Nuclear magnetic resonance methods to study RNA-protein complexes

Methods in Enzymology

Volumn 317, Issue , 2000, Pages 198-220

  Bayer, Peter ^a   Varani, Luca ^a   Varani, Gabriele ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RNA;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN RNA BINDING;

EID: 0034047699     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/s0076-6879(00)17016-8     Document Type: Article

References (44)

1. G. Varani, Acc. Chem. Res. 30, 189 (1997).
2. G. Varani and K. Nagai, Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 27, 407 (1998).
3. K. Nagai, Curr. Op. Struct. Biol. 6, 53 (1996).
4. C. Oubridge, N. Ito, P. R. Evans, C.-H. Teo, and K. Nagai, Nature 372, 432 (1994).
5. S. R. Price, P. R. Evans, and K. Nagai, Nature 394, 645 (1998).
6. F.-H. T. Allain, C. C. Gubser, P. W. A. Howe, K. Nagai, D. Neuhaus, and G. Varani, Nature 380, 646 (1996).
7. P. W. A. Howe, F. H.-T. Allain, G. Varani, and D. Neuhaus, J. Biomol. NMR 11, 59 (1998).
8. P. Legault, J. Li, J. Mogridge, J. Greenblatt, and L. E. Kay, Cell 93, 289 (1998).
9. J. L. Battiste, H. Mao, N. S. Rao, R. Tan, D. R. Muhandiram, L. E. Kay, A. D. Frankel, and J. R. Williamson, Science 273, 1547 (1996).
10. J. D. Puglisi, L. Chen, S. Blanchard, and A. D. Frankel, Science 270, 1200 (1995).
11. R. N. De Guzman, Z. R. Wu, C. C. Stalling, L. Pappalardo, P. N. Borer, and M. F. Summers, Science 279, 384 (1998).
12. M. Görlach, M. Wittekind, R. A. Beckman, L. Mueller, and G. Dreyfuss, EMBO J. 11, 3289 (1992).
13. P. W. A. Howe, K. Nagai, D. Neuhaus, and G. Varani, EMBO J. 13, 3873 (1994).
14. C. W. G. van Gelder, S. I. Gunderson, E. J. R. Jansen, W. C. Boelens, M. Polycarpou-Schwartz, I. W. Mattaj, and W. J. van Venrooij, EMBO J. 12, 5191 (1993).
15. S. I. Gunderson, K. Beyer, G. Martin, W. Keller, W. C. Boelens, and I. W. Mattaj, Cell 76, 531 (1994).
16. A. M. Petros and S. W. Fesik, Methods Enzymol. 239, 717 (1994).
17. M. Billeter, Y. Q. Qian, G. Otting, M. Müller, W. Gehring, and K. Wüthrich, J. Mol. Biol. 234, 1084 (1993).
18. G. Otting and K. Wüthrich, Q. Rev. Biophys. 23, 39 (1990).
19. P. J. M. Folkers, R. H. A. Folmer, R. N. H. Konings, and C. W. Hilbers, J. Am. Chem. Soc. 115, 3798 (1993).
20. K. J. Walters, H. Matsuo, and G. Wagner, J. Am. Chem. Soc. 119, 5958 (1997).
21. M. A. Markus, K. T. Dayie, P. Matsudaira, and G. Wagner, J. Magn. Reson. B105, 192 (1994).
22. D. Nietlispach, R. T. Clowes, R. W. Broadhurst, Y. Ito, J. Keeler, M. Kelly, J. Ashurst, H. Oschkinat, P. J. Domaille, and E. D. Laue, J. Am. Chem. Soc. 118, 407 (1996).
23. D. R. Muhandiram, T. Yamazaki, B. D. Sykes, and L. E. Kay, J. Am. Chem. Soc. 117, 11536 (1995).
24. L. E. Kay, D. R. Muhandiram, N. A. Farrow, Y. Aubin, and J. D. Forman-Kay, Biochemistry 35, 361 (1996).
25. T. Mittermaier, L. Varani, G. Varani, and L. Kay, J. Mol. Biol. (1999), in press.
26. 25a A. Ramos and G. Varani, J. Am. Chem. Soc. 120, 10992 (1998).
27. J. R. Gillespie and D. Shortle, J. Mol. Biol. 268, 158 (1997).
28. J. R. Gillespie and D. Shortle, J. Mol. Biol. 268, 170 (1997).
29. S. U. Dunham, C. J. Turner, and S. J. Lippard, J. Am. Chem. Soc. 120, 5395 (1998).
30. R. S. Coleman and E. A. Kesicki, J. Am. Chem. Soc. 116, 11636 (1994).
31. I. Bertini, A. Donaire, C. Luchinat, and A. Rosato, Proteins 29, 348 (1997).
32. K. Pervushin, R. Riek, G. Wider, and K. Wüthrich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 12366 (1997).
33. N. Tjandra, J. G. Omichinski, A. M. Gronenborn, G. M. Clore, and A. Bax, Nature Struct. Biol. 4, 732 (1997).
34. J. R. Tolman, J. M. Flanagan, M. A. Kennedy, and J. H. Prestegard, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 9279 (1995).
35. N. Tjandra and A. Bax, Science 278, 1111 (1997).
36. N. Tjandra, D. S. Garrett, A. M. Gronenborn, A. Bax, and G. M. Clore, Nature Struct. Biol. 4, 443 (1997).
37. 35a M. R. Hansen, P. Hanson, and A. Pardi, Methods Enzymol. 317, [15], 2000 (this volume).
38. P. Andersson, K. Nordstrand, M. Sunnerhagen, E. Liepinsh, I. Turovskis, and G. Otting, J. Biomol. NMR 11, 445 (1998).
39. M. Ottiger, F. Delaglio, and A. Bax, J. Magn. Reson. 131, (1998).
40. A. Bax, G. W. Vuister, S. Grzesiek, F. Delaglio, A. C. Wang, R. Tschudin, and G. Zhu, Methods Enzymol. 239, 79 (1993).
41. G. M. Clore, A. M. Gronenbron, A. Szabo, and N. Tjandra, J. Am. Chem. Soc. 120, 4889 (1998).
42. G. M. Clore, A. M. Gronenborn, and N. Tjandra, J. Magn. Reson. 131, 159 (1998).
43. F. H.-T. Allain and G. Varani, J. Mol. Biol. 267, 338 (1997).
44. C. C. Gubser and G. Varani, Biochemistry 35, 2253 (1996).