprik, M.; Andreoni, W.; Schiffer, H.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 779, 7218.
14. Woo, T. K.; MargI, P.; Ziegler, T.; Blöchl, P. E. Organometallics 1997, 16, 3454.
15. MargI, P. M.; Woo, T. K.; Blöchl, P.; Ziegler, T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 720, 2174.
16. Hutter, J.; Carloni, P.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 77S, 8710.
17. Lamoen, D.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 248; 309.
18. Marchi, M; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 77S, 7847.
19. Tornaghi, M.; Andreoni, W.; Carloni, P.; Hutter, J.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 469.
20. Chan, M. S. W.; Ziegler, T. Organometallics 2000. In press.
21. Woo, T. K.; MargI, P.; Blöchl, P. E.; Ziegler, T. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 7877.
22. Woo, T. K. Ph.D. Thesis, University of Calgary, Calgary, 1998.
23. Baveridge, D. L.; DiCapua, F. M.Annu. Rev. Biophys. Chem. 1989, 75,431.
24. Carter, E. A.; Ciccotti, G.; Hynes, J. T.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1989, 756, 472.
25. Paci, E.; Ciccotti, G.; Ferrario, M.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1991,776,581.
26. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C J. Compta. Phys. 1977, 23, 327.
27. Straatsma, T. P.; Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M. Chem. Phys. 1986, 55, 6720.
28. Fukui, K. Ace. Chem. Res. 1981, 14, 363.
29. Tachibana, A.; Fukui, K. Theor. Chem. Acta (Berlin) 1980, 57, 81.
30. Teketsugu, T.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 10042 and references therein.
31. Ishida, K.;-Morokuma, K.; Komornicki, A. J. Chem. Phys. 1977, 66, 2153.
32. Muller, K.; Brown, L. D. Theor. Chim. Acta (Berlin) 1979,53,75.
33. Garret, B. C. et al. J. Phys. Chem. 1988, 92, 1476.
34. Gonzalez, C.; Schegel, H. B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5523.
35. Deng, L. Ph.D. Thesis, University of Calgary, Calgary, 1996.
36. Deng, L.; Ziegler. T. Int. J. Quantum Chem. 1994, 52, 731.
37. Deng, L.; Branchedall, V.; Ziegler. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 776, 10645.
38. Deng, L.; Ziegler. T. J. Phys. Chem. 1995, 99, 612.
39. Blöchl, P. E. Phys. Rev. B 1994, 50, 17953.
40. Blöchl, P. E. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7422.
41. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys. Rev. B 1981, 23, 5048.
42. Becke, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
43. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
44. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 34, 7406.
45. Nose,'S. Mol. Phys. 1986, 57, 187.
46. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
47. Blöchl, P. E.; Parinello, M. Phys. Rev. B 1992, 45, 9413.
48. Blöchl P. E.; Senn H. M.; Togni, A. In Transition state Modeling for Catalysis; ACS Symposium Series 721; Truhlar D. G., Morokuma, K., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1998; pp 88-99.
49. Pearson, P. K.; Schaefer, H. F., Ill J. Chem. Phys. 1975, 62, 350.
50. Redmon, L. T.; Purvis, G. D.; III.; Bartiett, R. J. J. Chem. Phys. 1980, 72, 986.
51. Nobels, R. H.; Random, L. Chem. Phys. 1981, 60, 1.
52. Peric, M.; Maledenivic, M. Chem. Phys. 1983, 82, 317.
53. Murrell, J. N.; Carter, S. Halonen, L. O. Mol. Spectrosc. 1982, 93, 307.
54. Holme, T. A.; Hutchinson, J. S. J. Chem. Phys. 1985, 83, 2860.
55. Pan, C. F.; Hehre, W. J. J. Phys. Chem. 1982, 56. 321.
56. Hehre, W. J.; Random, L.; Schleyer, P. R.; Pople, J. A. Ab initia Molecular Orbital Tlieory; Wiley: New York, 1986 and references, therein.
