Conformation-Family Monte Carlo (CFMC): An efficient computational method for identifying the low-energy states of a macromolecule

Helvetica Chimica Acta

Volumn 83, Issue 9, 2000, Pages 2214-2230

  Pillardy, Jaroslaw ^a   Czaplewski, Cezary ^a   Wedemeyer, William J ^a   Scheraga, Harold A ^a  

^a Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CONFORMATION; DATA BASE; MACROMOLECULE; NONHUMAN; PROTEIN CONFORMATION; STAPHYLOCOCCUS; SYSTEM ANALYSIS; THERMODYNAMICS;

EID: 0033787236     PISSN: 0018019X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1522-2675(20000906)83:9<2214::AID-HLCA2214>3.0.CO;2-E     Document Type: Article

References (39)

1. Z. Li, H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6611;
2. Z. Li, H. A. Scheraga, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1988, 179, 333.
3. D. J. Wales, J. P. K. Doye, J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5111;
4. D. J. Wales, H. A. Scheraga, Science 1999, 285, 1368.
5. D. R. Ripoll, H. A. Scheraga, Biopolymers 1988, 27, 1283;
6. D. R. Ripoll, H. A. Scheraga, J. Protein Chem. 1989, 8, 263;
7. D. R. Ripoll, A. Liwo, H. A. Scheraga, Biopolymers 1998, 46, 117.
8. J. Kostrowicki, L. Piela, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 1989, 93, 3339;
9. J. Kostrowicki, L. Piela, B. J. Cherayil, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 1991, 95, 4113;
10. J. Pillardy, K. A. Olszewski, L. Piela, J. Phys. Chem. 1992, 96, 4337;
11. P. Amara, D. Hsu, J. E. Straub, J. Phys. Chem. 1993, 97, 6715;
12. J. P. Ma, D. Hsu, J. E. Straub, J. Chem. Phys. 1993, 99, 4024;
13. J. Pillardy, L. Piela, J. Phys. Chem. 1995, 99, 11805;
14. R. V. Pappu, R. K. Hart, J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9725;
15. I. Andricioaei, J. E. Straub, J. Comput. Chem. 1998, 19, 1445.
16. J. Pillardy, A. Liwo, M. Groth, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7353.
17. J. Pillardy, A. Liwo, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9370;
18. J. Pillardy, R. J. Wawak, Y. A. Arnautova, C. Czaplewski, H. A. Scheraga, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 907.
19. J. Lee, H. A. Scheraga, S. Rackovsky, J. Comput. Chem. 1997, 18, 1222.
20. J. Lee, A. Liwo, H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2025.
21. A. Kolinski, J. Skolnick, Proteins: Struct. Funct. Genet. 1994, 18, 353;
22. Z. Guo, C. L. Brooks III, E. Boczko, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161;
23. D. O. V. Alonso, V. Dagett, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 133.
24. A. Liwo, S. Oldziej, M. R. Pincus, R. J. Wawak, S. Rackovsky, H. A. Scheraga, J. Comput. Chem. 1997, 18, 849;
25. A. Liwo, S. Oldziej, M. R. Pincus, R. J. Wawak, S. Rackovsky, H. A. Scheraga, J. Comput. Chem. 1997, 18, 874;
26. A. Liwo, R. Kazmierkiewicz, C. Czaplewski, M. Groth, S. Oldziej, R. J. Wawak, S. Rackovsky, M. R. Pincus, H. A. Scheraga, J. Comput. Chem. 1998, 19, 259;
27. A. Liwo, J. Pillardy, C. Czaplewski, J. Lee, D. R. Ripoll, M. Groth, S. Rodziewicz-Motowidlo, R. Kazmierkiewicz, R. J. Wawak, S. Oldziej, H. A. Scheraga, 'Proceedings of Fourth Annual International Conference of Computational Molecular Biology (RECOMB 2000)', Tokyo, Japan, 8-11 April 2000.
28. D. M. Gay, ACM Trans. Math. Software 1983, 9, 503.
29. H. Gouda, H. Torigoe, A. Saito, M. Sato, Y. Arata, I. Schimada, Biochemistry 1992, 40, 9665;
30. M. A. Starovasnik, N. J. Skelton, M. P. O'Connell, R. F. Kelley, D. Reilly, W. J. Fairbrother, Biochemistry 1996, 35, 15558;
31. M. T. Tashiro, R. Tejero, D. E. Zimmerman, B. Celda, B. Nilsson, G. T. Montelione, J. Mol. Biol. 1997, 272, 573.
32. R. A. Sendak, D. M. Rothwarf, W. J. Wedemeyer, W. A. Houry, H. A. Scheraga, Biochemistry 1996, 35, 12978;
33. Y.-J. Ye, D. R. Ripoll, H. A. Scheraga, Comput. Theor. Polymer Sci. 1999, 9, 359.
34. A. Liwo, J. Lee, D. R. Ripoll, J. Pillardy, H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5482;
35. J. Lee, A. Liwo, D. R. Ripoll, J. Pillardy, H. A. Scheraga, Proteins: Struct. Funct. Genet. 1999, Suppl. 3, 204;
36. J. Lee, A. Liwo, D. R. Ripoll, J. Pillardy, J. A. Saunders, K. D. Gibson, H. A. Scheraga, Int. J. Quant. Chem. 2000, 77, 90.
37. F. A. Momany, R. F. McGuire, A. W. Burgess, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 1975, 79, 2361;
38. G. Némethy, M. S. Pottle, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 1983, 87, 1883.
39. G. Némethy, K. D. Gibson, K. A. Palmer, C. N. Yoon, G. Paterlini, A. Zagari, S. Rumsey, H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472.