57. Cooper, W.; Walters, W. D. J. Am. Chem. Soc. 1958, 80, 4220.
58. Car, R. W., Jr.; Walters, W. D. J. J. Phys. Chem. 1965, 69, 1073.
59. Wiberg, K. B.; Fenoglio, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1968, 90, 3395.
60. Lipnick, R. L.; Garbisch, E. W., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 6370.
61. Hsu, K.; Buenker, R. J.; Peyerimhoff, S. D. J. Am. Chem. Soc. 1971. 93, 2117.
62. Hsu, K.; Buenker, R. J.; Peyerimhoff, S. D. J. Am. Chem. Soc. 1972. 94, 5639.
63. Brulet, J.; Schaefer, H. F.; Ill J. Am. Chem. Soc. 1984,106, 1221.
64. Spellmeyer, D. C.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 1988,110,3412.
65. Bak, B.; Led, J. J.; Nygaard, L.; Rastrup-Andersen; Sorensen, G. O. J. Mol. Struct. 1969, 3, 369.
66. Cho, Y. J.; Vande Linde, S. R.; Zhu, L.; Hase, W. L. J. Chem. Phys. 1992, 96, 8275.
67. Barlow, S. E.; Van Doren, J. M.; Bierbaum, V. M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 770, 7240.
68. Mekel, A.; Havlas, Z.; Zahradnik, R. J. Am. Chem. Soc. 1988,110, 8355.
69. Tucker, S. C.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1990,112, 3339.
70. Wolfe, S.; Kim, C. K. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8056.
71. Boyd, R. J.; Kim, C. K.; Shi, Z.; Weinberg, N.; Wolfe, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10147. .
72. Poirier, N. A.; Wang,-Y.; Westaway, K. C. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2526.
73. Certner, B. J.; Whitner, R. M.; Wilson, K. R.; Hynes, J. T. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 74.
74. Tucker, S. C.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1990,112, 3347.
75. Cyr, D. M.; Scarton, M. G.; Johnson, M. A. J. Chem. Phys. 1993, 99, 4869.
76. Cyr, D. M.; Bishea G. A.; Johnson, M. A. J. Chem. Phys. 1992, 97,5911.
77. Dedieu, A.; Veillard, A. J. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 6730.
78. Wolfe, S.; Mitchell, D. J.; Schlegel, H. B. J. Am. Chem Soc 1981, 103, 7692.
79. Wolfe, S.; Mitchell, D. J.; Schlegel, H. B. J. Am. Chem Soc 1981 103, 7694.
80. Pellerite, M. J.; Brauman, J. I. J. Am. Chem. Soc. 1983,105, 2672
81. DePuy, C. H.; Gronert, S.; Mullin, A.; Bierburam, V. M !/ Ani Chem. Soc. 1990, 772, 8650.
82. '(82) Brauman, J. I.; Olmstead, W. N.; Lieder, C. A. J. Am. Chem Soc 1974, 96, 4030.
83. Keil, F.; Ahlrichs, R. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 4787.
84. Urban, M.; Cernusak, I.; Kello, V. Chem. Phys. Lett. 1984, /05 625.
85. Serre, J. Int. J. Quantum Chem. 1984, 26, 593.
86. Cernusak, L; Urban, M. Collect. Czech. Chem. Commun. 1988,53 2239.
87. Wladkowski, B. D.; Lim, K. F.; Allen, W. D.; Brauman, J. I. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9136.
88. Shi, Z.; Boyd, R. J. J. Am..Chem. Soc. 1989, 777, 1575.
89. (8?) Vetter, R.; Zulicke, L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 7/2, 5136.
90. Tucker, S. C.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1989, 93, 8138.
91. Shi, Z.; Boyd, R. J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2423.
92. Hu, W.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1049.
93. During, J. R.; During, D. T.; van der Veken, B. J.; Herrebout, W. A. y. Phys. Chem. A 1999. 103, 6142.